diff --git a/.Rbuildignore b/.Rbuildignore
index c8b6d784046ef1ee436add1196937632ef9c3eb3..ed6562cc0597e60520c2f0ff5d4df1aab66728cc 100644
--- a/.Rbuildignore
+++ b/.Rbuildignore
@@ -9,3 +9,8 @@
^_pkgdown\.yml$
^docs$
^pkgdown$
+^test\.R$
+^vignette/test\.R$
+^ci$
+^doc$
+^Meta$
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
index 234f0289784f91ce7588b028bd72e1de86c1beb3..0d7f03b37c7df412ca479488a4122bfdf12202e8 100644
--- a/.gitignore
+++ b/.gitignore
@@ -3,3 +3,4 @@
.RData
.Ruserdata
docs
+inst/doc
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
index 8af3f3fd83e271d34d968ec8ff76d076f4eb7022..f43f422ae1b245ff4ad0d13dded155d270411686 100644
--- a/DESCRIPTION
+++ b/DESCRIPTION
@@ -6,33 +6,44 @@ Authors@R:
family = "Kalioudjoglou",
role = "aut",
email = "daniel.kalioudjoglou@developpement-durable.gouv.fr"),
- person(given = "Gwénaëlle",
+ person(given = "Gwenaelle",
family = "Le Bourhis",
role = "aut",
- email = "gwenaelle.le-bourhis@developpement-durable.gouv.fr"),
- person(given = "Maël",
- family = "THEULIERE",
+ email = "gwenaelle.lebourhis@developpement-durable.gouv.fr"),
+ person(given = "Mael",
+ family = "Theuliere",
role = c("aut", "cre"),
- email = "mael.theuliere@developpement-durable.gouv.fr")
- )
-Description: The goal of propre.artificialisation is to produce a publication on land use in Pays de la Loire.
+ email = "mael.theuliere@gmail.com"))
+Description: The goal of propre.artificialisation is to produce
+ a publication on land use in Pays de la Loire.
License: GPL (>= 3)
-Encoding: UTF-8
-LazyData: true
-Roxygen: list(markdown = TRUE)
-RoxygenNote: 7.1.1
-Imports:
- rmarkdown,
- gouvdown (>= 0.0.0.9000),
- ggplot2,
- COGiter (>= 0.0.7),
- dplyr,
- sf
-Remotes:
- maeltheuliere/COGiter,
- spyrales/gouvdown
Depends:
R (>= 2.10)
+Imports:
+ attempt,
+ dplyr,
+ forcats,
+ ggiraph,
+ ggplot2,
+ glue,
+ gouvdown (>= 0.0.0.9000),
+ lubridate,
+ magrittr,
+ scales,
+ tidyr,
+ tricky,
+ utils
Suggests:
+ knitr,
+ rmarkdown,
testthat (>= 3.0.0)
+VignetteBuilder:
+ knitr
+Remotes:
+ spyrales/gouvdown,
+ pachevalier/tricky
Config/testthat/edition: 3
+Encoding: UTF-8
+LazyData: true
+Roxygen: list(markdown = TRUE)
+RoxygenNote: 7.1.1
diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE
index 6ae926839dd1829f1016a96f766d970ff184ad97..c0b9c24fed0ced1432e8cfaef2d79978a7783216 100644
--- a/NAMESPACE
+++ b/NAMESPACE
@@ -1,2 +1,28 @@
# Generated by roxygen2: do not edit by hand
+export("%>%")
+export(creer_graphe_1_1)
+export(format_fr_pct)
+importFrom(attempt,stop_if_not)
+importFrom(dplyr,filter)
+importFrom(dplyr,first)
+importFrom(dplyr,group_by)
+importFrom(dplyr,mutate)
+importFrom(dplyr,pull)
+importFrom(dplyr,select)
+importFrom(dplyr,ungroup)
+importFrom(forcats,fct_drop)
+importFrom(forcats,fct_reorder)
+importFrom(ggiraph,geom_point_interactive)
+importFrom(ggiraph,ggiraph)
+importFrom(ggplot2,aes)
+importFrom(ggplot2,element_text)
+importFrom(ggplot2,geom_bar)
+importFrom(ggplot2,geom_text)
+importFrom(ggplot2,ggplot)
+importFrom(ggplot2,labs)
+importFrom(ggplot2,scale_y_continuous)
+importFrom(ggplot2,theme)
+importFrom(glue,glue)
+importFrom(magrittr,"%>%")
+importFrom(scales,number_format)
diff --git a/R/creer_graphe_1_1.R b/R/creer_graphe_1_1.R
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..17eadfece0c89a37c4a787c4c030f7de0a751997
--- /dev/null
+++ b/R/creer_graphe_1_1.R
@@ -0,0 +1,72 @@
+#' Creation du graphique du taux d'artificialisation par region (Teruti-Lucas)
+#' @description Creation du graphique representant le taux d'artificialisation par region (Teruti-Lucas)
+#'
+#' @param millesime_teruti une année parmi les millesimes sélectionnables par l'utilisateur, au format numerique.
+#'
+#' @return Un diagramme en barres
+#'
+#' @importFrom dplyr filter select group_by mutate first ungroup pull
+#' @importFrom forcats fct_drop fct_reorder
+#' @importFrom ggiraph geom_point_interactive ggiraph
+#' @importFrom ggplot2 ggplot aes geom_bar labs scale_y_continuous theme geom_text element_text
+#' @importFrom scales number_format
+#' @importFrom glue glue
+#'
+#' @export
+#'
+#' @examples
+#' creer_graphe_1_1(millesime_teruti=2018)
+
+
+creer_graphe_1_1 <- function(millesime_teruti){
+
+ # Creation de la table utile a la production du graphique
+ data_france <- teruti %>%
+ dplyr::mutate(valeur=as.numeric(.data$valeur)) %>%
+ dplyr::filter(.data$CodeZone == "FRMETRO",
+ .data$date == lubridate::make_date(millesime_teruti,"01","01")) %>%
+ tidyr::spread(key=.data$variable,value=.data$valeur,fill=0) %>%
+ tricky::set_standard_names() %>%
+ dplyr::mutate (taux_artificialisation=.data$sols_artificiels/.data$tous_sols*100)
+ surf_artificialise_france <- data_france %>%
+ dplyr::pull(.data$sols_artificiels)
+
+ data <- teruti %>%
+ dplyr::mutate(valeur=as.numeric(.data$valeur)) %>%
+ # Filtres pour ne garder que les donnees de la region et du millesime sélectionne
+ dplyr::filter(.data$TypeZone == "R\u00e9gions",
+ !(.data$CodeZone %in% c("01","02","03","04","06")),
+ .data$date == lubridate::make_date(millesime_teruti,"01","01")) %>%
+ tidyr::spread(key=.data$variable,value=.data$valeur,fill=0) %>%
+ tricky::set_standard_names() %>%
+ dplyr::mutate (taux_artificialisation=.data$sols_artificiels/.data$tous_sols*100,
+ part_dans_surface_nationale=.data$sols_artificiels/surf_artificialise_france*100,
+ couleur_barre = dplyr::case_when(
+ .data$codezone=="52"~ 1,
+ TRUE ~ 0)
+ ) %>%
+ dplyr::select(.data$zone,.data$taux_artificialisation,.data$part_dans_surface_nationale,.data$couleur_barre)
+
+ valeur_max <- max(data$taux_artificialisation,na.rm=T)
+
+ graph_1_1<-data %>%
+ ggplot2::ggplot(ggplot2::aes(x=forcats::fct_reorder(.data$zone,.data$taux_artificialisation,.desc=F), ymax=valeur_max+4, y=.data$taux_artificialisation,fill=.data$couleur_barre)) +
+ ggplot2::geom_bar(stat="identity")+
+ ggplot2::geom_text(ggplot2::aes(y=.data$taux_artificialisation ,
+ label=format_fr_pct(.data$taux_artificialisation),
+ color = .data$couleur_barre
+ ),
+ position= ggplot2::position_dodge(width=1),
+ vjust=0.5,
+ hjust=-0.5,
+ size=3) +
+ ggplot2::coord_flip(expand = FALSE) +
+ ggplot2::labs(title=glue::glue("Taux d'artificialisation par r\u00e9gion en {millesime_teruti}"),subtitle="",x="",y="",
+ fill="",
+ caption = glue::glue("Source : Teruti-Lucas {millesime_teruti}"))+
+ ggplot2::theme(axis.text.x = ggplot2::element_text(), legend.position = "none") +
+ ggplot2::scale_y_continuous(labels = scales::number_format(suffix = " %", accuracy = 1))
+
+ return(graph_1_1)
+
+ }
diff --git a/R/globals.R b/R/globals.R
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..5e9a009df1e536c7dc71db36739ba1d7e2a507a2
--- /dev/null
+++ b/R/globals.R
@@ -0,0 +1,3 @@
+utils::globalVariables(
+ c("teruti",".data")
+)
diff --git a/R/utils-pipe.R b/R/utils-pipe.R
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..fd0b1d13db4ff91b7f836f72b7d5d88d958f6e1f
--- /dev/null
+++ b/R/utils-pipe.R
@@ -0,0 +1,14 @@
+#' Pipe operator
+#'
+#' See \code{magrittr::\link[magrittr:pipe]{\%>\%}} for details.
+#'
+#' @name %>%
+#' @rdname pipe
+#' @keywords internal
+#' @export
+#' @importFrom magrittr %>%
+#' @usage lhs \%>\% rhs
+#' @param lhs A value or the magrittr placeholder.
+#' @param rhs A function call using the magrittr semantics.
+#' @return The result of calling `rhs(lhs)`.
+NULL
diff --git a/R/utils.r b/R/utils.r
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..637c759afea61b2a94b341cdff3d987a911a41d8
--- /dev/null
+++ b/R/utils.r
@@ -0,0 +1,21 @@
+#' fonction utilitaire de formatage en pourcentage pour le francais
+#'
+#' @description fonction utilitaire de formatage en pourcentage pour le francais
+
+#' @param x un nombre à formater en pourcentage
+#' @param dec un entier désignant le nombre de chiffres après la virgule souhaité (1 par défaut)
+#'
+#' @return une chaîne de texte, x %, avec transformation de la décimale en virgule et insertion d'un espace insécable
+#'
+#' @importFrom attempt stop_if_not
+#'
+#' @export
+#'
+#' @examples
+#' format_fr_pct(100/3)
+#'
+
+format_fr_pct <- function(x, dec = 1) {
+ attempt::stop_if_not(x, is.numeric, msg = "x n'est pas un nombre, revoyez la saisie de l'argument de format_fr_pct(x, dec)")
+ paste0(formatC(x, decimal.mark = ",", big.mark = "\u202f", format = "f", digits = dec), "\u00a0%")
+}
diff --git a/devstuff_history.R b/devstuff_history.R
index d423d6b179a3d98cb79d0d47f7fef17c8f32b735..632e847057eae3d1c8624551a7a3c96155c0e23a 100644
--- a/devstuff_history.R
+++ b/devstuff_history.R
@@ -1,12 +1,19 @@
usethis::create_package(".")
usethis::use_build_ignore("devstuff_history.R")
+usethis::use_build_ignore("vignette/test.R")
usethis::use_gpl3_license()
usethis::use_readme_rmd()
+usethis::use_pipe()
usethis::use_package("rmarkdown")
usethis::use_package("gouvdown")
usethis::use_package("ggplot2")
usethis::use_package("dplyr")
+usethis::use_package("forcats")
+usethis::use_package("ggiraph")
usethis::use_package("sf")
+usethis::use_package("tricky")
+usethis::use_package("qpdf")
+usethis::use_package("forcats")
usethis::use_dev_package("COGiter",remote = "maeltheuliere/COGiter")
usethis::use_dev_package("gouvdown",remote = "spyrales/gouvdown")
usethis::use_rmarkdown_template(template_name = "publication artificialisation",
@@ -17,3 +24,16 @@ usethis::use_r("data")
usethis::use_build_ignore(".gitlab-ci.yml")
usethis::use_testthat()
usethis::use_test(name = "data")
+
+##creer_graphe_1_1
+usethis::use_vignette("aa-ch1-1","aa- Chapitre 1 Graphe 1")
+usethis::use_r("creer_graphe_1_1")
+usethis::use_test("creer_graphe_1_1")
+
+
+
+## A faire tourner avant chaque commit
+# usethis::use_r("globals.R") # liste les objets à passer en variables globales
+attachment::att_amend_desc()
+devtools::check()
+devtools::install()
diff --git a/inst/rmarkdown/templates/publication/skeleton/skeleton.Rmd b/inst/rmarkdown/templates/publication/skeleton/skeleton.Rmd
index eb916bcab3a554497a808f015857ad8917a63d39..759f38e38d3a46eec0aadb6291bac1ae4da34fc3 100644
--- a/inst/rmarkdown/templates/publication/skeleton/skeleton.Rmd
+++ b/inst/rmarkdown/templates/publication/skeleton/skeleton.Rmd
@@ -6,8 +6,11 @@ output:
toc: TRUE
logo: "prefecture_r52"
params:
- annee: 2019
-title: "L'artificialisation des sols en Pays de la loire en `r params$annee`"
+ millesime_teruti: 2018
+ millesime_ocsge: 2019
+ millesime_observatoire_artificialisation: 2019
+
+title: "L'artificialisation des sols en Pays de la loire en `r params$millesime_observatoire_artificialisation`"
---
```{r setup, include=FALSE}
@@ -18,3 +21,7 @@ library(propre.artificialisation)
## Chapitre 1
+
+```{r diag barres nb logts par nb de pieces}
+creer_graphe_1_1( params$millesime_teruti)
+```
diff --git a/inst/rmarkdown/templates/publication/skeleton/www b/inst/rmarkdown/templates/publication/skeleton/www
deleted file mode 100644
index 52a940b6cb8de8e7149621bf59ff81a2ff96b3a5..0000000000000000000000000000000000000000
Binary files a/inst/rmarkdown/templates/publication/skeleton/www and /dev/null differ
diff --git a/man/creer_graphe_1_1.Rd b/man/creer_graphe_1_1.Rd
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..46799b96767df91883220522751155b50a177753
--- /dev/null
+++ b/man/creer_graphe_1_1.Rd
@@ -0,0 +1,20 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/creer_graphe_1_1.R
+\name{creer_graphe_1_1}
+\alias{creer_graphe_1_1}
+\title{Creation du graphique du taux d'artificialisation par region (Teruti-Lucas)}
+\usage{
+creer_graphe_1_1(millesime_teruti)
+}
+\arguments{
+\item{millesime_teruti}{une année parmi les millesimes sélectionnables par l'utilisateur, au format numerique.}
+}
+\value{
+Un diagramme en barres
+}
+\description{
+Creation du graphique representant le taux d'artificialisation par region (Teruti-Lucas)
+}
+\examples{
+creer_graphe_1_1(millesime_teruti=2018)
+}
diff --git a/man/format_fr_pct.Rd b/man/format_fr_pct.Rd
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..ff280aa35c97b220a87a96a2ede3e6c6a230b7f2
--- /dev/null
+++ b/man/format_fr_pct.Rd
@@ -0,0 +1,23 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/utils.r
+\name{format_fr_pct}
+\alias{format_fr_pct}
+\title{fonction utilitaire de formatage en pourcentage pour le francais}
+\usage{
+format_fr_pct(x, dec = 1)
+}
+\arguments{
+\item{x}{un nombre à formater en pourcentage}
+
+\item{dec}{un entier désignant le nombre de chiffres après la virgule souhaité (1 par défaut)}
+}
+\value{
+une chaîne de texte, x \%, avec transformation de la décimale en virgule et insertion d'un espace insécable
+}
+\description{
+fonction utilitaire de formatage en pourcentage pour le francais
+}
+\examples{
+format_fr_pct(100/3)
+
+}
diff --git a/man/pipe.Rd b/man/pipe.Rd
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..a648c2969b222841abe76fb2e13c62c351078b2e
--- /dev/null
+++ b/man/pipe.Rd
@@ -0,0 +1,20 @@
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/utils-pipe.R
+\name{\%>\%}
+\alias{\%>\%}
+\title{Pipe operator}
+\usage{
+lhs \%>\% rhs
+}
+\arguments{
+\item{lhs}{A value or the magrittr placeholder.}
+
+\item{rhs}{A function call using the magrittr semantics.}
+}
+\value{
+The result of calling \code{rhs(lhs)}.
+}
+\description{
+See \code{magrittr::\link[magrittr:pipe]{\%>\%}} for details.
+}
+\keyword{internal}
diff --git a/tests/testthat/test-creer_graphe_1_1.R b/tests/testthat/test-creer_graphe_1_1.R
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..a187667bea96dbbe6b8333d88b9766e9ca215c2a
--- /dev/null
+++ b/tests/testthat/test-creer_graphe_1_1.R
@@ -0,0 +1,8 @@
+
+ test_that("creer_graphe_1_1 fonctionne", {
+
+ # Test que le graphe est un ggplot
+ objet <- creer_graphe_1_1(millesime_teruti = 2018)
+ testthat::expect_equal(attr(objet, "class"), c("gg","ggplot"))
+
+ })
diff --git a/vignettes/.gitignore b/vignettes/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..3432c3fd8eb0e59cc1b0e8ea0307591a5bcdea40
--- /dev/null
+++ b/vignettes/.gitignore
@@ -0,0 +1,2 @@
+*.html
+
diff --git a/vignettes/aa-ch1-1.Rmd b/vignettes/aa-ch1-1.Rmd
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..bd190767192f8890076b8e4fde57ba1bc142e918
--- /dev/null
+++ b/vignettes/aa-ch1-1.Rmd
@@ -0,0 +1,26 @@
+---
+title: "aa- Chapitre 1 Graphe 1"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+ %\VignetteIndexEntry{aa- Chapitre 1 Graphe 1}
+ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+ %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+ collapse = TRUE,
+ comment = "#>"
+)
+ggplot2::theme_set(gouvdown::theme_gouv(plot_title_size = 14, subtitle_size = 12, base_size = 10, caption_size = 10) +
+ ggplot2::theme(plot.caption.position = "plot"))
+
+```
+# Descriptif
+La fonction `creer_graphe_1_1()` produit le graphique des taux d'artificialisation par region (Teruti-Lucas).
+
+```{r setup}
+library(propre.artificialisation)
+
+ creer_graphe_1_1(millesime_teruti=2018)
+```
diff --git a/vignettes/test.R b/vignettes/test.R
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..918650ea63fd3646e125161ce7d2e7d80fedbf57
--- /dev/null
+++ b/vignettes/test.R
@@ -0,0 +1,55 @@
+library(dplyr)
+millesime_teruti <- 2018
+
+# Creation de la table utile a la production du graphique
+
+data_france <- teruti %>%
+ dplyr::mutate(valeur=as.numeric(.data$valeur)) %>%
+ dplyr::filter(.data$CodeZone == "FRMETRO",
+ .data$date == lubridate::make_date(millesime_teruti,"01","01")) %>%
+ tidyr::spread(key=.data$variable,value=.data$valeur,fill=0) %>%
+ tricky::set_standard_names() %>%
+ dplyr::mutate (taux_artificialisation=.data$sols_artificiels/.data$tous_sols*100)
+surf_artificialise_france <- data_france %>%
+ dplyr::pull(.data$sols_artificiels)
+
+data <- teruti %>%
+ dplyr::mutate(valeur=as.numeric(.data$valeur)) %>%
+ # Filtres pour ne garder que les donnees de la region et du millesime sélectionne
+ dplyr::filter(.data$TypeZone == "R\u00e9gions",
+ !(.data$CodeZone %in% c("01","02","03","04","06")),
+ .data$date == lubridate::make_date(millesime_teruti,"01","01")) %>%
+ tidyr::spread(key=.data$variable,value=.data$valeur,fill=0) %>%
+ tricky::set_standard_names() %>%
+ dplyr::mutate (taux_artificialisation=.data$sols_artificiels/.data$tous_sols*100,
+ part_dans_surface_nationale=.data$sols_artificiels/surf_artificialise_france*100,
+ couleur_barre = case_when(
+ .data$codezone=="52"~ 1,
+ TRUE ~ 0)
+ ) %>%
+ dplyr::select(.data$zone,.data$taux_artificialisation,.data$part_dans_surface_nationale,.data$couleur_barre)
+
+valeur_max <- max(data$taux_artificialisation,na.rm=T)
+
+graph_1_1<-data %>%
+ ggplot2::ggplot(ggplot2::aes(x=forcats::fct_reorder(.data$zone,.data$taux_artificialisation,.desc=T), ymax=valeur_max+4, y=.data$taux_artificialisation,fill=.data$couleur_barre)) +
+ ggplot2::geom_bar(stat="identity")+
+ ggplot2::coord_flip() +
+ ggplot2::theme_classic()+
+ ggplot2::theme(legend.position = "none")+
+ ggplot2::geom_text(ggplot2::aes(y=.data$taux_artificialisation , label=paste0(round(.data$taux_artificialisation,1),"%")),position= ggplot2::position_dodge(width=1), vjust=0.5,hjust=-0.5, size=3)+
+ ggplot2::labs(title="taux d'artificialisation par r\u00e9gion (Teruti-Lucas)",subtitle="",x="",y="",
+ fill="")+
+ ggplot2::theme(axis.text.x = ggplot2::element_text())
+
+return(graph_1_1)
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+