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Commit b1d580b7 authored by ronan.vignard's avatar ronan.vignard
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Renommage du dataframe enrichi pour éviter les confusions

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7 merge requests!32Passage en version 1.2.2,!31Mise à jour des vignettes suite à l'intégration du millésime 2024,!30Mise à jour des procédures en lien avec le millésime 2024 + Actualisation du README,!29Correction du lien vers l'image pour le site pkgdown,!28Passage en version 1.2.1,!27Finalisation de l'actualisation de la nouvelle logique métier,!26Création d'une table unique des prélèvements et analyses
...@@ -63,7 +63,7 @@ r_station_mesure_p_2024_r52 <- datalibaba::importer_data( ...@@ -63,7 +63,7 @@ r_station_mesure_p_2024_r52 <- datalibaba::importer_data(
On ajoute les variables `source` et `code_support` : On ajoute les variables `source` et `code_support` :
```{r add_source_code_support, eval=FALSE} ```{r add_source_code_support, eval=FALSE}
# Ajouter les variables source et code_support # Ajouter les variables source et code_support
nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |> nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
dplyr::mutate( dplyr::mutate(
source = "ARS", source = "ARS",
code_support = 3 code_support = 3
...@@ -73,14 +73,14 @@ nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |> ...@@ -73,14 +73,14 @@ nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
On remplace "h" par ":" dans la variable `plv_heure` : On remplace "h" par ":" dans la variable `plv_heure` :
```{r replace_in_plv_heure, eval=FALSE} ```{r replace_in_plv_heure, eval=FALSE}
# Remplacer "h" par ":" dans la colonne plv_heure # Remplacer "h" par ":" dans la colonne plv_heure
nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |> nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
dplyr::mutate(plv_heure = stringr::str_replace_all(plv_heure, "h", ":")) dplyr::mutate(plv_heure = stringr::str_replace_all(plv_heure, "h", ":"))
``` ```
On supprime les enregistrements correspondants à des totaux : On supprime les enregistrements correspondants à des totaux :
```{r filter_param_nom_ars, eval=FALSE} ```{r filter_param_nom_ars, eval=FALSE}
# Supprimer les lignes ne correspondant pas à une analyse # Supprimer les lignes ne correspondant pas à une analyse
nitrate_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |> nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
dplyr::filter(!stringr::str_starts(param_nom, "Total")) dplyr::filter(!stringr::str_starts(param_nom, "Total"))
``` ```
...@@ -88,7 +88,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |> ...@@ -88,7 +88,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
On remplace les chaînes de caractère par NA dans la variable `ana_param_alpha_resultat` : On remplace les chaînes de caractère par NA dans la variable `ana_param_alpha_resultat` :
```{r replace_strings_with_na, eval=FALSE} ```{r replace_strings_with_na, eval=FALSE}
# Remplacer chaînes de caractère dans la colonne ana_param_alpha_resultat # Remplacer chaînes de caractère dans la colonne ana_param_alpha_resultat
nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |> nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
dplyr::mutate( dplyr::mutate(
ana_param_alpha_resultat = dplyr::case_when( ana_param_alpha_resultat = dplyr::case_when(
ana_param_alpha_resultat %in% c("TRACES", "PRESENCE", "SEUIL", "ILLISIBL", "N.M.", "O", "?", ",", " ") ~ NA_character_, ana_param_alpha_resultat %in% c("TRACES", "PRESENCE", "SEUIL", "ILLISIBL", "N.M.", "O", "?", ",", " ") ~ NA_character_,
...@@ -101,7 +101,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |> ...@@ -101,7 +101,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
On remplace des valeurs dans ana_param_alpha_resultat et param_code: On remplace des valeurs dans ana_param_alpha_resultat et param_code:
```{r replace_dot_ana_param_alpha_resultat, eval=FALSE} ```{r replace_dot_ana_param_alpha_resultat, eval=FALSE}
# Remplacer les valeurs dans les colonnes ana_param_alpha_resultat et param_code # Remplacer les valeurs dans les colonnes ana_param_alpha_resultat et param_code
nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |> nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
dplyr::mutate( dplyr::mutate(
ana_param_alpha_resultat = stringr::str_replace(ana_param_alpha_resultat, "\\,", "."), ana_param_alpha_resultat = stringr::str_replace(ana_param_alpha_resultat, "\\,", "."),
param_code = stringr::str_replace(param_code, "NO3", "1340") param_code = stringr::str_replace(param_code, "NO3", "1340")
...@@ -112,7 +112,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |> ...@@ -112,7 +112,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
On affecte le code_remarque et la valeur des variables resultat_analyse et limite_quantification : On affecte le code_remarque et la valeur des variables resultat_analyse et limite_quantification :
```{r mutate_from_ana_param_alpha_resultat, eval=FALSE} ```{r mutate_from_ana_param_alpha_resultat, eval=FALSE}
# Ajouter les colonnes code_remarque, resultat_analyse et limite_quantification # Ajouter les colonnes code_remarque, resultat_analyse et limite_quantification
nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |> nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
dplyr::mutate( dplyr::mutate(
# Ajout de la colonne code_remarque selon la condition spécifiée # Ajout de la colonne code_remarque selon la condition spécifiée
code_remarque = dplyr::case_when( code_remarque = dplyr::case_when(
...@@ -121,7 +121,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |> ...@@ -121,7 +121,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
), ),
# Renommage conditionnel des colonnes # Renommage conditionnel des colonnes
resultat_analyse = dplyr::case_when( resultat_analyse = dplyr::case_when(
stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultatdev, "<") ~ as.character(ana_param_valeur_traduite), stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ as.character(ana_param_valeur_traduite),
TRUE ~ ana_param_alpha_resultat TRUE ~ ana_param_alpha_resultat
), ),
limite_quantification = dplyr::case_when( limite_quantification = dplyr::case_when(
...@@ -135,7 +135,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |> ...@@ -135,7 +135,7 @@ nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyse : On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyse :
```{r select_variables, eval=FALSE} ```{r select_variables, eval=FALSE}
# Sélectionner les variables # Sélectionner les variables
nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |> nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
dplyr::select(code_intervenant = geo_dept_ddass_gest_code, dplyr::select(code_intervenant = geo_dept_ddass_gest_code,
source, source,
code_station = ins_code_national, code_station = ins_code_national,
......
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