début de prise en compte des remarques de SRNP/DEMA

R/app_ui.R

@@ -41,7 +41,9 @@ app_ui <- function(request) {
 
       navbarPanel_dsfr(
         title = "Eaux souterraines",
-        "En cours de conception"
+        tags$br(),
+        tags$h4("La page est en cours de construction."),
+        tags$br(),
       ),
 
       navbarPanel_dsfr(

R/fct_tableau_bord_ESU.R

@@ -460,7 +460,7 @@ ESU_graph_nombre_de_recherche_fct <- function(tableau_bord_ESU_SelectAnnee, tabl
     )
   ) %>%
     highcharter::hc_plotOptions(series = list(stacking = "normal")) %>%
-    highcharter::hc_yAxis(title = list(text = "Nombre de pr\u00e9l\u00e8vement")) %>%
+    highcharter::hc_yAxis(title = list(text = "Nombre de pr\u00e9l\u00e8vements")) %>%
     highcharter::hc_xAxis(title = list(text = "Mol\u00e9cules")) %>%
     highcharter::hc_title(
       text = paste("Nombre de fois o\u00f9 les mol\u00e9cules ont \u00e9t\u00e9 quantifi\u00e9es en", tableau_bord_ESU_SelectAnnee),
@@ -515,7 +515,7 @@ ESU_tableau_concentration_fct <- function(tableau_bord_ESU_SelectAnnee, tableau_
     dplyr::select(-annee, -nom_sage) %>%
     purrr::set_names(
       c("Mol\u00e9cules", "Max \n en \u00b5g/l", "Moyenne \n en \u00b5g/l",
-        "Stations sur lesquels ont \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9s les maximums", "Sage de la station")
+        "Stations sur lesquelles ont \u00e9t\u00e9 enregistr\u00e9s les maximums", "Sage de la station")
     )
 }
 
@@ -758,7 +758,7 @@ ESU_tableau_quantification_fct <- function(ESU_quantification_station_parametre)
     dplyr::select(c(libelle_station,taux_quant,freq_depas,rech,trouve,pas_trouve)) %>%
     sf::st_drop_geometry() %>%
     stats::setNames(
-      c("Station","Taux de quantification","Fr\u00e9quence de d\u00e9passement",
+      c("Station","Taux de quantification en %","Fr\u00e9quence de d\u00e9passement du seuil de 0,1 \u00b5g/l en %",
         "Recherch\u00e9e","Trouv\u00e9e","Non trouv\u00e9e")
     )
 }

R/mod_consulter_molecules.R

@@ -41,10 +41,10 @@ mod_consulter_molecules_server <- function(id, global){
       dplyr::arrange(nom_parametre) %>%
       purrr::set_names(
         c("Code Sandre", "Nom de la mol\u00e9cule", "Statut", "Date de cr\u00e9ation",
-          "Seuil d\u00e9tection Seqeau : tr\u00e8s bonne",
-          "Seuil d\u00e9tection Seqeau : bonne",
-          "Seuil d\u00e9tection Seqeau : moyenne",
-          "Seuil d\u00e9tection Seqeau : m\u00e9diocre"
+          "Seuil de qualit\u00e9 Seqeau en \u00b5g/l : tr\u00e8s bonne",
+          "Seuil de qualit\u00e9 Seqeau en \u00b5g/l : bonne",
+          "Seuil de qualit\u00e9 Seqeau en \u00b5g/l : moyenne",
+          "Seuil de qualit\u00e9 Seqeau en \u00b5g/l : m\u00e9diocre"
         )
       )
 

R/mod_visualisation_tableau_bord_ESU.R

@@ -58,25 +58,34 @@ mod_visualisation_tableau_bord_ESU_ui <- function(id){
     tags$br(),
     tags$br(),
     fluidRow_dsfr(
-      "Attention : la validation du choix de la mol\u00e9cule parmi les 15 plus quantifi\u00e9e est \u00e0 relancer pour chaque changement de mill\u00e9sime et/ou de SAGE."
+      tags$h5("Attention : la validation du choix de la mol\u00e9cule parmi les 15 plus quantifi\u00e9es est \u00e0 relancer pour chaque changement de mill\u00e9sime et/ou de SAGE.")
       ),
     tags$br(),
     fluidRow_dsfr(
       # "quantification par station",
       column_dsfr(
         width = 6,
-        #"Carte de quantification par station",
         uiOutput(ns("liste_15_molecules")),
         actionButton_dsfr(
           inputId = ns("molecule_valide"),
           label = "Valider mon choix"
         ),
+        tags$br()
+      )
+    ),
+    fluidRow_dsfr(
+      column_dsfr(
+        width = 6,
         tags$br(),
+        #"Carte du taux de quantification par station",
+        tags$h6("Carte des quantifications par station pour la mol\u00e9cule s\u00e9lectionn\u00e9e"),
         leaflet::leafletOutput(ns("carte_quantification"))
       ),
       column_dsfr(
         width = 6,
+        tags$br(),
         # "Tableau des stations pour la mol\u00e9cule s\u00e9lectionn\u00e9e",
+        tags$h6("Tableau des quantifications par station pour la mol\u00e9cule s\u00e9lectionn\u00e9e"),
         DT::dataTableOutput(ns("tableau_quantification"))
       )
     ),

inst/app/www/a_propos_application.md

-Cette application met à disposition les données sur les pesticides dans les cours d'eau de la région des Pays de la Loire à partir de 2011 et propose des indicateurs pour visualiser leur évolution et leur répartition.
+Cette application met à disposition les données sur les pesticides dans les cours d'eau de la région des Pays de la Loire à partir de 2011 et propose des indicateurs pour visualiser leur évolution et leur répartition. Elle met également à disposition les données des nappes souterraines de la région.
 
 Ces données sont issues de l'Agence de l'Eau Loire Bretagne, de l'Agence Régionale de Santé.
 

inst/app/www/a_propos_classe_qualite.Rmd

----
-title : "Qu'est-ce que sont les classes de qualité des cours d'eau par station ?"
-output : html_document
----
-
-:::columns
-::: {.column width="\"50%"}
-La classification de la « qualité » de l'eau par la **méthode du SeqEau** vise à qualifier l'aptitude de l'eau à permettre le bon fonctionnement des différents compartiments biologiques présents dans le cours d'eau.
-
-<img src="pesticides_RShiny_accueil_legende-carte-seqeau.png"/>
-
-Elle repose sur une liste de molécules et de 4 valeurs seuils de concentration propres à chaque molécule ainsi que pour le cumul des concentrations prélevées. Ces 4 seuils délimitent **5 classes de qualité**, de très bonne à mauvaise.
-
-Pour chaque prélèvement réalisé sur une station, la classe de qualité du prélèvement est celle qui est la plus défavorable entre :
-
-• la classe de qualité des concentrations de chaque molécule ;
-
-• la classe de qualité du cumul des concentrations.
-
-Pour une station donnée, la classe de qualité de la station est la plus défavorable mesurée au cours de l'année, après avoir écarté les 10 % des prélèvements où les concentrations mesurées ont été les plus fortes. Le nombre de prélèvement doit être suffisant, c'est-à-dire supérieur ou égal à 4.
-
-La **carte de la qualité des cours d'eau par station** présente les résultats de chaque station par année.
-
-<img src="pesticides_RShiny_accueil_carte.png"/>
-
-Le diagramme présente la répartition des stations par classe de qualité selon la méthode du SeqEau.
-:::
-
-::: {.column width="\"50%"}
-
-```{r, message = FALSE, warning = FALSE, echo = FALSE}
-library(magrittr)
-tableau_classe_seq_eau_molecules <- readxl::read_excel("inst/app/www/classe_qualite_parametre.xlsx") %>%
-  dplyr::mutate(Rouge = ifelse(is.na(Rouge), "", Rouge))
-couleur <- c("blue","green","yellow","orange","red")
-
-tableau_classe_seq_eau_molecules %>% 
-  kableExtra::kable("html", escape = F, caption = "Tableau du seqeau") %>%
-  kableExtra::kable_styling(bootstrap_options = c("striped","hover"), font_size = 11, full_width = F) %>%
-  kableExtra::column_spec(2, background = couleur[1], color="white") %>%  
-  kableExtra::column_spec(3, background = couleur[2], color="white") %>% 
-  kableExtra::column_spec(4, background = couleur[3], color="black") %>% 
-  kableExtra::column_spec(5, background = couleur[4], color="black") %>% 
-  kableExtra::column_spec(6, background = couleur[5], color="black")
-```
-:::
-:::
-
-
-
-

inst/app/www/a_propos_ladonnee.md

@@ -6,14 +6,15 @@ Ainsi, selon les années, du fait de l'évolution des usages d'un côté, et de
 
 La présente application n'aborde pas cette problématique. Elle livre les mesures de pesticides dans les cours d'eau sans chercher à établir des corrélations ou des liens de causalité sur l'usage des substances relevées par les mesures.
 
-Les données concernent uniquement les eaux de surface, sur des stations de suivi ou des points de prélèvement destinés à l'eau potable. Les données des eaux souterraines sont intégrées dans la partie "Explorer les mesures". La partie "Eaux souterraines" est en cours de définition.
+Les données concernent les eaux de surface et souterraines, sur des stations de suivi ou des points de prélèvement destinés à l'eau potable. Les données des eaux souterraines sont intégrées dans la partie "Explorer les mesures". La partie "Eaux souterraines" est en cours de définition.
 
 Elles proviennent :
 
 -   de la base de données [Naïades](http://www.naiades.eaufrance.fr/) qui contient les données issues des programmes de surveillance de l'agence de l'eau et les autres données collectées par les collectivités dans le cadre des contrats territoriaux, programmes de suivi locaux, ...\
     Elles sont extraites via les API disponibles sur la plateforme [HUB'eau](https://hubeau.eaufrance.fr/).\
+-   de la base de données ADES, également extraites via les API de la plateforme HUB'eau.  
 -   des données du programme de surveillance de l'ARS Pays de la Loire.
 
-La base de données Naïades est interrogée sur la base d'une liste de 951 molécules (disponible dans la rubrique « consulter les molécules ». Cette liste n'est pas exhaustive mais couvre déjà un nombre important de molécules relevant de cette catégorie. Elle peut bien sûr évoluer dans le temps. Certaines molécules pouvant rentrer dans cette catégorie mais ayant d'autres usages principaux n'ont pas été intégrés (PCB, méthanal,...).
+La base de données Naïades et ADES sont interrogées sur la base d'une liste de 951 molécules (disponible dans la rubrique « consulter les molécules ». Cette liste n'est pas exhaustive mais couvre déjà un nombre important de molécules relevant de cette catégorie. Elle peut bien sûr évoluer dans le temps. Certaines molécules pouvant rentrer dans cette catégorie mais ayant d'autres usages principaux n'ont pas été intégrés (PCB, méthanal,...).
 
 *Attention ! Les stations prises en compte pour les calculs sont celles qui se situent sur le territoire de la région des Pays de la Loire. Pour un SAGE à cheval sur les Pays de la Loire et une autre région, les mesures des stations de l'autre région ne participent pas aux calculs.*