Ajout des tests pour import_xlsx() + correctif pour format_colnames() + divers

R/archive_table.R

@@ -82,6 +82,9 @@ archive_table <- function(host, database, schema, new_schema = NULL, table, role
                                         db_dest = database,
                                         user = role)
 
+  # Fermer la connexion à la base de données
+  DBI::dbDisconnect(connexion)
+
   # Retourner le nom de la nouvelle table archivée
   return(new_table)
 }

R/check_structure_table.R

@@ -72,5 +72,9 @@ check_structure_table <- function(host, database, schema, table, dataframe, role
     return(FALSE)
   }
 
+  # Fermer la connexion à la base de données
+  DBI::dbDisconnect(connexion)
+
+  # Retourner TRUE si les attributs correspondent
   return(TRUE)
 }

R/download_and_extract_wfs.R

 
-#' Télécharge et extrait un fichier compressé à partir de l'URL d'un flux WFS 
+#' Télécharge et extrait un fichier compressé à partir de l'URL d'un flux WFS
 #' (Web Feature Service)
 #'
-#' @description Cette fonction télécharge un fichier zippé à partir de l'URL 
-#' d'un flux WFS (Web Feature Service), le décompresse dans un dossier 
-#' temporaire et renvoie le chemin vers le fichier extrait avec l'extension 
+#' @description Cette fonction télécharge un fichier zippé à partir de l'URL
+#' d'un flux WFS (Web Feature Service), le décompresse dans un dossier
+#' temporaire et renvoie le chemin vers le fichier extrait avec l'extension
 #' spécifiée.
 #'
 #' @param url L'URL du fichier compressé à télécharger.
-#' @param file_extension L'extension du fichier à extraire du fichier compressé 
+#' @param file_extension L'extension du fichier à extraire du fichier compressé
 #' (par exemple, "shp", "gpkg", "csv", etc.).
 #' @return Le chemin vers le fichier extrait avec l'extension spécifiée.
 #' @importFrom utils download.file unzip
-#' 
+#'
 #' @export
 #' @examples
 #' \dontrun{
@@ -22,7 +22,7 @@
 #'   "SERVICE=WFS&",
 #'   "VERSION=2.0.0&",
 #'   "REQUEST=GetFeature&",
-#'   "typename=BassinDCE&",
+#'   "typename=ObstEcoul_GUF&",
 #'   "SRSNAME=EPSG:4326&",
 #'   "OUTPUTFORMAT=SHAPEZIP"
 #' )
@@ -44,11 +44,11 @@ download_and_extract_wfs <- function(url, file_extension) {
   # Trouver le chemin vers le fichier extrait avec l'extension spécifiée
   extracted_files <- list.files(temp_dir, full.names = TRUE, recursive = TRUE)
   file_path <- extracted_files[grep(paste0("\\.", file_extension, "$"), extracted_files)]
-  
+
   # Vérifier si le fichier a été trouvé
   if (length(file_path) == 0) {
     stop(paste("Le fichier avec l\'extension", file_extension, "n\'a pas \u00e9t\u00e9 trouv\u00e9 dans le dossier temporaire."))
   }
-  
+
   return(file_path)
 }

R/format_colnames.R

 
 #' Formate les noms des colonnes
 #'
-#' @description Cette fonction formate les noms des colonnes d'un dataframe en 
-#' remplaçant les caractères spéciaux par des chaînes vides, en mettant les noms 
-#' en minuscules et en ajoutant des underscores avant les majuscules 
+#' @description Cette fonction formate les noms des colonnes d'un dataframe en
+#' remplaçant les caractères spéciaux par des chaînes vides, en mettant les noms
+#' en minuscules et en ajoutant des underscores avant les majuscules
 #' (sauf au début du nom).
 #'
 #' @param colnames Vecteur contenant les noms des colonnes à formater.
@@ -23,8 +23,14 @@ format_colnames <- function(colnames) {
   # Ajouter des underscores avant les majuscules (sauf au début du nom)
   colnames <- gsub("([[:lower:]]|\\s)([[:upper:]])", "\\1_\\2", colnames)
 
-  # Remplacer les caractères spéciaux et mettre en minuscules
-  colnames <- gsub("[^[:alnum:]_]", "", tolower(colnames))
+  # Remplacer les accents par leurs équivalents sans accent
+  colnames <- iconv(colnames, from = "UTF-8", to = "ASCII//TRANSLIT")
+
+  # Remplacer les caractères spéciaux (hors underscores et alphanumériques)
+  colnames <- gsub("[^[:alnum:]_]", "", colnames)
+
+  # Mettre en minuscules
+  colnames <- tolower(colnames)
 
   return(colnames)
 }

R/import_xlsx.R

 
 #' Importe un fichier XLSX dans un dataframe
 #'
-#' @description Cette fonction importe un fichier au format XLSX dans un 
+#' @description Cette fonction importe un fichier au format XLSX dans un
 #' dataframe en supprimant les caractères spéciaux des noms de colonnes.
 #'
 #' @return Un dataframe correspondant au contenu du fichier.
@@ -9,14 +9,13 @@
 #' @param sheet Numéro de l'onglet à importer.
 #' @param row Numéro de la ligne de début de lecture.
 #' @importFrom readxl read_xlsx
-#' 
+#'
 #' @export
 #' @examples
 #' # Utilisation de la fonction import_xlsx()
-#' data_ars_2022 <- import_xlsx(
-#'   filepath = "C:\\TEMP\\Nitrates_2022.xlsx",
-#'   sheet = 1,
-#'   row = 1)
+#' plans_eau_usage <- import_xlsx(system.file("plans_eau_usage.xlsx",
+#'                                           package = "collectr"),
+#'                               sheet = 1, row = 0)
 #'
 import_xlsx <- function(filepath, sheet, row) {
 
@@ -30,8 +29,8 @@ import_xlsx <- function(filepath, sheet, row) {
     # Déclarer la première ligne comme nom de variable
     col_names = TRUE
   )
-  
-  colnames(data) <- collectr::remove_special_chars(colnames(data))
+
+  colnames(data) <- collectr::format_colnames(colnames(data))
 
   return(data)
 }

R/table_exists.R

@@ -35,11 +35,15 @@ table_exists <- function(host, database, schema, table, role) {
     stop("La connexion fournie n\'est pas une connexion PostgreSQL valide.")
   }
 
+  # Lister les tables du schéma spécifié
   tables <- datalibaba::list_tables(connexion, schema = schema, db = database)
+
+  # Vérifier la présence de la table spécifiée parmi celles du schéma
   table_exists <- table %in% tables
 
   # Fermer la connexion à la base de données
   DBI::dbDisconnect(connexion)
 
+  # Retourner TRUE si la table existe
   return(table_exists)
 }

dev/0-dev_history.Rmd

@@ -84,6 +84,7 @@ usethis::use_r("format_filepath")
 usethis::use_r("get_variable_completion_rate")
 usethis::use_r("import_geopackage")
 usethis::use_r("import_shapefile")
+usethis::use_r("import_xlsx")
 usethis::use_r("modify_column_type")
 usethis::use_r("remove_special_chars")
 usethis::use_r("rename_field")
@@ -104,6 +105,7 @@ usethis::use_test("format_filepath")
 usethis::use_test("get_variable_completion_rate")
 usethis::use_test("import_geopackage")
 usethis::use_test("import_shapefile")
+usethis::use_test("import_xlsx")
 usethis::use_test("modify_column_type")
 usethis::use_test("remove_special_chars")
 usethis::use_test("rename_field")
@@ -116,18 +118,21 @@ usethis::use_test("table_exists")
 ```{r}
 # Simulate package installation
 pkgload::load_all()
+```
 
+```{r}
 # Generate documentation and deal with dependencies
 attachment::att_amend_desc()
+```
 
+```{r}
 # Add variables in globals.R
 checkhelper::print_globals()
+```
 
+```{r}
 # Check the package
 devtools::check()
-
-# Manually add dependances
-usethis::use_package("mockery")
 ```
 
 # Share the package

man/download_and_extract_wfs.Rd

@@ -30,7 +30,7 @@ url_wfs <- paste0(
   "SERVICE=WFS&",
   "VERSION=2.0.0&",
   "REQUEST=GetFeature&",
-  "typename=BassinDCE&",
+  "typename=ObstEcoul_GUF&",
   "SRSNAME=EPSG:4326&",
   "OUTPUTFORMAT=SHAPEZIP"
 )

man/import_shapefile.Rd

@@ -24,6 +24,6 @@ si elle existe.
 \examples{
 \dontrun{
 # Importer le fichier shapefile dans un dataframe
-chef_lieu <- import_shapefile(system.file("CHFLIEU_COMMUNE_ASSOCIEE_OU_DELEGUEE.shp", package = "collectr"),2154)
+gare <- import_shapefile(system.file("GARE.shp", package = "collectr"),2154)
 }
 }

man/import_xlsx.Rd

@@ -22,9 +22,8 @@ dataframe en supprimant les caractères spéciaux des noms de colonnes.
 }
 \examples{
 # Utilisation de la fonction import_xlsx()
-data_ars_2022 <- import_xlsx(
-  filepath = "C:\\\\TEMP\\\\Nitrates_2022.xlsx",
-  sheet = 1,
-  row = 1)
+plans_eau_usage <- import_xlsx(system.file("plans_eau_usage.xlsx",
+                                          package = "collectr"),
+                              sheet = 1, row = 0)
 
 }

tests/testthat/test-import_xlsx.R

+test_that("import_xlsx works", {
+
+  result <- import_xlsx(system.file("plans_eau_usage.xlsx",
+                                          package = "collectr"),
+                              sheet = 1, row = 0)
+
+  # Vérifier que la sortie est un dataframe
+  expect_s3_class(result, "data.frame")
+
+  # Vérifier le nombre de lignes
+  expect_equal(nrow(result), 13)
+
+  # Vérifier le nombre de colonnes
+  expect_equal(ncol(result), 3)
+
+  # Vérifier qu'il n'y a plus de caractères spéciaux
+  expect_true(!any(grepl("[^A-Za-z0-9_]", colnames(result))))
+})

vignettes/import-data.Rmd

@@ -32,7 +32,7 @@ url_wfs <- paste0(
   "SERVICE=WFS&",
   "VERSION=2.0.0&",
   "REQUEST=GetFeature&",
-  "typename=BassinDCE&",
+  "typename=ObstEcoul_GUF&",
   "SRSNAME=EPSG:4326&",
   "OUTPUTFORMAT=SHAPEZIP"
 )
@@ -46,7 +46,7 @@ shapefile_path <- download_and_extract_wfs(url_wfs, "shp")
 
 ```{r examples-import_geopackage, eval=FALSE}
 #' \dontrun{
-# Utilisation de la fonction import_geopackage()
+# Importer le fichier GeoPackage dans un dataframe
 aerodrome <- import_geopackage(system.file("aerodrome.gpkg", package = "collectr"))
 #' }
 ```
@@ -55,7 +55,7 @@ aerodrome <- import_geopackage(system.file("aerodrome.gpkg", package = "collectr
 
 ```{r examples-import_shp, eval=FALSE}
 #' \dontrun{
-# Importer le fichier shapefile dans un dataframe
+# Importer le fichier Shapefile dans un dataframe
 gare <- import_shapefile(system.file("GARE.shp", package = "collectr"),2154)
 #' }
 ```
@@ -65,12 +65,12 @@ gare <- import_shapefile(system.file("GARE.shp", package = "collectr"),2154)
 ## Import de données au format XLSX
 
 ```{r examples-import_xlsx, eval=FALSE}
-# Utilisation de la fonction import_xlsx()
-data_ars_2022 <- import_xlsx(
-  filepath = "C:\\TEMP\\Nitrates_2022.xlsx",
-  sheet = 1,
-  row = 1)
-
+#' \dontrun{
+# Importer le fichier XLSX dans un dataframe
+plans_eau_usage <- import_xlsx(system.file("plans_eau_usage.xlsx", 
+                                           package = "collectr"), 
+                               sheet = 1, row = 0)
+#' }
 ```
 
 ## Import de données au format XLS