Merge branch 'dev' into 'master'

Modification des noms de flats et vignettes

See merge request !5

dev/config_fusen.yaml

@@ -3,10 +3,10 @@ flat_import_ars_data.Rmd:
   state: active
   R: []
   tests: []
-  vignettes: vignettes/import-des-donnees-brutes-ars.Rmd
+  vignettes: vignettes/import-des-donnees-ars.Rmd
   inflate:
     flat_file: dev/flat_import_ars_data.Rmd
-    vignette_name: Import des données brutes ARS
+    vignette_name: Import des données ARS
     open_vignette: true
     check: true
     document: true

dev/flat_import_ars_data.Rmd

 ---
-title: "flat_import_ars_data.Rmd"
+title: "Import des données ARS"
 output: html_document
 editor_options: 
   chunk_output_type: console
@@ -142,6 +142,6 @@ datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses Nitrates ARS (2007-2023)",
 ```{r development-inflate, eval=FALSE}
 # Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
 # Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_import_ars_data.Rmd", vignette_name = "Import des données brutes ARS")
+fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_import_ars_data.Rmd", vignette_name = "Import des données ARS")
 ```
 

dev/flat_import_data.Rmd → dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd

 ---
-title: "Import des données"
+title: "Import des données Hub'eau Cours d'eau"
 output: html_document
 editor_options: 
   chunk_output_type: console
@@ -22,17 +22,17 @@ pkgload::load_all(export_all = FALSE)
 
 # Présentation
 
-> Cette page contient la logique métier concernant l'import des données
-ARS et Hub'eau dans le cadre du projet Nitrates
+> Cette page contient la logique métier concernant l'import des données de 
+l'[API Hub'eau "Qualité des cours d'eau"](https://hubeau.eaufrance.fr/page/api-qualite-cours-deau) dans le cadre du projet Nitrates
 
 # Connexion à la base de données PostgreSQL
 
-```{r development-connect_to_db, eval=FALSE}
+```{r connect_to_db, eval=FALSE}
 # Se connecter à la base de données PostgreSQL si_eau
-connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau")
+connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
 ```
 
-```{r development-list_schemas, eval=FALSE}
+```{r list_schemas, eval=FALSE}
 # Lister les schémas présents dans la base
 schemas_list <- data.frame(datalibaba::list_schemas(connexion))
 
@@ -45,7 +45,7 @@ schemas_list <- schemas_list |>
   arrange(nom_schema)
 ```
 
-```{r development-list_tables, eval=FALSE}
+```{r list_tables, eval=FALSE}
 # Lister les tables présentes dans le schéma spécifié
 tables_list <- data.frame(datalibaba::list_tables(
   con = connexion, 
@@ -59,98 +59,6 @@ tables_list <- tables_list |>
 # Trier le dataframe par la variable nom_table
 tables_list <- tables_list |>
   arrange(nom_table)
-```
-
-# Import des données de l'ARS
-
-```{r import_data_ars_2022, eval=FALSE}
-
-data_ars_2022 <- collectr::import_xlsx(
-  filepath = "T:\\datalab\\SRNP_DEMA_SI_EAU\\NITRATES\\DONNEES_CLIENT\\SOURCES\\ARS\\2023_06\\Nitrates 2022 pour DREAL EPNT4 2023-05-30.xlsx",
-  sheet = 1,
-  row = 2)
-```
-
-```{r import_data_ars_2023, eval=FALSE}
-data_ars_2023 <- collectr::import_xlsx(
-  filepath = "T:\\datalab\\SRNP_DEMA_SI_EAU\\NITRATES\\DONNEES_CLIENT\\SOURCES\\ARS\\2024_06\\Nitrates 2023 pour DREAL EPNT4 2024-05-31.xlsx",
-  sheet = 1,
-  row = 2)
-```
-
-## Première approche : non concluante
-
-### Vérification de la correspondande de la structure du dataframe avec celle de la table
-
-```{r development-check_structure_table, eval=FALSE}
-check_structure_table(database = "si_eau",
-                                schema = "nitrates",
-                                table = "nitrate_data_analyse_ars_test",
-                                dataframe = data_ars_2023,
-                                role = "admin")
-
-```
-
-### Adaptation de la structure
-
-```{r development, eval=FALSE}
-data_ars_2022 <- data_ars_2022 |> 
-  select(-coord_x,-coord_y) |>
-  mutate(eligible_ades = rep(NA, n()))
-```
-
-### Insertion des données du dataframe dans la table en base
-
-La fonction insert_into_table() doit être corrigée.
-
-```{r development-insert_into_table, eval=FALSE}
-collectr::insert_into_table(connexion,
-  data_ars_2022,
-  "nitrate_data_analyse_ars_test",
-  "qualite_cours_d_eau"
-)
-```
-
-## Deuxième approche : concluante
-
-### Création d'une table pour le nouveau millésime
-
-```{r create-nitrate_data_ars, eval=FALSE}
-datalibaba::poster_data(data = data_ars_2022, 
-                        table = "nitrate_data_analyse_ars_2023", 
-                        schema = "nitrates", 
-                        db = "si_eau",
-                        overwrite = TRUE,
-                        user = "admin")
-
-datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses Nitrates ARS (2023)",
-                            table = "nitrate_data_analyse_ars_2023",
-                            schema = "nitrates",
-                            db = "si_eau",
-                            user = "admin")
-```
-
-### Modification du type des champs si besoin
-
-```{r modify_column_type, eval=FALSE}
-# Appeler la fonction pour modifier le type de colonne
-collectr::modify_column_type(database = "si_eau", 
-                   schema = "nitrates", 
-                   table = "nitrate_data_analyse_ars_2023",
-                   column_name = "plv_date ", 
-                   column_type = "date",
-                   role = "admin")
-
-```
-
-### Insertion des données du nouveau millésime en base dans la table globale
-
-```{r import_and_merge_tables, eval=FALSE}
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
-                                  source_table = "nitrate_data_ars_2023", 
-                                  source_schema = "nitrates", 
-                                  target_table = "nitrate_data_analyse_ars_test", 
-                                  target_schema = "nitrates")
 
 ```
 
@@ -185,5 +93,5 @@ nitrate_analyse_esu_2022 <- get_json_data(code_parametre = "1340",
 ```{r development-inflate, eval=FALSE}
 # Keep eval=FALSE to avoid infinite loop in case you hit the knit button
 # Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_import_data.Rmd", vignette_name = "Import des données")
+fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd", vignette_name = "Import des données Hub'eau Cours d'eau")
 ```

vignettes/import-des-donnees-brutes-ars.Rmd → vignettes/import-des-donnees-ars.Rmd

 ---
-title: "Import des données brutes ARS"
+title: "Import des données ARS"
 output: rmarkdown::html_vignette
 vignette: >
-  %\VignetteIndexEntry{import-des-donnees-brutes-ars}
+  %\VignetteIndexEntry{import-des-donnees-ars}
   %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
   %\VignetteEncoding{UTF-8}
 ---