Essai réparation CI : mise à jour de l'image docker de départ...

Essai réparation CI : mise à jour de l'image docker de départ (rocker/geospatial:latest au lieu de 4.0.1)
+
Apurement des notes et warnings des checks :
- prefixage de package manquants
- utilisation des '' au lieu du .data$ dans les fonctions de selection

.gitlab-ci.yml

-image: rocker/geospatial:4.0.1
+image: rocker/geospatial:latest
 
 variables:
   R_LIBS_USER: "ci/lib"

DESCRIPTION

@@ -36,8 +36,7 @@ Imports:
     stringr,
     tibble,
     tidyr,
-    tricky,
-    utils
+    tricky
 Suggests: 
     rmarkdown,
     testthat (>= 3.0.0)
@@ -53,4 +52,4 @@ Encoding: UTF-8
 LazyData: true
 LazyDataCompression: bzip2
 Roxygen: list(markdown = TRUE)
-RoxygenNote: 7.2.1
+RoxygenNote: 7.2.3

R/creer_graphe_1_4.R

@@ -5,12 +5,12 @@
 #'
 #' @return Un diagramme en barres
 #'
-#' @importFrom dplyr filter select mutate group_by desc arrange case_when
+#' @importFrom dplyr filter select mutate group_by desc arrange case_when pull
 #' @importFrom COGiter filtrer_cog
 #' @importFrom forcats fct_inorder fct_drop
 #' @importFrom ggplot2 ggplot aes scale_y_continuous theme geom_text geom_col scale_fill_manual scale_x_discrete coord_flip
 #' @importFrom glue glue
-#' @importFrom lubridate make_date
+#' @importFrom lubridate make_date year
 #' @importFrom tidyr spread gather
 #' @importFrom tricky set_standard_names
 #' @importFrom ggtext element_markdown
@@ -25,10 +25,10 @@
 creer_graphe_1_4 <- function(code_reg){
 
   millesime_teruti <- teruti  %>%
-    dplyr::select(date) %>%
+    dplyr::select("date") %>%
     # unique() %>%
-    pull() %>%
-    year() %>%
+    dplyr::pull() %>%
+    lubridate::year() %>%
     max()
 
   attempt::stop_if(millesime_teruti, is.null, msg = "millesime_teruti n'est pas renseign\u00e9")
@@ -53,20 +53,20 @@ creer_graphe_1_4 <- function(code_reg){
     dplyr::arrange(.data$typezone,.data$zone) %>%
     dplyr::mutate(zone = forcats::fct_drop(.data$zone) %>% forcats::fct_inorder(),
                   voiries=.data$sols_revetus,
-                  hors_voiries=(.data$sols_batis+ .data$sols_stabilises+ .data$autres_sols_artificialises )
+                  hors_voiries=(.data$sols_batis + .data$sols_stabilises + .data$autres_sols_artificialises )
     ) %>%
-    dplyr::select(.data$typezone,.data$codezone,.data$zone,.data$voiries,.data$hors_voiries)%>%
-    tidyr::gather(variable,valeur,.data$voiries:.data$hors_voiries)%>%
-    dplyr::mutate(variable = replace(.data$variable, .data$variable=="hors_voiries","surfaces artificialis\u00e9es hors voiries"))%>%
-    dplyr::mutate(variable=factor(.data$variable,levels=c("surfaces artificialis\u00e9es hors voiries","voiries"))%>% forcats::fct_inorder()) %>%
+    dplyr::select("typezone", "codezone", "zone", "voiries", "hors_voiries")%>%
+    tidyr::gather("variable", "valeur", .data$voiries:.data$hors_voiries)%>%
+    dplyr::mutate(variable = replace(.data$variable, .data$variable == "hors_voiries", "surfaces artificialis\u00e9es hors voiries"))%>%
+    dplyr::mutate(variable = factor(.data$variable, levels = c("surfaces artificialis\u00e9es hors voiries","voiries")) %>% forcats::fct_inorder()) %>%
     dplyr::group_by(.data$typezone,.data$codezone,.data$zone) %>%
     dplyr::arrange(.data$codezone, dplyr::desc(.data$variable))%>%
     dplyr::mutate(position = cumsum(.data$valeur) - 0.5 * .data$valeur)
 
-  graph_1_4<-data  %>%
+  graph_1_4 <- data  %>%
     ggplot2::ggplot(ggplot2::aes(x=.data$zone,y=.data$valeur)) +
-    ggplot2::geom_col(ggplot2::aes(fill = .data$variable), width = 0.9)+
-    ggplot2::geom_text(ggplot2::aes(y = .data$position, label = mapfactory::format_fr(.data$valeur,0), group =.data$variable), color = "white", size=3)+
+    ggplot2::geom_col(ggplot2::aes(fill = .data$variable), width = 0.9) +
+    ggplot2::geom_text(ggplot2::aes(y = .data$position, label = mapfactory::format_fr(.data$valeur,0), group =.data$variable), color = "white", size=3) +
     ggplot2::labs(title= glue::glue("Etat des surfaces artificialis\u00e9es en {millesime_teruti} (en hectares)"),
                   subtitle=glue::glue("<span style = 'color:{couleur_hors_voirie}'> Hors voiries</span> et <span style = 'color:{couleur_voirie}'> en voiries</span>"),
                   x="",
@@ -74,11 +74,11 @@ creer_graphe_1_4 <- function(code_reg){
                   fill="",
                   caption = glue::glue("Source : Teruti-Lucas {millesime_teruti}"))+
     ggplot2::theme(legend.position = "none",
-                   plot.subtitle = ggtext::element_markdown(size = 12, lineheight = 1.2))+
-    ggplot2::scale_y_continuous(labels = scales::number_format(suffix = "", accuracy = 1)) +
+                   plot.subtitle = ggtext::element_markdown(size = 12, lineheight = 1.2)) +
+    ggplot2::scale_y_continuous(labels = scales::number_format(suffix = "",  accuracy = 1)) +
     ggplot2::coord_flip() +
-    ggplot2::scale_x_discrete(limits=rev) +
-    ggplot2::scale_fill_manual(values = c(couleur_voirie,couleur_hors_voirie))
+    ggplot2::scale_x_discrete(limits = rev) +
+    ggplot2::scale_fill_manual(values = c(couleur_voirie, couleur_hors_voirie))
 
   return(graph_1_4)
 

R/globals.R

-utils::globalVariables(
+globalVariables(
   c("teruti","observatoire_artificialisation",".data","variable",".",
     "valeur","etalement_urbain","observatoire_artificialisation_gk3",
     "stock_artificialise","population_legale","ocsge","regions")

propre.artificialisation.Rproj

@@ -19,7 +19,4 @@ LineEndingConversion: Posix
 BuildType: Package
 PackageUseDevtools: Yes
 PackageInstallArgs: --no-multiarch --with-keep.source
-PackageBuildArgs: --no-build-vignettes
-PackageBuildBinaryArgs: --no-build-vignettes
-PackageCheckArgs: --no-build-vignettes
 PackageRoxygenize: rd,collate,namespace