data.nitrates
Objectif
L’objectif du package data.nitrates est de faciliter l’actualisation
des lots de données suivants dans une base de données PostgreSQL locale.
Sources :
- Données de l’ARS :
nitrates.nitrate_data_analyse_ars - Données provenant de la plateforme Hub’eau :
-
API “Qualité des nappes d’eau
souterraine” :
qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_nappes_analyses -
API “Qualité des cours
d’eau” :
qualite_cours_d_eau.hubeau_qualite_rivieres_station_pc
-
API “Qualité des nappes d’eau
souterraine” :
Livrables :
- Table des prélèvements :
nitrates.nitrate_prelevement - Table des analyses :
nitrates.nitrate_analyse
Installation
Installer le package remotes si besoin :
install.packages("remotes")Installer le package data.nitrates :
remotes::install_gitlab('dreal-pdl/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates', host="gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr")Utilisation
Chargement du package
Charger le package data.nitrates dans la session :
library(data.nitrates)Documentation
La documentation du package est consultable sur ce site : https://dreal-pdl.gitlab-pages.din.developpement-durable.gouv.fr/csd/eau-milieux-aquatiques/data.nitrates/
Chargement d’un template
Ouvrir un nouveau fichier RMarkdown via New File > Rmarkdown :
Sélectionner From Template dans la fenêtre puis le template souhaité parmi ceux proposés pour {data.nitrates} :
Un nouveau fichier .Rmd est créé à partir du template et peut être enregistré par l’utilisateur sur son poste de travail.
Il faut ensuite suivre les différentes étapes (en adaptant si besoin les paramètres) pour mettre à jour le lot de données concerné.
Ordre des scripts
| Ordre | Nom du Script | Description |
|---|---|---|
| 1 | flat_list_existing_tables.Rmd |
Visualise les tables existantes (optionnel) |
| 2 | flat_create_tables_sequences.Rmd |
Créé les tables de la nouvelle version |
| 3 | flat_import_ars_data.Rmd |
Importe les données de l’ARS |
| 4 | flat_import_hubeau_eso_data.Rmd |
Importe les données Eau souterraine à partir de Hubeau |
| 5 | flat_import_hubeau_esu_data.Rmd |
Importe les données Eau de surface à partir de Hubeau |
| 6 | flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd |
Importe les prélèvements ARS dans la table des prélèvements |
| 7 | flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd |
Importe les prélèvements HUbeau Eau souterraine dans la table des prélèvements |
| 8 | flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd |
Importe les prélèvements Hubeau Eau de surface dans la table des prélèvements |
| 9 | flat_insert_ars_into_analyse.Rmd |
Importe les analyses ARS dans la table des analyses |
| 10 | flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd |
Importe les analyses HUbeau Eau souterraine dans la table des analyses |
| 11 | flat_insert_hubeau_esu_into_analyse.Rmd |
Importe les analyses Hubeau Eau de surface dans la table des analyses |