actualisation de dev/02_dev.R et de dev/03_dploy.R pour correspondre à l'état d'avancement du projet

Resolve "Réussir le déploiement 2025"

Closes #15

See merge request !4

modification de prepa_pression_azotee.R pour prendre en compte le fait que les .csv ont été déplacé de inst/extdata à data-raw/exdatdata

ajout des package markdown et pkgload dans DESCRIPTION du fait de leur nécessité pour le déploiement de l'application

0 errors  | 0 warnings  | 3 notes 

── R CMD check results ─────────────────────── nitrates.pdl 0.0.0.9000 ────
Duration: 3m 8.9s

❯ checking installed package size ... NOTE
    installed size is 14.6Mb
    sub-directories of 1Mb or more:
      app    3.4Mb
      data  10.8Mb

❯ checking for future file timestamps ... NOTE
  unable to verify current time

❯ checking dependencies in R code ... NOTE
  Espaces de noms dans le champ Imports non importés depuis :
    'markdown' 'pkgload'
    All declared Imports should be used.

R CMD check succeeded

- déplacement des csv de inst vers data-raw : l'app a priori n'en a pas besoin, c'était peut être à l'origine des problemes de langue (locale) générant le message avec read.table (c'est une fonction qu'il y a derriere read.csv)

- supression de renv/, le déploiement se fait en répliquant les packages du PC de déploiement avec packrat, a priori pas besoin de renv

- ajout de la dépendance au package markdown qui est mal gérée par la fonction includeMarkdown() (c'est une dépendance optionnelle des packages qui la proposent, le problème a été identifié après un premier déploiement infructueux grâce à l'exploration des log de l'app avec `rsconnect::showLogs(appName = "nitrates", account = "ssm-ecologie"))`

- supression de la dépendance de l'app au package nitrates.pdl dans le fichier app.R, shinyApps.io cherche à la réinstaller, mais ne sait pas à partir de où alors que tout est dans le dossier de l'app

fusion de dev_actualisation_2024 vers master

See merge request !3

mise à jour du journal et complétion de DESCRIPTION avant de pouvoir déployer avec la commande usethis::use_package('pkgload') dans le fichier 02_dev.R pour que le package {pkgload} figure dans le fichier DESCRIPTION

Ajout du périmètre des zones d'actions renforcées (ZAR) du 7e programme d'action régional (PAR) en Pays de la Loire dans les cartes des concentrations et d'évolution de la tendance

fusion de actualisation_table_unique_prelevement_analyse vers dev_actualisation_2024

See merge request !2

modifications pour répondre aux tickets #14 (réduction du nombre de classes P90) et #13 (légende des graphes des pressions azotées)

0 errors  | 0 warnings  | 2 notes 

── R CMD check results ──────────────────────────────────────── nitrates.pdl 0.0.0.9000 ────
Duration: 3m 3.4s

❯ checking installed package size ... NOTE
    installed size is 15.1Mb
    sub-directories of 1Mb or more:
      app       3.4Mb
      data     10.3Mb
      extdata   1.0Mb

❯ checking for future file timestamps ... NOTE
  unable to verify current time

0 errors  | 0 warnings  | 2 notes 

R CMD check succeeded

0 errors  | 1 warning  | 3 notes 
Erreur : R CMD check found WARNINGs

── R CMD check results ──────────────────────────────────────── nitrates.pdl 0.0.0.9000 ────
Duration: 3m 6.9s

❯ checking for code/documentation mismatches ... WARNING
  Data codoc mismatches from Rd file 'nitrates_P90.Rd':
  Variables dans le tableau de données 'nitrates_P90'
    Code : P90 annee captage_prioritaire classe code_bassin_versant
          code_bss code_commune code_fraction_analysee code_intervenant
          code_masse_eau code_naiades code_nature_eau code_parametre
          code_reseau code_sage code_sise_eaux code_station code_support
          date_creation id_prelevement_motif id_usage insee_dep
          libelle_station limite_detection limite_quantification
          pos_a_garder source_station test the_geom
    Docs : P90 annee classe code_nature_eau code_station id_usage
          libelle_station pos_a_garder source_station

  Data codoc mismatches from Rd file 'nitrates_telecharger.Rd':
  Variables dans le tableau de données 'nitrates_telecharger'
    Code : annee captage_prioritaire code_bassin_versant code_commune
          code_nature_eau code_remarque code_sage code_station insee_dep
          libelle_station mois nom_bassin_versant nom_sage
          resultat_analyse source_prelevement_analyse
    Docs : annee captage_prioritaire code_bassin_versant code_commune
          code_nature_eau code_remarque code_sage code_station insee_dep
          libelle_station mois nom_bassin_versant nom_sage
          resultat_analyse source_prelevement

❯ checking installed package size ... NOTE
    installed size is 15.2Mb
    sub-directories of 1Mb or more:
      app       3.4Mb
      data     10.4Mb
      extdata   1.0Mb

❯ checking for future file timestamps ... NOTE
  unable to verify current time

❯ checking R code for possible problems ... [28s] NOTE
  prepa_nitrates_P90_fct: no visible binding for global variable
    'code_prelevement_analyse'
  prepa_nitrates_P90_fct: no visible binding for global variable
    'source_prelevement_analyse'
  prepa_nitrates_telecharger_fct: no visible binding for global variable
    'source_prelevement_analyse'
  Undefined global functions or variables:
    code_prelevement_analyse source_prelevement_analyse

0 errors  | 1 warning  | 3 notes 
Erreur : R CMD check found WARNINGs

après correction de la table des stations ESO par Ronan, les scripts de préparation des données ont été relancés

actualisation du référentiel des stations ESU et nouveaux calculs pour l'application sans versement dans le SGBD des résultats

0 errors  | 0 warnings  | 1 note 

── R CMD check results ───────────────────────── nitrates.pdl 0.0.0.9000 ────
Duration: 3m 22.3s

❯ checking installed package size ... NOTE
    installed size is 15.1Mb
    sub-directories of 1Mb or more:
      app       3.4Mb
      data     10.3Mb
      extdata   1.0Mb

R CMD check succeeded

création de data-raw/prepa_referentiel.R pour enlever de data-raw/prepa_data.R ce qui ne doit pas être recalculé à chaque actualisation

actualisation des données avec la nouvelle table des stations ESO

petite modification de la fonction prepa_nitrates_fct() pour une meilleure communication vis à vis de l'utilisateur du package

correction du nombre de lignes pour quelques tables produites par le script de préparation des données data-raw/prepa_data.R

actualisation des données nitrates v0_15 et modifications de certains scripts pour que çà fonctionne

0 errors  | 0 warnings  | 2 notes 

── R CMD check results ──────────────────────── nitrates.pdl 0.0.0.9000 ────
Duration: 4m 3.2s

❯ checking installed package size ... NOTE
    installed size is 14.4Mb
    sub-directories of 1Mb or more:
      app    3.4Mb
      data  10.1Mb

❯ checking for future file timestamps ... NOTE
  unable to verify current time

R CMD check succeeded

fusion de la branche de développement evolution_pression_azotee dans master

See merge request !1

modification de l'à propos sur la classification des mesures (moyenne et valeur maximale des P90 pour un bassin versant)