.Rbuildignore

@@ -10,3 +10,4 @@
 ^\.gitlab-ci\.yml$
 ^ci/lib$
 ^debug
+^dev$

.gitlab-ci.yml

@@ -41,10 +41,23 @@ coverage:
     only:
         - master
         - production
+        - mise_en_place_test
+    before_script:
+        - echo "chargement paquets ubuntu"
+        - apt-get update
+        - apt-get install -y postgresql-16 postgresql-client-16
+        - apt-get install -y postgis postgresql-16-postgis-3
+        - apt-get install -y odbc-postgresql
+        - sudo service postgresql restart
+        - echo "preparation env postgres pour tests"
+        - ( echo CREATE USER runner WITH PASSWORD \'$BDD_RUNNER_PWD\' SUPERUSER; ) | sudo -u postgres psql -d template1
+        - Rscript dev/0_prepa_env_test.R
+
     script:
         - Rscript -e 'remotes::install_local(upgrade = "never")'
         - Rscript -e 'remotes::install_cran(c("covr", "DT"), upgrade = "never")'
         - Rscript -e 'covr::gitlab(quiet = FALSE)'
+    coverage: '/Coverage: \d+(?:\.\d+)?/'
     artifacts:
         paths:
             - public

DESCRIPTION

 Package: datalibaba
 Title: Interface De Connexion a Une Base Posgres Postgis
-Version: 0.0.0.9009
+Version: 0.0.0.9010
 Authors@R: 
     c(person(given = "Maël",
              family = "Theulière",
@@ -9,7 +9,12 @@ Authors@R:
       person(given = "Juliette",
              family = "Engelaere Lefebvre",
              role = c("aut", "cre"),
-             email = "juliette.engelaere-lefebvre@developpement-durable.gouv.fr"))
+             email = "juliette.engelaere-lefebvre@developpement-durable.gouv.fr"),
+      person(given = "Edouard",
+             family = "Morin",
+             role = c("aut"),
+             email = "edouard.morin@developpement-durable.gouv.fr")
+             )
 Description: Interface de connexion a une base Posgres : lecture,
     ecriture, consultation des schemas, gestion des types de donnees de R.
 License: GPL (>= 3)
@@ -33,13 +38,18 @@ Imports:
     magrittr,
     tibble,
     units,
-    tidyr
+    tidyr,
+    lifecycle
 Suggests: 
     knitr,
-    rmarkdown
+    rmarkdown,
+    testthat (>= 3.0.0),
+    backports,
+    lubridate
 Encoding: UTF-8
 LazyData: true
 Roxygen: list(markdown = TRUE)
 URL: https://dreal-pdl.gitlab-pages.din.developpement-durable.gouv.fr/csd/datalibaba/index.html, https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba
-RoxygenNote: 7.2.3
+RoxygenNote: 7.3.2
 VignetteBuilder: knitr
+Config/testthat/edition: 3

NAMESPACE

@@ -25,6 +25,7 @@ export(poster_data)
 export(set_schema_rights)
 export(standard_var_pg)
 export(transferer_table_comments)
+import(lifecycle)
 importFrom(DBI,Id)
 importFrom(DBI,dbConnect)
 importFrom(DBI,dbDisconnect)
@@ -33,9 +34,9 @@ importFrom(DBI,dbExecute)
 importFrom(DBI,dbExistsTable)
 importFrom(DBI,dbGetQuery)
 importFrom(DBI,dbReadTable)
-importFrom(DBI,dbSendQuery)
 importFrom(DBI,dbWriteTable)
 importFrom(RPostgreSQL,postgresqlpqExec)
+importFrom(RPostgres,Postgres)
 importFrom(attempt,message_if)
 importFrom(attempt,message_if_none)
 importFrom(attempt,stop_if)
@@ -65,6 +66,7 @@ importFrom(fs,path_home_r)
 importFrom(glue,glue)
 importFrom(magrittr,"%>%")
 importFrom(odbc,odbc)
+importFrom(odbc,odbcListDrivers)
 importFrom(purrr,map)
 importFrom(purrr,map2_chr)
 importFrom(rlang,.data)

NEWS.md

+# datalibaba 0.0.0.9010
+- Ajout de test unitaire
+- bug fix post_dico_attr() plantait la session si le paramètre ecoSQL valait TRUE (#31)
+
 # datalibaba 0.0.0.9009
 - Gestion des tables non géo dans la fonction `importer_data` : Ajout d'une ligne pour définir explicitement `query_sql_limit` dans la fonction importer_data (cas d'une table non géo).
 
-
 # datalibaba 0.0.0.9008
 - Ajout d'un paramètre booleen `ecoSQL` à la fonction `connect_to_db` pour switcher de driver (passage du `DBI::dbDriver("PostgreSQL")` si `EcoSQL = FALSE`, à `RPostgres::Postgres()` si `ecoSQL = TRUE` adapté à l'usage de l'offre d'hébergement de base EcoSQL)
 

R/commenter_champs.R

@@ -11,7 +11,7 @@
 #' @param ... eventuels autres arguments de la fonction d'ouverture de connexion `connect_to_db`
 #'
 #' @importFrom attempt stop_if stop_if_not
-#' @importFrom DBI dbSendQuery dbDisconnect
+#' @importFrom DBI dbExecute dbDisconnect
 #' @importFrom glue glue
 #' @importFrom rpostgis dbTableInfo
 #' @return NULL
@@ -47,7 +47,7 @@ commenter_champs <- function(comment = NULL, var = NULL, table = NULL, schema =
   var2 <- paste0("\"", var, "\"")
   lib_var <- gsub("\'", "\'\'", comment)
   requete <- paste0("COMMENT ON COLUMN ", schema, ".", table, ".", var2, " IS \'", enc2utf8(lib_var), "\';")
-  DBI::dbSendQuery(conn = con, statement = requete)
+  DBI::dbExecute(conn = con, statement = requete)
 
   DBI::dbDisconnect(con)
   rm(con)
@@ -65,7 +65,7 @@ commenter_champs <- function(comment = NULL, var = NULL, table = NULL, schema =
 #' @param ... eventuels autres arguments de la fonction d'ouverture de connexion `connect_to_db`
 #'
 #' @importFrom attempt stop_if_not stop_if
-#' @importFrom DBI dbSendQuery dbDisconnect
+#' @importFrom DBI dbExecute dbDisconnect
 #' @importFrom glue glue
 #' @importFrom purrr map
 #' @importFrom rpostgis dbTableInfo
@@ -111,7 +111,7 @@ post_dico_attr <- function(dico = NULL, table = NULL, schema = NULL, db = "publi
     # ecriture de la requete de commentaire du champ
     commentaire <- paste0("COMMENT ON COLUMN ", schema, ".", table, ".", var, " IS \'", enc2utf8(lib_var), "\';")
     # execution de la requete
-    DBI::dbSendQuery(conn = con, statement = commentaire)
+    DBI::dbExecute(conn = con, statement = commentaire)
   }
 
   # Envoi des commentaires de champs en serie

R/connect_to_db.R

-#' Connexion au serveur datamart
+#' Connexion au serveur PostgreSQL
 #'
 #' @param db la database sur laquelle se connecter
 #' @param user le profil utilisateur avec lequel se connecter : does ou dreal, suffixe utilise pour les variable d'environnement
 #' @param user_id le nom utilisateur avec lequel se connecter tel que renseigné dans votre renviron
 #' @param user_pwd le mot de passe avec lequel se connecter tel que renseigné dans votre renviron
-#' @param server l'adresse ip du serveur, laisser à NULL pour utiliser le variable d'environnement du .Renviron
+#' @param server l'adresse ip du serveur PostgreSQL, laisser à NULL pour utiliser le variable d'environnement du .Renviron
 #' @param ecoSQL mettre à TRUE pour switcher vers un driver adapté à l'usage de l'offre d'hébergement de base EcoSQL (Experimental)
 #' @param ... eventuels autres arguments de la fonction d'ouverture de connexion `connect_to_db`
 #' @return La fonction cree un connecteur pour se connecter à la base posgresql du serveur via le driver DBI "PostgreSQL" ou `RPostgres::Postgres()` si `ecoSQL = TRUE`.
 #' @importFrom DBI dbDriver dbConnect
-#' @importFrom odbc odbc
-#' @importFrom glue glue
+#' @importFrom RPostgres Postgres
 #' @export
 #'
 #' @examples
@@ -45,17 +44,18 @@ connect_to_db <- function(db = "datamart",
 }
 
 
-#' Connexion au serveur via ODBC connection string
+#' Connexion au serveur PostgreSQL via ODBC connection string
 #'
 #' @param db la database sur laquelle se connecter
 #' @param user le profil utilisateur avec lequel se connecter : does ou dreal
 #' @param user_id le nom utilisateur avec lequel se connecter tel que renseigné dans votre renviron
 #' @param user_pwd le mot de passe avec lequel se connecter tel que renseigné dans votre renviron
 #' @param server l'adresse ip du serveur, laisser à NULL pour utiliser le variable d'environnement du .Renviron
+#' @param driver choix du driver (actuellement seul PostgreSQL est accepté)
 #' @return La fonction créé un connecteur pour se connecter à la base posgresql du serveur via le driver "PostgreSQL".
 #' @return Un connecteur con
 #' @importFrom DBI dbDriver dbConnect
-#' @importFrom odbc odbc
+#' @importFrom odbc odbc odbcListDrivers
 #' @importFrom glue glue
 #' @export
 #'
@@ -67,20 +67,38 @@ connect_to_dbi <- function(db="datamart",
                            user="does",
                            user_id=paste0("user_",user),
                            user_pwd = paste0("pwd_",user),
-                           server = NULL){
+                           server = NULL,
+                           driver = "PostgreSQL"){
+
+  required_driver <- all(
+    driver %in% c(NULL,"PostgreSQL") #liste a enrichir si on souhaite permettre d autre SGBD comme mariaDB...
+  )
+  if (isFALSE(required_driver)) {
+    stop("The driver must be NULL or 'PostgreSQL'")
+  }
+  if(!is.null(driver) && driver == "PostgreSQL"){patterndriver <-"^Postgre.*UNICODE|Unicode.*"}
+  else{patterndriver <- "^_"}#si driver NULL fail
 
   if(is.null(server)) {server <- Sys.getenv("server")}
+  dbi_user <- Sys.getenv(user_id)
+  dbi_pwd <- Sys.getenv(user_pwd)
 
-  con_chaine <- glue::glue("Driver={PostgreSQL Unicode(x64)};Server=$server$;\nDatabase=$db$;\nUID=$user_id$;\nPWD=$user_pwd$;\nPort=$Sys.getenv('port')$;",
+  listdriver<-odbc::odbcListDrivers()
+  drv_unicode_postgres <- listdriver$name[grepl(patterndriver, listdriver$name)][1]
+  if(!is.na(drv_unicode_postgres)){
+  #voir https://www.connectionstrings.com/
+  con_chaine <- glue::glue("Driver={",drv_unicode_postgres,"};Server=$server$;Database=$db$;Uid=$dbi_user$;Pwd=$dbi_pwd$;Port=$Sys.getenv('port')$;",
                            .open = "$",
                            .close= "$")
-
   con <- DBI::dbConnect(odbc::odbc(),
-                        .connection_string = ,
+                        .connection_string = con_chaine,
                         timeout = 10,
                         encoding = "UTF-8")
+  }else{
+    stop("alert: Pas de driver Postgresql pour ODBC")
+  }
   # if(.Platform$OS.type == "windows") {
-  #   DBI::dbSendQuery(con,"SET client_encoding TO \'windows-1252\'")
+  #   DBI::dbExecute(con,"SET client_encoding TO \'windows-1252\'")
   #   }
 
   return(con)

R/get_data.R

@@ -23,7 +23,7 @@
 #' \dontrun{
 #' importer_data(table = "test_iris", schema = "public", db = "public", user = "does")
 #' }
-#' @source {rpostgis} http://mablab.org/rpostgis/
+#' @source \\{rpostgis}\\ http://mablab.org/rpostgis/
 
 
 importer_data <- function(table = NULL, schema = NULL, db  = "public", server = NULL, user = "does", limit = 0, ...) {
@@ -31,20 +31,20 @@ importer_data <- function(table = NULL, schema = NULL, db  = "public", server =
   attempt::stop_if(schema, is.null, msg = "l'argument schema n'est pas renseign\u00e9")
   attempt::stop_if(db, is.null, msg = "l'argument db n'est pas renseign\u00e9")
   attempt::stop_if(user, is.null, msg = "l'argument user n'est pas renseign\u00e9")
-  attempt::stop_if_not(limit, is.numeric, msg = "l'argument user n'est pas num\u00e9rique")
+  attempt::stop_if_not(limit, is.numeric, msg = "l'argument limit n'est pas num\u00e9rique")
 
   con <- connect_to_db(db = db, user = user, server = server, ...)
   ecoSQL <- grepl("RPostgres", attributes(class(con)))
   if(ecoSQL) name = DBI::Id(schema = schema, table = table) else name = c(schema, table)
 
   attempt::stop_if_not(DBI::dbExistsTable(conn = con, name = name),
-                       msg = paste0("La table '", paste(name, collapse = "'.'"), "' est introuvable."))
+                       msg = paste0("La table '", paste(c(schema, table), collapse = "'.'"), "' est introuvable."))
 
   # on recupere la liste des noms de champs de la table et leurs caracteristiques
   champs <-  rpostgis::dbTableInfo(conn = con,  name = c(schema, table), allinfo = FALSE)
 
   # recupere-t-on des proprietes de dataframe R dans zz_r_df_def ?
-  if(ecoSQL) name_r_def = DBI::Id(schema = schema, table = "zz_r_df_def") else name_r_def = c(schema, "zz_r_df_def")
+    if(ecoSQL) name_r_def = DBI::Id(schema = schema, table = "zz_r_df_def") else name_r_def = c(schema, "zz_r_df_def")
   if(DBI::dbExistsTable(conn = con, name = name_r_def)) {
     def_table <- DBI::dbReadTable(con, name_r_def) %>%
       dplyr::filter(.data$table_nm == table)
@@ -91,8 +91,8 @@ importer_data <- function(table = NULL, schema = NULL, db  = "public", server =
 
 
     if ("id_row__" %in% champs$column_name) {
-      data <- dplyr::arrange(.data = data, .data$id_row__) %>%
-        dplyr::select(-.data$id_row__)
+      data <- data %>% dplyr::arrange(.data$id_row__) %>%
+        dplyr::select(-"id_row__")
     }
   }
 
@@ -199,6 +199,7 @@ get_data <- function(con = NULL,
                      schema = NULL,
                      table = NULL) {
   attempt::stop_if(con, is.null, msg = "con n'est pas renseign\u00e9")
+  attempt::stop_if_not(class(con) == "PostgreSQLConnection", msg = "veuillez utiliser une connexion avec ecoSQL=FALSE")
   attempt::stop_if(schema, is.null, msg = "schema n'est pas renseign\u00e9")
   attempt::stop_if(table, is.null, msg = "table n'est pas renseign\u00e9")
 
@@ -215,7 +216,7 @@ get_data <- function(con = NULL,
 #' @param schema Le nom du schema sur le serveur de données.
 #' @param table Le nom de la table sur le serveur de données.
 #' @importFrom attempt stop_if
-#' @importFrom DBI dbSendQuery dbReadTable Id
+#' @importFrom DBI dbReadTable Id
 #'
 #' @return un dataframe
 #' @export
@@ -224,6 +225,7 @@ get_data_dbi <- function(con = NULL,
                          schema = NULL,
                          table = NULL) {
   attempt::stop_if(con, is.null, msg = "con n'est pas renseign\u00e9")
+  attempt::stop_if_not(class(con) == "PqConnection", msg = "veuillez utiliser une connexion avec ecoSQL=TRUE")
   attempt::stop_if(schema, is.null, msg = "schema n'est pas renseign\u00e9")
   attempt::stop_if(table, is.null, msg = "table n'est pas renseign\u00e9")
   tbl <- DBI::Id(schema = schema, table = table)

R/list_tables.R

@@ -7,6 +7,7 @@
 #' @param ... eventuels autres arguments de la fonction d'ouverture de connexion `connect_to_db`
 #' @return Un vecteur de caractères avec les tables présentes sur le schéma schema du connecteur con.
 #' @importFrom attempt stop_if_all message_if_none stop_if stop_if_not
+#' @importFrom dplyr arrange select
 #' @importFrom DBI dbGetQuery dbDisconnect
 #' @importFrom glue glue
 #' @export
@@ -39,8 +40,9 @@ list_tables <- function(con = NULL, schema = NULL, db = NULL, user = NULL, ...)
   if(con_a_creer_fermer) {
     DBI::dbDisconnect(connexion)
   }
-
-  return(all_tables$table_name)
+  res <- all_tables %>% arrange(.data$table_name)
+  res <- res$table_name
+  return(res)
 
 }
 

R/post_data.R

@@ -29,7 +29,7 @@
 #' poster_data(data = iris, table = "test_iris", schema = "public", db = "public",
 #'             pk = NULL, post_row_name = FALSE, overwrite = TRUE, user = "does")
 #' }
-#' @source {rpostgis} http://mablab.org/rpostgis/
+#' @source \\{rpostgis}\\ http://mablab.org/rpostgis/
 
 poster_data <- function(data = NULL,
                         table = NULL,
@@ -71,7 +71,6 @@ poster_data <- function(data = NULL,
 
   ## découverte du type de connexion
   ecoSQL <- grepl("RPostgres", attributes(class(con)))
-
   ## Creation de la table des definitions utiles pour le reimport dans R du jeu de donnee------------
   if(ecoSQL) nom_table = DBI::Id(schema = schema, table = "zz_r_df_def") else nom_table = c(schema, "zz_r_df_def")
 
@@ -84,7 +83,7 @@ poster_data <- function(data = NULL,
       rpostgis::dbAddKey(conn = con, c(schema, "zz_r_df_def"), colname = "table_nm",
                          type = "primary")
       rpostgis::dbComment(conn = con, c(schema, "zz_r_df_def"),
-                          comment = "Table holding R dataframes columns definitions (for import/export using rpostgis :: db(Read/Write)DataFrame) or {datalibaba}.")
+                          comment = "Table holding R dataframes columns definitions (for import/export using rpostgis :: db(Read/Write)DataFrame) or datalibaba.")
     })
     message("Nouvelle table de d\u00e9finition des R dataframes R cr\u00e9\u00e9e : ",
             schema, ".\"zz_r_df_def\".")
@@ -260,7 +259,8 @@ post_data <- function(con,
                       overwrite = FALSE
 ) {
   attempt::stop_if(con, is.null, msg = "con n\'est pas renseign\u00e9")
-  attempt::stop_if_not(deparse(substitute(con)), exists, msg = glue::glue("le connecteur {con} n\'existe pas"))
+  attempt::stop_if_not(deparse(substitute(con)), exists, msg = "le connecteur con n\'existe pas dans l\'environnement")
+  attempt::stop_if_not(class(con) == "PostgreSQLConnection", msg = "veuillez utiliser une connexion avec ecoSQL=FALSE")
   attempt::stop_if(data, is.null, msg = "data n\'est pas renseign\u00e9")
   attempt::stop_if_not(data, is.data.frame, msg = glue::glue("le dataframe {data} n\'exsiste pas"))
   attempt::stop_if(schema, is.null, msg = "schema n\'est pas renseign\u00e9")
@@ -274,18 +274,26 @@ post_data <- function(con,
 
 
 #' Chargement d'un dataset sur le serveur en dbi
+#' @description
+#' `r lifecycle::badge("deprecated")`
+#'
+#' Cette fonction a été dépréciée car non fonctionnelle en l'état
+#' Elle désormais équivalente à post_data et il est conseillé d'utiliser
+#' poster_data
 #'
 #' @param con Le connecteur de classe PosgreSQLConnection.
 #' @param data Un dataframe a importer.
 #' @param schema Le nom du schema sur le serveur de donnees.
 #' @param table Le nom de la table sur le serveur de donnees.
 #' @param overwrite TRUE si on veut ecraser le fichier deja present.
+#' @import lifecycle
 #' @importFrom attempt stop_if stop_if_not
-#' @importFrom DBI dbWriteTable Id dbSendQuery
+#' @importFrom DBI dbWriteTable Id
 #' @importFrom glue glue
 #'
 #' @return NULL, la fonction lance le chargement du dataset present dans l'environnement R et son ecriture sur le serveur
 #' @export
+#' @keywords internal
 #'
 
 post_data_dbi <- function(con = NULL,
@@ -293,16 +301,7 @@ post_data_dbi <- function(con = NULL,
                           schema = NULL,
                           table = NULL,
                           overwrite = FALSE) {
-  attempt::stop_if(con, is.null, msg = "con n\'est pas renseign\u00e9")
-  attempt::stop_if_not(deparse(substitute(con)), exists, msg = glue::glue("le connecteur {con} n\'existe pas"))
-  attempt::stop_if(data, is.null, msg = "data n\'est pas renseign\u00e9")
-  attempt::stop_if_not(data, is.data.frame, msg = glue::glue("le dataframe {data} n\'exsiste pas"))
-  attempt::stop_if(schema, is.null, msg = "schema n\'est pas renseign\u00e9")
-  attempt::stop_if(table, is.null, msg = "table n\'est pas renseign\u00e9")
-  attempt::stop_if_not(schema, ~ .x %in% list_schemas(con), msg = glue::glue("le schema {schema} n\'existe pas"))
-  attempt::stop_if(table %in% list_tables(con,schema) & !overwrite, msg = glue::glue("La table {table} existe d\u00e9j\u00e0 sur le schema {schema} et le param\u00e8 tre overwrite est \u00e0 FALSE"))
-  tbl <- DBI::Id(schema = schema, table = table)
-  DBI::dbWriteTable(con, tbl,  data, overwrite = overwrite )
-  return(invisible(NULL))
+  lifecycle::deprecate_warn("0.0.0.9010", "post_data_dbi()", "poster_data()")
+  post_data(con=con, data = data, schema = schema, table = table, overwrite = overwrite)
 
 }

R/set_shema_rights.R

@@ -51,22 +51,24 @@ set_schema_rights <- function(schema = "public", table = NULL, con = NULL, db  =
 
   tables_concernees <- ifelse(is.null(table), "ALL TABLES", table)
 
-  droit2 <- dplyr::transmute(droits, liste_priv = gsub("\\{|\\}", "", .data$liste_priv) %>% strsplit(split = ",") %>% list) %>%
-    dplyr::summarise(liste_priv = list(unlist(.data$liste_priv)) ) %>%
-    dplyr::pull(.data$liste_priv) %>% unlist() %>% tibble::enframe(name = NULL) %>%
-    tidyr::separate(col = .data$value, sep = "([=/])", into = c("role", "droits", "granter"), remove = TRUE) %>%
-    dplyr::select(-.data$granter) %>%
-    dplyr::distinct() %>%
-    mutate(privilege = dplyr::case_when(
-      .data$droits == "arwdDxt" ~ "ALL",
-      .data$droits == "r" ~ "SELECT",
-      TRUE ~ purrr::map2_chr(.x = ref_privilege$abrv, .y = ref_privilege$verbe, .f = ~ ifelse(grepl(pattern = .x, .data$droits), .y, NA_character_)) %>%
-        setdiff(., NA_character_) %>%
-        paste(collapse = ", ")
-    ),
-      sql = paste0("GRANT ", .data$privilege," ON ", tables_concernees ," IN SCHEMA ", schema ," TO ", .data$role, ";")
-    )
+  ## non fonctionnel pour le moment
+  # droit2 <- dplyr::transmute(droits, liste_priv = gsub("\\{|\\}", "", .data$liste_priv) %>% strsplit(split = ",") %>% list) %>%
+  #   dplyr::summarise(liste_priv = list(unlist(.data$liste_priv)) ) %>%
+  #   dplyr::pull(.data$liste_priv) %>% unlist() %>% tibble::enframe(name = NULL) %>%
+  #   tidyr::separate(col = .data$value, sep = "([=/])", into = c("role", "droits", "granter"), remove = TRUE) %>%
+  #   dplyr::select(-.data$granter) %>%
+  #   dplyr::distinct() %>%
+  #   mutate(privilege = dplyr::case_when(
+  #     .data$droits == "arwdDxt" ~ "ALL",
+  #     .data$droits == "r" ~ "SELECT",
+  #     TRUE ~ purrr::map2_chr(.x = ref_privilege$abrv, .y = ref_privilege$verbe, .f = ~ ifelse(grepl(pattern = .x, .data$droits), .y, NA_character_)) %>%
+  #       setdiff(., NA_character_) %>%
+  #       paste(collapse = ", ")
+  #   ),
+  #     sql = paste0("GRANT ", .data$privilege," ON ", tables_concernees ," IN SCHEMA ", schema ," TO ", .data$role, ";")
+  #   )
 
+  return(invisible(NULL))
 
 }
 

README.Rmd

@@ -17,6 +17,7 @@ knitr::opts_chunk$set(
 
 
 <!-- badges: start -->
+[![pipeline status](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/badges/master/pipeline.svg)](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/-/commits/master)[![coverage report](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/badges/master/coverage.svg?job=coverage)](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/-/commits/master)
 <!-- badges: end -->
 
 {datalibaba} est un ensemble de fonctions visant à faciliter l'alimentation du serveur de données du DREAL <datalab/> Pays de la Loire.

README.md

@@ -4,6 +4,10 @@
 # datalibaba <img src='man/figures/logo.png' align="right" height="139" />
 
 <!-- badges: start -->
+
+[![pipeline
+status](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/badges/master/pipeline.svg)](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/-/commits/master)[![coverage
+report](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/badges/master/coverage.svg?job=coverage)](https://gitlab-forge.din.developpement-durable.gouv.fr/dreal-pdl/csd/datalibaba/-/commits/master)
 <!-- badges: end -->
 
 {datalibaba} est un ensemble de fonctions visant à faciliter

datalibaba.Rproj

 Version: 1.0
+ProjectId: 643276e3-9018-4b1c-85b4-c14054b6bc51
 
 RestoreWorkspace: No
 SaveWorkspace: No

dev/0_prepa_env_test.R

+install.packages("DBI")
+install.packages("odbc")
+
+if(DBI::dbCanConnect(RPostgres::Postgres(), host="localhost", user="runner", password=Sys.getenv("BDD_RUNNER_PWD"), dbname="postgres")){
+  con <- DBI::dbConnect(RPostgres::Postgres(), host="localhost", user="runner", password=Sys.getenv("BDD_RUNNER_PWD"), dbname="postgres")
+  if(DBI::dbCanConnect(RPostgres::Postgres(), host="localhost", user="runner", password=Sys.getenv("BDD_RUNNER_PWD"), dbname="test_datalibaba") == TRUE){
+    DBI::dbExecute(con, "DROP DATABASE IF EXISTS test_datalibaba;")
+  }
+    DBI::dbExecute(con, "CREATE DATABASE test_datalibaba WITH OWNER = runner ENCODING = 'UTF8' CONNECTION LIMIT = -1;")
+    DBI::dbDisconnect(con)
+    con <- DBI::dbConnect(RPostgres::Postgres(), host="localhost", user="runner", password=Sys.getenv("BDD_RUNNER_PWD"), dbname="test_datalibaba")
+    DBI::dbExecute(con, "CREATE EXTENSION postgis;")
+    DBI::dbExecute(con, "CREATE EXTENSION postgis_topology;")
+
+  #autre dbExecute si besoin de plus
+  #si on veut lire un script sql mesreq.sql, le mettre dans /dev et executer
+  # system(paste0("( echo dev/mesreq.sql ) | psql \"postgresql://runner:",Sys.getenv("BDD_RUNNER_PWD"),"@127.0.0.1:5432/test_datalibaba\""))
+  print('local database postgresql works !')
+}else{
+  print(DBI::dbCanConnect(RPostgres::Postgres(), host="localhost", user="runner", password=Sys.getenv("BDD_RUNNER_PWD"), dbname="postgres"))
+  print('alert: local database postgresql doesnt work !')
+}

dev/config_attachment.yaml

+path.n: NAMESPACE
+path.d: DESCRIPTION
+dir.r: R
+dir.v: vignettes
+dir.t: tests
+extra.suggests: ~
+pkg_ignore: ~
+document: yes
+normalize: yes
+inside_rmd: no
+must.exist: yes
+check_if_suggests_is_installed: yes

man/connect_to_db.Rd

@@ -2,7 +2,7 @@
 % Please edit documentation in R/connect_to_db.R
 \name{connect_to_db}
 \alias{connect_to_db}
-\title{Connexion au serveur datamart}
+\title{Connexion au serveur PostgreSQL}
 \usage{
 connect_to_db(
   db = "datamart",
@@ -23,7 +23,7 @@ connect_to_db(
 
 \item{user_pwd}{le mot de passe avec lequel se connecter tel que renseigné dans votre renviron}
 
-\item{server}{l'adresse ip du serveur, laisser à NULL pour utiliser le variable d'environnement du .Renviron}
+\item{server}{l'adresse ip du serveur PostgreSQL, laisser à NULL pour utiliser le variable d'environnement du .Renviron}
 
 \item{ecoSQL}{mettre à TRUE pour switcher vers un driver adapté à l'usage de l'offre d'hébergement de base EcoSQL (Experimental)}
 
@@ -33,7 +33,7 @@ connect_to_db(
 La fonction cree un connecteur pour se connecter à la base posgresql du serveur via le driver DBI "PostgreSQL" ou \code{RPostgres::Postgres()} si \code{ecoSQL = TRUE}.
 }
 \description{
-Connexion au serveur datamart
+Connexion au serveur PostgreSQL
 }
 \examples{
 \dontrun{

man/connect_to_dbi.Rd

@@ -2,14 +2,15 @@
 % Please edit documentation in R/connect_to_db.R
 \name{connect_to_dbi}
 \alias{connect_to_dbi}
-\title{Connexion au serveur via ODBC connection string}
+\title{Connexion au serveur PostgreSQL via ODBC connection string}
 \usage{
 connect_to_dbi(
   db = "datamart",
   user = "does",
   user_id = paste0("user_", user),
   user_pwd = paste0("pwd_", user),
-  server = NULL
+  server = NULL,
+  driver = "PostgreSQL"
 )
 }
 \arguments{
@@ -22,6 +23,8 @@ connect_to_dbi(
 \item{user_pwd}{le mot de passe avec lequel se connecter tel que renseigné dans votre renviron}
 
 \item{server}{l'adresse ip du serveur, laisser à NULL pour utiliser le variable d'environnement du .Renviron}
+
+\item{driver}{choix du driver (actuellement seul PostgreSQL est accepté)}
 }
 \value{
 La fonction créé un connecteur pour se connecter à la base posgresql du serveur via le driver "PostgreSQL".
@@ -29,7 +32,7 @@ La fonction créé un connecteur pour se connecter à la base posgresql du serve
 Un connecteur con
 }
 \description{
-Connexion au serveur via ODBC connection string
+Connexion au serveur PostgreSQL via ODBC connection string
 }
 \examples{
 \dontrun{

man/importer_data.Rd

@@ -4,7 +4,7 @@
 \alias{importer_data}
 \title{Import d'une table a partir du serveur de donnees, fonction qui s'adapte aux types de table a charger : recuperation des modalites des facteurs si chargee avec {rpostgis}, sf dataframe si table geographique.}
 \source{
-{rpostgis} http://mablab.org/rpostgis/
+\\{rpostgis}\\ http://mablab.org/rpostgis/
 }
 \usage{
 importer_data(

man/post_data_dbi.Rd

@@ -27,5 +27,10 @@ post_data_dbi(
 NULL, la fonction lance le chargement du dataset present dans l'environnement R et son ecriture sur le serveur
 }
 \description{
-Chargement d'un dataset sur le serveur en dbi
+\ifelse{html}{\href{https://lifecycle.r-lib.org/articles/stages.html#deprecated}{\figure{lifecycle-deprecated.svg}{options: alt='[Deprecated]'}}}{\strong{[Deprecated]}}
+
+Cette fonction a été dépréciée car non fonctionnelle en l'état
+Elle désormais équivalente à post_data et il est conseillé d'utiliser
+poster_data
 }
+\keyword{internal}