remaniement des fonctions et nouveau calcul des data

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── R CMD check results ──────────────────────────────────────── nitrates.pdl 0.0.0.9000 ────
Duration: 3m 3.4s

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      extdata   1.0Mb

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R CMD check succeeded

R/data_doc-nitrates_P90.R

@@ -2,35 +2,18 @@
 #'
 #' percentiles 90 par station par annee.
 #'
-#' @format A data frame with 12848 rows and 29 variables:
+#' @format A data frame with 12848 rows and 12 variables:
 #' \describe{
   #'   \item{ code_station }{  factor }
   #'   \item{ code_bss }{  factor }
   #'   \item{ code_sise_eaux }{  factor }
   #'   \item{ code_naiades }{  factor }
   #'   \item{ libelle_station }{  factor }
-  #'   \item{ code_nature_eau }{  factor }
-  #'   \item{ date_creation }{  Date }
+  #'   \item{ annee }{  numeric }
   #'   \item{ source_station }{  factor }
-  #'   \item{ code_masse_eau }{  factor }
-  #'   \item{ code_bassin_versant }{  factor }
-  #'   \item{ code_commune }{  factor }
-  #'   \item{ code_sage }{  factor }
-  #'   \item{ captage_prioritaire }{  logical }
-  #'   \item{ insee_dep }{  factor }
-  #'   \item{ test }{  logical }
-  #'   \item{ code_intervenant }{  factor }
-  #'   \item{ code_reseau }{  factor }
-  #'   \item{ code_support }{  numeric }
   #'   \item{ id_usage }{  factor }
-  #'   \item{ id_prelevement_motif }{  factor }
   #'   \item{ P90 }{  numeric }
-  #'   \item{ code_parametre }{  factor }
-  #'   \item{ code_fraction_analysee }{  integer }
-  #'   \item{ limite_detection }{  numeric }
-  #'   \item{ limite_quantification }{  factor }
-  #'   \item{ annee }{  numeric }
-  #'   \item{ the_geom }{  sfc_POINT,sfc }
+  #'   \item{ code_nature_eau }{  factor }
   #'   \item{ pos_a_garder }{  numeric }
   #'   \item{ classe }{  factor }
   #' }

R/data_doc-nitrates_maxP90_bassin_versant.R

@@ -4,7 +4,7 @@
 #'
 #' @format A data frame with 6231 rows and 5 variables:
 #' \describe{
-  #'   \item{ code_bassin_versant }{  factor }
+  #'   \item{ code_bassin_versant }{  character }
   #'   \item{ annee }{  numeric }
   #'   \item{ code_nature_eau }{  factor }
   #'   \item{ maxP90 }{  numeric }

R/data_doc-nitrates_moyP90_bassin_versant.R

@@ -4,7 +4,7 @@
 #'
 #' @format A data frame with 6231 rows and 5 variables:
 #' \describe{
-  #'   \item{ code_bassin_versant }{  factor }
+  #'   \item{ code_bassin_versant }{  character }
   #'   \item{ annee }{  numeric }
   #'   \item{ code_nature_eau }{  factor }
   #'   \item{ moyP90 }{  numeric }

R/data_doc-nitrates_tendanceP90.R

@@ -2,7 +2,7 @@
 #'
 #' tendances des percentiles 90 par station par période de 10 ans.
 #'
-#' @format A data frame with 23450 rows and 5 variables:
+#' @format A data frame with 10135 rows and 5 variables:
 #' \describe{
   #'   \item{ code_station }{  factor }
   #'   \item{ libelle_station }{  factor }

R/data_doc-nitrates_tendanceP90_telecharger.R

@@ -2,7 +2,7 @@
 #'
 #' données à télécharger des tendances des percentiles 90 par station par période de 10 ans.
 #'
-#' @format A data frame with 23450 rows and 12 variables:
+#' @format A data frame with 10135 rows and 12 variables:
 #' \describe{
   #'   \item{ periode }{  factor }
   #'   \item{ code_nature_eau }{  factor }

R/fct_preparation_data.R

@@ -164,7 +164,7 @@ prepa_NatureEau_fct <- function(station_pdl){
 #' @importFrom dplyr group_by arrange mutate n filter rename select ungroup case_when mutate_if
 prepa_nitrates_P90_fct <- function(nitrates){
   nitrates_P90 <- nitrates %>%
-    dplyr::left_join(station_pdl) %>%
+    dplyr::left_join(station_pdl %>% sf::st_drop_geometry()) %>%
     dplyr::group_by(code_station, annee) %>%
     dplyr::arrange(code_station, annee, desc(resultat_analyse)) %>%
     dplyr::mutate(
@@ -189,8 +189,10 @@ prepa_nitrates_P90_fct <- function(nitrates){
     )
     ) %>%
     dplyr::select(
-      -c(code_prelevement_analyse, source_prelevement_analyse, date_prelevement, heure_prelevement, mois,
-         date_analyse, code_remarque)
+      # -c(code_prelevement_analyse, source_prelevement_analyse, date_prelevement, heure_prelevement, mois,
+      #    date_analyse, code_remarque)
+      c(code_station, code_bss, code_sise_eaux, code_naiades, libelle_station,
+        annee, source_station, id_usage, P90, code_nature_eau, pos_a_garder, classe)
     ) %>%
     dplyr::filter(!is.na(classe)) %>%
     dplyr::mutate_if(is.character,as.factor)
@@ -326,6 +328,12 @@ prepa_periode_nitrates_tendanceP90_fct <- function(annee){
 prepa_nitrates_bassin_versant_fct <- function(nitrates_P90){
   nitrates_bassin_versant <- nitrates_P90 %>%
     dplyr::semi_join(station_pdl) %>%
+    dplyr::left_join(
+      station_pdl %>%
+        dplyr::select(c(code_station, libelle_station, code_bassin_versant)) %>%
+        sf::st_drop_geometry(),
+      by = c("code_station")
+    ) %>%
     dplyr::group_by(code_bassin_versant, annee, code_nature_eau) %>%
     dplyr::summarise(
       moyP90 = round(mean(P90), digits = 2),
@@ -409,6 +417,11 @@ prepa_repartition_P90_fct <- function(
     ){
   repartition_P90_region <- nitrates_P90 %>%
     dplyr::semi_join(station_pdl) %>%
+    dplyr::left_join(
+      station_pdl %>%
+        dplyr::select(code_station, code_sage, code_bassin_versant, insee_dep) %>%
+        sf::st_drop_geometry()
+    ) %>%
     dplyr::group_by(code_nature_eau, annee, classe) %>%
     dplyr::summarise(n = dplyr::n()) %>%
     dplyr::mutate(
@@ -420,6 +433,11 @@ prepa_repartition_P90_fct <- function(
 
   repartition_P90_sage <- nitrates_P90 %>%
     dplyr::semi_join(station_pdl) %>%
+    dplyr::left_join(
+      station_pdl %>%
+        dplyr::select(code_station, code_sage, code_bassin_versant, insee_dep) %>%
+        sf::st_drop_geometry()
+    ) %>%
     dplyr::group_by(code_nature_eau, code_sage, annee, classe) %>%
     dplyr::summarise(n = dplyr::n()) %>%
     dplyr::mutate(
@@ -436,6 +454,11 @@ prepa_repartition_P90_fct <- function(
 
   repartition_P90_bassin_versant <- nitrates_P90 %>%
     dplyr::semi_join(station_pdl) %>%
+    dplyr::left_join(
+      station_pdl %>%
+        dplyr::select(code_station, code_sage, code_bassin_versant, insee_dep) %>%
+        sf::st_drop_geometry()
+    ) %>%
     dplyr::group_by(code_nature_eau, code_bassin_versant, annee, classe) %>%
     dplyr::summarise(n = dplyr::n()) %>%
     dplyr::mutate(
@@ -501,7 +524,9 @@ prepa_repartition_tendanceP90_fct <- function(
   repartition_tendanceP90_sage <- nitrates_tendanceP90 %>%
     dplyr::semi_join(station_pdl) %>%
     dplyr::left_join(
-      station_pdl %>% dplyr::select(code_station, code_sage, code_bassin_versant) %>% sf::st_drop_geometry()
+      station_pdl %>%
+        dplyr::select(code_station, code_sage, code_bassin_versant) %>%
+        sf::st_drop_geometry()
     ) %>%
     dplyr::group_by(code_nature_eau, code_sage, periode,tendance) %>%
     dplyr::summarise(n = dplyr::n()) %>%
@@ -522,7 +547,9 @@ prepa_repartition_tendanceP90_fct <- function(
   repartition_tendanceP90_bassin_versant <- nitrates_tendanceP90 %>%
     dplyr::semi_join(station_pdl) %>%
     dplyr::left_join(
-      station_pdl %>% dplyr::select(code_station, code_sage, code_bassin_versant) %>% sf::st_drop_geometry()
+      station_pdl %>%
+        dplyr::select(code_station, code_sage, code_bassin_versant) %>%
+        sf::st_drop_geometry()
     ) %>%
     dplyr::group_by(code_nature_eau, code_bassin_versant, periode, tendance) %>%
     dplyr::summarise(n = dplyr::n()) %>%
@@ -640,11 +667,13 @@ prepa_nitrates_nature_eau_fct <- function(station_pdl, nature_eau){
 #' @export
 #' @importFrom dplyr group_by mutate n ungroup filter select left_join bind_rows mutate_if arrange
 #' @importFrom sf st_drop_geometry
-prepa_depassement_seuil_nature_eau_fct <- function(nitrates_nature_eau,
-                                                   seuil,
-                                                   station_pdl,
-                                                   n_sage_r52,
-                                                   masse_eau_bassin_versant_PDL){
+prepa_depassement_seuil_nature_eau_fct <- function(
+    nitrates_nature_eau,
+    seuil,
+    station_pdl,
+    n_sage_r52,
+    masse_eau_bassin_versant_PDL
+    ){
   depassement_seuil_region <- nitrates_nature_eau %>%
     dplyr::group_by(annee) %>%
     unique() %>%
@@ -751,7 +780,8 @@ prepa_nitrates_telecharger_fct <- function(
       source_prelevement_analyse
     ) %>%
     dplyr::left_join(
-      station_pdl %>% sf::st_drop_geometry() %>%
+      station_pdl %>%
+        sf::st_drop_geometry() %>%
         dplyr::select(
           code_station,
           code_sage,
@@ -803,7 +833,8 @@ prepa_nitrates_P90_telecharger_fct <- function(
       classe
     ) %>%
     dplyr::left_join(
-      station_pdl %>% sf::st_drop_geometry() %>%
+      station_pdl %>%
+        sf::st_drop_geometry() %>%
         dplyr::select(
           code_station,
           code_sage,
@@ -847,7 +878,8 @@ prepa_nitrates_tendanceP90_telecharger_fct <- function(
   nitrates_tendanceP90_telecharger <- nitrates_tendanceP90 %>%
     dplyr::semi_join(station_pdl, by = c("code_station")) %>%
     dplyr::left_join(
-      station_pdl %>% sf::st_drop_geometry() %>%
+      station_pdl %>%
+        sf::st_drop_geometry() %>%
         dplyr::select(
           code_station,
           code_sage,

R/globals.R

@@ -40,7 +40,8 @@ utils::globalVariables(
 
     "bassin_versant_pa_telecharger", "departement_pa_telecharger",
     "depassement", "nbre_depassement", "non_depassement",
-    "captage_prioritaire"
-
+    "captage_prioritaire",
+    "code_prelevement_analyse", "source_prelevement_analyse",
+    "code_bss", "code_naiades", "code_sise_eaux"
   )
 )

data-raw/prepa_data.R

@@ -266,6 +266,7 @@ usethis::use_data(
 
 
 # # versement sur le sgbd/datamart/nitrates ------
+
 datalibaba::poster_data(
   data = nitrates_P90,
   db = "datamart",
@@ -277,10 +278,6 @@ datalibaba::poster_data(
   droits_schema = TRUE,
   user = "does"
   )
-# Erreur : COPY returned error : ERROR:  invalid hexadecimal digit: "P"
-# CONTEXT:  COPY nitrates_p90_v0_21, line 1, column the_geom: "\xPOINT (399586 6830769)"
-
-# lignes 267 et 268 de prepa_referentiel.R a priori
 
 datalibaba::commenter_table(
   comment = "calcul du P90 par station",
@@ -301,10 +298,6 @@ datalibaba::poster_data(
   droits_schema = TRUE,
   user = "does"
   )
-# Erreur : Failed to fetch row : ERROR:  could not create unique index "nitrates_tendancep90_v0_21_pkey"
-# DETAIL:  Key (code_station, libelle_station, periode)=(035000242, PONT JUHEL (L'AIRON), 2007 - 2016) is duplicated.
-
-# idem
 
 datalibaba::commenter_table(
   comment = "calcul de la tendance P90 par station",
@@ -344,6 +337,7 @@ datalibaba::poster_data(
   droits_schema = TRUE,
   user = "does"
   )
+
 datalibaba::commenter_table(
   comment = "calcul du maximum P90 par bassin versant",
   db = "datamart",

man/depassement_seuil_eso.Rd

@@ -5,7 +5,7 @@
 \alias{depassement_seuil_eso}
 \title{depassement_seuil_eso}
 \format{
-A data frame with 867 rows and 5 variables:
+A data frame with 921 rows and 5 variables:
 \describe{
   \item{ annee }{  factor }
   \item{ depassement }{  numeric }

man/depassement_seuil_esu.Rd

@@ -5,7 +5,7 @@
 \alias{depassement_seuil_esu}
 \title{depassement_seuil_esu}
 \format{
-A data frame with 3444 rows and 5 variables:
+A data frame with 3694 rows and 5 variables:
 \describe{
   \item{ annee }{  factor }
   \item{ depassement }{  numeric }

man/nitrates_P90.Rd

@@ -5,12 +5,15 @@
 \alias{nitrates_P90}
 \title{nitrates_P90}
 \format{
-A data frame with 11972 rows and 9 variables:
+A data frame with 12848 rows and 12 variables:
 \describe{
   \item{ code_station }{  factor }
+  \item{ code_bss }{  factor }
+  \item{ code_sise_eaux }{  factor }
+  \item{ code_naiades }{  factor }
   \item{ libelle_station }{  factor }
-  \item{ source_station }{  factor }
   \item{ annee }{  numeric }
+  \item{ source_station }{  factor }
   \item{ id_usage }{  factor }
   \item{ P90 }{  numeric }
   \item{ code_nature_eau }{  factor }

man/nitrates_P90_telecharger.Rd

@@ -5,7 +5,7 @@
 \alias{nitrates_P90_telecharger}
 \title{nitrates_P90_telecharger}
 \format{
-A data frame with 7781 rows and 13 variables:
+A data frame with 12848 rows and 13 variables:
 \describe{
   \item{ annee }{  numeric }
   \item{ code_nature_eau }{  factor }