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ronan.vignard · ronan.vignard · ronan.vignard · ronan.vignard · ronan.vignard · ronan.vignard
--- a/.Rbuildignore
+++ b/.Rbuildignore
@@ -4,3 +4,5 @@
 ^CODE_OF_CONDUCT\.md$
 ^data\.nitrates\.Rproj$
 ^\.Rproj\.user$
+^.gitlab-ci\.yml$
+^_pkgdown\.yml$
--- a/.gitlab-ci.yml
+++ b/.gitlab-ci.yml
@@ -25,8 +25,9 @@ building:
    - Rscript -e 'install.packages("remotes")'
    - Rscript -e 'install.packages("rcmdcheck")'
    - Rscript -e 'remotes::install_local(upgrade = "never")'
+    - Rscript -e 'remotes::install_gitlab("dreal-pdl/csd/datalibaba", host = "gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr")'
    - Rscript -e 'remotes::install_git("https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/data.nitrates.git")'
-    - R -e 'rcmdcheck::rcmdcheck(args = c("--no-manual"), error_on = "warning", check_dir = "check")'
+    - R -e 'rcmdcheck::rcmdcheck(args = c("--no-manual", "--no-examples"), error_on = "warning", check_dir = "check")'
    - ls -la
    - mkdir -p public
    - ls -la public
@@ -37,7 +38,7 @@ integration:
    allow_failure: true
    when: on_success
    only:
-        - main
+        - master
    script:
        - Rscript -e 'remotes::install_cran(c("pkgdown"), upgrade = "never")'
        - Rscript -e 'pkgdown::build_site()'
@@ -46,20 +47,20 @@ integration:
            - docs
        expire_in: 30 days

-integration-main:
+integration-master:
    stage: pkgdown-move
    dependencies:
        - integration
    only:
-        - main
+        - master
    script:
        - mkdir -p public
        - echo "test file" > public/test.txt
-        - 'curl --location --output artifacts.zip --header "JOB-TOKEN: $CI_JOB_TOKEN" "https://gitlab.com/api/v4/projects/$CI_PROJECT_ID/jobs/artifacts/main/download?job=pages" &&
+        - 'curl --location --output artifacts.zip --header "JOB-TOKEN: $CI_JOB_TOKEN" "https://gitlab.com/api/v4/projects/$CI_PROJECT_ID/jobs/artifacts/master/download?job=pages" &&
          unzip artifacts.zip &&
          rm artifacts.zip &&
-          echo "copied main artifacts" ||
-          echo "copied main artifacts failed"'
+          echo "copied master artifacts" ||
+          echo "copied master artifacts failed"'
        - ls -la docs || echo "Docs directory does not exist or is empty"
        - cp -r docs/* public || echo "No files to copy"
        - ls -la public
@@ -77,4 +78,4 @@ pages:
        paths:
            - public
    only:
-        - main
+        - master
--- a/DESCRIPTION
+++ b/DESCRIPTION
 Package: data.nitrates
 Title: Collecte Des Données Sur Les Nitrates
-Version: 0.3.0
+Version: 1.0.0
 Authors@R: 
    person("Ronan", "Vignard", , "ronan.vignard@developpement-durable.gouv.fr", role = c("aut", "cre"),
           comment = c(ORCID = "0000-0000-0000-0000"))

--- a/NEWS.md
+++ b/NEWS.md
+# data.nitrates 1.0.0
+
+* Finalisation des vignettes de chargement des données consolidées pour les analyses
+* Ajout des templates RMarkdown
+* Ajout de la procédure d'utilisation dans le README
+
 # data.nitrates 0.3.0

 * Finalisation des vignettes de chargement des données consolidées pour les prélèvements

--- a/R/create_nitrate_prelevement_table.R
+++ b/R/create_nitrate_prelevement_table.R
@@ -18,7 +18,7 @@
 #' connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
 #'
 #' # Création du script SQL avec la version choisie
-#' version <- "v0_15"
+#' version <- "v0_16"
 #' last_year <- "2023"
 #' sql <- create_nitrate_analyse_table(version, last_year, connexion)
 create_nitrate_analyse_table <- function(version, last_year, connexion) {
@@ -117,7 +117,7 @@ create_nitrate_analyse_table <- function(version, last_year, connexion) {
 #' connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
 #'
 #' # Création du script SQL avec la version choisie
-#' version <- "v0_15"
+#' version <- "v0_16"
 #' last_year <- "2023"
 #' sql <- create_nitrate_prelevement_table(version, last_year, connexion)
 create_nitrate_prelevement_table  <- function(version, last_year, connexion) {
@@ -137,6 +137,7 @@ create_nitrate_prelevement_table  <- function(version, last_year, connexion) {
      date_prelevement date,
      heure_prelevement character varying(8),
      code_support int,
+      nature_eau character varying(3),
      id_usage character varying(3),
      id_prelevement_motif character varying(2),
      commentaire character varying(254),
@@ -166,6 +167,7 @@ create_nitrate_prelevement_table  <- function(version, last_year, connexion) {
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.date_prelevement IS 'Date du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.heure_prelevement IS 'Heure du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_support IS 'Code du support de pr\u00e9l\u00e8vement';
+    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.nature_eau IS 'Nature de l''eau du pr\u00e9l\u00e8vement (ESO/ESU)';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_usage IS 'Code de l''usage du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_prelevement_motif IS 'Code du motif du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.commentaire IS 'Commentaire';

--- a/README.Rmd
+++ b/README.Rmd
@@ -51,7 +51,7 @@ install.packages("remotes")
 Installer le package `data.nitrates` :

 ```{r install-package, eval=FALSE}
-remotes::install_gitlab('dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrate', host="gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr")
+remotes::install_gitlab('dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates', host="gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr")
 ```

 ## Utilisation
@@ -72,11 +72,11 @@ https://dreal-pdl.gitlab-pages.din.developpement-durable.gouv.fr/csd/eau-milieux

 Ouvrir un nouveau fichier RMarkdown via *New File > Rmarkdown* :

-![Capture d'écran du menu](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/main/inst/images/new_file_rmarkdown.png)
+![Capture d'écran du menu](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/master/inst/images/new_file_rmarkdown.png)

 Sélectionner *From Template* dans la fenêtre puis le template souhaité parmi ceux proposés pour {data.nitrates} :

-![Capture d'écran de la fenêtre](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/main/inst/images/from_template.png)
+![Capture d'écran de la fenêtre](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/master/inst/images/from_template.png)

 Un nouveau fichier .Rmd est créé à partir du template et peut être enregistré par l'utilisateur sur son poste de travail.


--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -48,7 +48,7 @@ install.packages("remotes")
 Installer le package `data.nitrates` :

 ``` r
-remotes::install_gitlab('dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrate', host="gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr")
+remotes::install_gitlab('dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates', host="gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr")
 ```

 ## Utilisation
@@ -72,7 +72,7 @@ Ouvrir un nouveau fichier RMarkdown via *New File \> Rmarkdown* :

 <figure>
 <img
-src="https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/main/inst/images/new_file_rmarkdown.png"
+src="https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/master/inst/images/new_file_rmarkdown.png"
 alt="Capture d’écran du menu" />
 <figcaption aria-hidden="true">Capture d’écran du menu</figcaption>
 </figure>
@@ -82,7 +82,7 @@ parmi ceux proposés pour {data.nitrates} :

 <figure>
 <img
-src="https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/main/inst/images/from_template.png"
+src="https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/-/raw/master/inst/images/from_template.png"
 alt="Capture d’écran de la fenêtre" />
 <figcaption aria-hidden="true">Capture d’écran de la
 fenêtre</figcaption>

--- a/_pkgdown.yml
+++ b/_pkgdown.yml
+url: https://dreal-pdl.gitlab-pages.din.developpement-durable.gouv.fr/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/
+
+home:
+  title: Package d'import des données Nitrates en Pays de la Loire
+  description: Collecte et importe les données ARS et Hub'eau dans une base PostgreSQL.
+
+template:
+  bootstrap: 5
+  bootswatch: cosmo
+
+lang: fr
+
+footer:
+  structure:
+    left: package
+    right: built_with
--- a/dev/flat_create_tables.Rmd
+++ b/dev/flat_create_tables.Rmd
@@ -23,7 +23,7 @@ pkgload::load_all(export_all = FALSE)

 # Table des prélèvements

-```{r function-create_nitrate_prelevement_table}
+```{r function-create_nitrate_prelevement_table, eval=FALSE}
 #' Créer une table de prélèvements de nitrates
 #'
 #' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL 
@@ -54,6 +54,7 @@ create_nitrate_prelevement_table  <- function(version, last_year, connexion) {
      date_prelevement date,
      heure_prelevement character varying(8),
      code_support int,
+      nature_eau character varying(3),
      id_usage character varying(3),
      id_prelevement_motif character varying(2),
      commentaire character varying(254),
@@ -83,6 +84,7 @@ create_nitrate_prelevement_table  <- function(version, last_year, connexion) {
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.date_prelevement IS 'Date du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.heure_prelevement IS 'Heure du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_support IS 'Code du support de pr\u00e9l\u00e8vement';
+    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.nature_eau IS 'Nature de l''eau du pr\u00e9l\u00e8vement (ESO/ESU)';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_usage IS 'Code de l''usage du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_prelevement_motif IS 'Code du motif du pr\u00e9l\u00e8vement';
    COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.commentaire IS 'Commentaire';
@@ -113,12 +115,12 @@ create_nitrate_prelevement_table  <- function(version, last_year, connexion) {
 connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")

 # Création du script SQL avec la version choisie
-version <- "v0_15"
+version <- "v0_16"
 last_year <- "2023"
 sql <- create_nitrate_prelevement_table(version, last_year, connexion)
 ```

-```{r function-create_nitrate_analyse_table} 
+```{r function-create_nitrate_analyse_table, eval=FALSE} 
 #' Créer une table d'analyses de nitrates
 #'
 #' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL 
@@ -216,7 +218,7 @@ create_nitrate_analyse_table <- function(version, last_year, connexion) {
 connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")

 # Création du script SQL avec la version choisie
-version <- "v0_15"
+version <- "v0_16"
 last_year <- "2023"
 sql <- create_nitrate_analyse_table(version, last_year, connexion)
 ```

--- a/dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd
+++ b/dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd
@@ -22,7 +22,7 @@ pkgload::load_all(export_all = FALSE)

 # Consolidation et insertion des données de l'ARS dans la table des prélèvements

-## Chargement des données ARS brutes
+## Chargement des données ARS brutes et des stations ESO

 La table des données brutes Nitrates de l'ARS est chargée :
 ```{r load-nitrate_data_analyse_ars, eval=FALSE}
@@ -34,6 +34,16 @@ nitrate_data_analyse_ars <- datalibaba::importer_data(
 )
 ```

+La table des stations ESO est chargée :
+```{r load-nitrate_station_eso, eval=FALSE}
+station_eso <- datalibaba::importer_data(
+  table = "station_eso",
+  schema = "stations",
+  db = "si_eau",
+  user = "admin"
+)
+```
+
 ## Consolidation des données ARS

 On ajoute les variables `source` et `code_support` :
@@ -63,6 +73,7 @@ nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
                date_prelevement = plv_date,
                heure_prelevement = plv_heure,
                code_support,
+                nature_eau,
                id_usage = usage,
                id_prelevement_motif = plv_motif)

@@ -76,6 +87,31 @@ nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
  dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
 ```

+On met à jour le champs code_station avec le code BSS :
+```{r update_code_bss, eval=FALSE}
+nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
+  dplyr::left_join(station_eso, by = c("code_station" = "code_sise_eaux"), suffix = c("_ars", "_station_eso")) 
+
+nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
+  dplyr::mutate(code_station = ifelse(!is.na(code_station_station_eso), code_station_station_eso, code_station)) |>
+  dplyr::select(-code_station_station_eso, -source_station_eso)
+```
+
+On ne conserve que les champs utiles à la table des prélèvements :
+```{r select-variables-ars_v2, eval=FALSE}
+nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
+  dplyr::select(code_intervenant,
+                source = source_ars,
+                code_station,
+                date_prelevement,
+                heure_prelevement,
+                code_support,
+                nature_eau,
+                id_usage,
+                id_prelevement_motif)
+```
+
+
 ```{r function-add_code_prelevement, eval=FALSE} 
 #' Ajouter une variable code_prelevement au dataframe
 #'
@@ -129,7 +165,7 @@ On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
 ```{r add_code_prelevement_ars, eval=FALSE}
 # Utiliser la fonction add_code_prelevement_ars avec la version souhaitée
 nitrate_data_analyse_ars <- add_code_prelevement(
-  nitrate_data_analyse_ars, "v0_15")
+  nitrate_data_analyse_ars, "v0_16")

 # Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
 print(nitrate_data_analyse_ars)
@@ -137,10 +173,10 @@ print(nitrate_data_analyse_ars)
 ```

 On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_15, eval=FALSE}
+```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_16, eval=FALSE}
 # Charger les données dans une nouvelle table en base
 datalibaba::poster_data(data = nitrate_data_analyse_ars, 
-                        table = "nitrate_prelevement_ars_v0_15", 
+                        table = "nitrate_prelevement_ars_v0_16", 
                        schema = "nitrates", 
                        db = "si_eau",
                        overwrite = TRUE,
@@ -154,9 +190,9 @@ On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
 ```{r import_and_merge_tables_ars, eval=FALSE}
 # Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
 collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
-                                  source_table = "nitrate_prelevement_ars_v0_15", 
+                                  source_table = "nitrate_prelevement_ars_v0_16", 
                                  source_schema = "nitrates", 
-                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_15", 
+                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_16", 
                                  target_schema = "nitrates",
                                  role = "admin")


--- a/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd
+++ b/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd
@@ -47,13 +47,14 @@ nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>

 ## Consolidation des prélèvements Hub'eau ESO

-On ajoute les variables `source` et `code_support` :
+On ajoute les variables `source`, `code_support` et `nature_eau` :
 ```{r add-source_code_support_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Ajouter les variables source et code_support
+# Ajouter les variables source, code_support et nature_eau
 nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
  dplyr::mutate(
    source = "ADES",
-    code_support = 3)
+    code_support = 3,
+    nature_eau = "ESO")
 ```

 On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
@@ -64,7 +65,8 @@ nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
                code_reseau = codes_reseau,
                code_station = bss_id,
                date_prelevement = date_debut_prelevement,
-                code_support)
+                code_support,
+                nature_eau)
 ```

 On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer :
@@ -87,7 +89,7 @@ On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
 ```{r add_code_prelevement_hubeau_eso, eval=FALSE}
 # Utiliser la fonction add_code_prelevement avec la version souhaitée
 nitrate_qualite_nappes_prelevements <- add_code_prelevement(
-  nitrate_qualite_nappes_prelevements, "v0_15")
+  nitrate_qualite_nappes_prelevements, "v0_16")

 # Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
 print(nitrate_qualite_nappes_prelevements)
@@ -98,7 +100,7 @@ On charge les données consolidées dans un table dédiée :
 ```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_eso, eval=FALSE}
 # Charger les données dans une nouvelle table en base
 datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_nappes_prelevements, 
-                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_15", 
+                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_16", 
                        schema = "nitrates", 
                        db = "si_eau",
                        overwrite = TRUE,
@@ -112,9 +114,9 @@ On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
 ```{r import_and_merge_tables_hubeau_eso, eval=FALSE}
 # Insérer les prélèvements Hub'eau ESO vers la table complète
 collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
-                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_15", 
+                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_16", 
                                  source_schema = "nitrates", 
-                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_15", 
+                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_16", 
                                  target_schema = "nitrates",
                                  role = "admin")


--- a/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd
+++ b/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd
@@ -47,11 +47,14 @@ nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |
    )
 ```

-On ajoute la variable `source` :
+On ajoute les variables `source` et `nature_eau` :
 ```{r add-source_code_support_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Ajouter les variables source et code_support
+# Ajouter les variables source et nature_eau
 nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
-  dplyr::mutate(source = "Na\u00efades")
+  dplyr::mutate(
+    source = "Na\u00efades",
+    nature_eau = "ESO")
+
 ```

 On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
@@ -64,6 +67,7 @@ nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |
                date_prelevement,
                heure_prelevement,
                code_support,
+                nature_eau,
                commentaire = commentaires_analyse)
 ```

@@ -87,7 +91,7 @@ On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
 ```{r add_code_prelevement_hubeau_esu, eval=FALSE}
 # Utiliser la fonction add_code_prelevement avec la version souhaitée
 nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- add_code_prelevement(
-  nitrate_qualite_rivieres_prelevements, "v0_15")
+  nitrate_qualite_rivieres_prelevements, "v0_16")

 # Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
 print(nitrate_qualite_rivieres_prelevements)
@@ -98,7 +102,7 @@ On charge les données consolidées dans une table dédiée :
 ```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_esu, eval=FALSE}
 # Charger les données dans une nouvelle table en base
 datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_rivieres_prelevements, 
-                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_15", 
+                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_16", 
                        schema = "nitrates", 
                        db = "si_eau",
                        overwrite = TRUE,
@@ -112,9 +116,9 @@ On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
 ```{r import_and_merge_tables_hubeau_esu, eval=FALSE}
 # Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
 collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
-                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_15", 
+                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_16", 
                                  source_schema = "nitrates", 
-                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_15", 
+                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_16", 
                                  target_schema = "nitrates",
                                  role = "admin")


--- a/inst/images/from_template.png
+++ b/inst/images/from_template.png
--- a/man/create_nitrate_analyse_table.Rd
+++ b/man/create_nitrate_analyse_table.Rd
@@ -26,7 +26,7 @@ les contraintes et les séquences nécessaires.
 connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")

 # Création du script SQL avec la version choisie
-version <- "v0_15"
+version <- "v0_16"
 last_year <- "2023"
 sql <- create_nitrate_analyse_table(version, last_year, connexion)
 }
--- a/man/create_nitrate_prelevement_table.Rd
+++ b/man/create_nitrate_prelevement_table.Rd
@@ -26,7 +26,7 @@ incluant les contraintes et les séquences nécessaires.
 connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")

 # Création du script SQL avec la version choisie
-version <- "v0_15"
+version <- "v0_16"
 last_year <- "2023"
 sql <- create_nitrate_prelevement_table(version, last_year, connexion)
 }
--- a/vignettes/creation-des-tables-finales.Rmd
+++ b/vignettes/creation-des-tables-finales.Rmd
@@ -32,7 +32,7 @@ library(data.nitrates)
 connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")

 # Création du script SQL avec la version choisie
-version <- "v0_15"
+version <- "v0_16"
 last_year <- "2023"
 sql <- create_nitrate_prelevement_table(version, last_year, connexion)
 ```
@@ -42,7 +42,7 @@ sql <- create_nitrate_prelevement_table(version, last_year, connexion)
 connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")

 # Création du script SQL avec la version choisie
-version <- "v0_15"
+version <- "v0_16"
 last_year <- "2023"
 sql <- create_nitrate_analyse_table(version, last_year, connexion)
 ```

--- a/vignettes/insertion-des-prelevements-ars.Rmd
+++ b/vignettes/insertion-des-prelevements-ars.Rmd
@@ -22,7 +22,7 @@ library(data.nitrates)

 # Consolidation et insertion des données de l'ARS dans la table des prélèvements

-## Chargement des données ARS brutes
+## Chargement des données ARS brutes et des stations ESO

 La table des données brutes Nitrates de l'ARS est chargée :

@@ -35,6 +35,17 @@ nitrate_data_analyse_ars <- datalibaba::importer_data(
 )
 ```

+La table des stations ESO est chargée :
+
+```{r load-nitrate_station_eso, eval = FALSE}
+station_eso <- datalibaba::importer_data(
+  table = "station_eso",
+  schema = "stations",
+  db = "si_eau",
+  user = "admin"
+)
+```
+
 ## Consolidation des données ARS

 On ajoute les variables `source` et `code_support` :
@@ -67,6 +78,7 @@ nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
                date_prelevement = plv_date,
                heure_prelevement = plv_heure,
                code_support,
+                nature_eau,
                id_usage = usage,
                id_prelevement_motif = plv_motif)

@@ -81,12 +93,38 @@ nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
  dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
 ```

+On met à jour le champs code_station avec le code BSS :
+
+```{r update_code_bss, eval = FALSE}
+nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
+  dplyr::left_join(station_eso, by = c("code_station" = "code_sise_eaux"), suffix = c("_ars", "_station_eso")) 
+
+nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
+  dplyr::mutate(code_station = ifelse(!is.na(code_station_station_eso), code_station_station_eso, code_station)) |>
+  dplyr::select(-code_station_station_eso, -source_station_eso)
+```
+
+On ne conserve que les champs utiles à la table des prélèvements :
+
+```{r select-variables-ars_v2, eval = FALSE}
+nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
+  dplyr::select(code_intervenant,
+                source = source_ars,
+                code_station,
+                date_prelevement,
+                heure_prelevement,
+                code_support,
+                nature_eau,
+                id_usage,
+                id_prelevement_motif)
+```
+
 On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :

 ```{r add_code_prelevement_ars, eval = FALSE}
 # Utiliser la fonction add_code_prelevement_ars avec la version souhaitée
 nitrate_data_analyse_ars <- add_code_prelevement(
-  nitrate_data_analyse_ars, "v0_15")
+  nitrate_data_analyse_ars, "v0_16")

 # Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
 print(nitrate_data_analyse_ars)
@@ -95,10 +133,10 @@ print(nitrate_data_analyse_ars)

 On charge les données consolidées dans un table dédiée :

-```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_15, eval = FALSE}
+```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_16, eval = FALSE}
 # Charger les données dans une nouvelle table en base
 datalibaba::poster_data(data = nitrate_data_analyse_ars, 
-                        table = "nitrate_prelevement_ars_v0_15", 
+                        table = "nitrate_prelevement_ars_v0_16", 
                        schema = "nitrates", 
                        db = "si_eau",
                        overwrite = TRUE,
@@ -113,9 +151,9 @@ On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
 ```{r import_and_merge_tables_ars, eval = FALSE}
 # Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
 collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
-                                  source_table = "nitrate_prelevement_ars_v0_15", 
+                                  source_table = "nitrate_prelevement_ars_v0_16", 
                                  source_schema = "nitrates", 
-                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_15", 
+                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_16", 
                                  target_schema = "nitrates",
                                  role = "admin")


--- a/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-eso.Rmd
+++ b/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-eso.Rmd
@@ -49,14 +49,15 @@ nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>

 ## Consolidation des prélèvements Hub'eau ESO

-On ajoute les variables `source` et `code_support` :
+On ajoute les variables `source`, `code_support` et `nature_eau` :

 ```{r add-source_code_support_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Ajouter les variables source et code_support
+# Ajouter les variables source, code_support et nature_eau
 nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
  dplyr::mutate(
    source = "ADES",
-    code_support = 3)
+    code_support = 3,
+    nature_eau = "ESO")
 ```

 On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
@@ -68,7 +69,8 @@ nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
                code_reseau = codes_reseau,
                code_station = bss_id,
                date_prelevement = date_debut_prelevement,
-                code_support)
+                code_support,
+                nature_eau)
 ```

 On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer :
@@ -94,7 +96,7 @@ On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
 ```{r add_code_prelevement_hubeau_eso, eval = FALSE}
 # Utiliser la fonction add_code_prelevement avec la version souhaitée
 nitrate_qualite_nappes_prelevements <- add_code_prelevement(
-  nitrate_qualite_nappes_prelevements, "v0_15")
+  nitrate_qualite_nappes_prelevements, "v0_16")

 # Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
 print(nitrate_qualite_nappes_prelevements)
@@ -106,7 +108,7 @@ On charge les données consolidées dans un table dédiée :
 ```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_eso, eval = FALSE}
 # Charger les données dans une nouvelle table en base
 datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_nappes_prelevements, 
-                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_15", 
+                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_16", 
                        schema = "nitrates", 
                        db = "si_eau",
                        overwrite = TRUE,
@@ -121,9 +123,9 @@ On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
 ```{r import_and_merge_tables_hubeau_eso, eval = FALSE}
 # Insérer les prélèvements Hub'eau ESO vers la table complète
 collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
-                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_15", 
+                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_eso_v0_16", 
                                  source_schema = "nitrates", 
-                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_15", 
+                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_16", 
                                  target_schema = "nitrates",
                                  role = "admin")


--- a/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-esu.Rmd
+++ b/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-esu.Rmd
@@ -49,12 +49,15 @@ nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |
    )
 ```

-On ajoute la variable `source` :
+On ajoute les variables `source` et `nature_eau` :

 ```{r add-source_code_support_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Ajouter les variables source et code_support
+# Ajouter les variables source et nature_eau
 nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
-  dplyr::mutate(source = "Na\u00efades")
+  dplyr::mutate(
+    source = "Na\u00efades",
+    nature_eau = "ESO")
+
 ```

 On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
@@ -68,6 +71,7 @@ nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |
                date_prelevement,
                heure_prelevement,
                code_support,
+                nature_eau,
                commentaire = commentaires_analyse)
 ```

@@ -94,7 +98,7 @@ On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
 ```{r add_code_prelevement_hubeau_esu, eval = FALSE}
 # Utiliser la fonction add_code_prelevement avec la version souhaitée
 nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- add_code_prelevement(
-  nitrate_qualite_rivieres_prelevements, "v0_15")
+  nitrate_qualite_rivieres_prelevements, "v0_16")

 # Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
 print(nitrate_qualite_rivieres_prelevements)
@@ -106,7 +110,7 @@ On charge les données consolidées dans une table dédiée :
 ```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_esu, eval = FALSE}
 # Charger les données dans une nouvelle table en base
 datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_rivieres_prelevements, 
-                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_15", 
+                        table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_16", 
                        schema = "nitrates", 
                        db = "si_eau",
                        overwrite = TRUE,
@@ -121,9 +125,9 @@ On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
 ```{r import_and_merge_tables_hubeau_esu, eval = FALSE}
 # Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
 collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
-                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_15", 
+                                  source_table = "nitrate_prelevement_hubeau_esu_v0_16", 
                                  source_schema = "nitrates", 
-                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_15", 
+                                  target_table = "nitrate_prelevement_v0_16", 
                                  target_schema = "nitrates",
                                  role = "admin")
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