diff --git a/R/add_code_analyse.R b/R/add_code_analyse.R
deleted file mode 100644
index f29d8c278d98b23647aa9760709cd90b3fb9cbde..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/R/add_code_analyse.R
+++ /dev/null
@@ -1,68 +0,0 @@
-# WARNING - Generated by {fusen} from dev/flat_create_tables_sequences.Rmd: do not edit by hand # nolint: line_length_linter.
-
-#' Ajouter une variable code_analyse au dataframe
-#'
-#' @description Cette fonction ajoute une nouvelle variable `code_analyse`
-#' au dataframe en utilisant une séquence PostgreSQL dynamique. La séquence est
-#' construite en fonction du paramètre `version` fourni.
-#'
-#' @param dataframe Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-#' la variable `code_analyse`.
-#' @param version Une chaîne de caractères représentant la version de la
-#' séquence à utiliser.
-#'
-#' @return Un dataframe avec une nouvelle colonne `code_analyse` contenant
-#' les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-#'
-#' @importFrom DBI dbGetQuery dbDisconnect
-#' @importFrom dplyr mutate
-#' @importFrom glue glue
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-#' @export
-#' @examples
-#' # Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-#' dataframe <- data.frame(
-#' id_prelevement = 1:5,
-#' autre_colonne = sample(letters, 5)
-#' )
-#' # Définir une version pour l'exemple
-#' version <- "v1"
-#'
-#' # Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-#' dataframe <- add_code_analyse(
-#' dataframe, version)
-#'
-add_code_analyse <- function(dataframe, version) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Créer la séquence correspondant à la table
- create_sequence <- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;")
-
- # Exécuter le script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, create_sequence)
-
- # Construire le nom de la séquence
- sequence_name <- glue::glue("nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq")
-
- # Initialiser une liste pour stocker les valeurs de la séquence
- code_analyses <- c()
-
- # Pour chaque ligne du dataframe, obtenir une valeur de la séquence
- for (i in 1:nrow(dataframe)) {
- query <- glue::glue("SELECT nextval(\'{sequence_name}\') AS code_analyse")
- result <- DBI::dbGetQuery(connexion, query)
- code_analyses <- c(code_analyses, result$code_analyse)
- }
-
- # Ajouter la nouvelle variable au dataframe
- dataframe <- dataframe |>
- dplyr::mutate(code_analyse = code_analyses)
-
- # Fermer la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(dataframe)
-}
-
diff --git a/R/add_code_prelevement.R b/R/add_code_prelevement.R
deleted file mode 100644
index baf59bf173196095bc7adc3c497ecc10d71b2cf3..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/R/add_code_prelevement.R
+++ /dev/null
@@ -1,68 +0,0 @@
-# WARNING - Generated by {fusen} from dev/flat_create_tables_sequences.Rmd: do not edit by hand # nolint: line_length_linter.
-
-#' Ajouter une variable code_prelevement au dataframe
-#'
-#' @description Cette fonction ajoute une nouvelle variable `code_prelevement`
-#' au dataframe en utilisant une séquence PostgreSQL dynamique. La séquence est
-#' construite en fonction du paramètre `version` fourni.
-#'
-#' @param dataframe Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-#' la variable `code_prelevement`.
-#' @param version Une chaîne de caractères représentant la version de la
-#' séquence à utiliser.
-#'
-#' @return Un dataframe avec une nouvelle colonne `code_prelevement` contenant
-#' les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-#'
-#' @importFrom DBI dbGetQuery dbDisconnect
-#' @importFrom dplyr mutate
-#' @importFrom glue glue
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-#' @export
-#' @examples
-#' # Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-#' dataframe <- data.frame(
-#' id_prelevement = 1:5,
-#' autre_colonne = sample(letters, 5)
-#' )
-#' # Définir une version pour l'exemple
-#' version <- "v1"
-#'
-#' # Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-#' dataframe <- add_code_prelevement(
-#' dataframe, version)
-#'
-add_code_prelevement <- function(dataframe, version) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Créer la séquence correspondant à la table
- create_sequence <- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;")
-
- # Exécuter le script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, create_sequence)
-
- # Construire le nom de la séquence
- sequence_name <- glue::glue("nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq")
-
- # Initialiser une liste pour stocker les valeurs de la séquence
- code_prelevements <- c()
-
- # Pour chaque ligne du dataframe, obtenir une valeur de la séquence
- for (i in 1:nrow(dataframe)) {
- query <- glue::glue("SELECT nextval(\'{sequence_name}\') AS code_prelevement")
- result <- DBI::dbGetQuery(connexion, query)
- code_prelevements <- c(code_prelevements, result$code_prelevement)
- }
-
- # Ajouter la nouvelle variable au dataframe
- dataframe <- dataframe |>
- dplyr::mutate(code_prelevement = code_prelevements)
-
- # Fermer la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(dataframe)
-}
-
diff --git a/R/add_code_prelevement_analyse.R b/R/add_code_prelevement_analyse.R
deleted file mode 100644
index 60b3353b154ac8893522ffe5cdd7bbf3eb001698..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/R/add_code_prelevement_analyse.R
+++ /dev/null
@@ -1,69 +0,0 @@
-# WARNING - Generated by {fusen} from dev/flat_create_table_sequence.Rmd: do not edit by hand # nolint: line_length_linter.
-
-#' Ajouter une variable code_prelevement_analyse au dataframe
-#'
-#' @description Cette fonction ajoute une nouvelle variable
-#' `code_prelevement_analyse` au dataframe en utilisant une séquence
-#' PostgreSQL dynamique. La séquence est construite en fonction du
-#' paramètre `version` fourni.
-#'
-#' @param dataframe Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-#' la variable `code_prelevement_analyse`.
-#' @param version Une chaîne de caractères représentant la version de la
-#' séquence à utiliser.
-#'
-#' @return Un dataframe avec une nouvelle colonne `code_prelevement_analyse`
-#' contenant les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-#'
-#' @importFrom DBI dbGetQuery dbDisconnect
-#' @importFrom dplyr mutate
-#' @importFrom glue glue
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-#' @export
-#' @examples
-#' # Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-#' dataframe <- data.frame(
-#' id_prelevement = 1:5,
-#' autre_colonne = sample(letters, 5)
-#' )
-#' # Définir une version pour l'exemple
-#' version <- "v1"
-#'
-#' # Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-#' dataframe <- add_code_prelevement_analyse(
-#' dataframe, version)
-#'
-add_code_prelevement_analyse <- function(dataframe, version) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Créer la séquence correspondant à la table
- create_sequence <- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;")
-
- # Exécuter le script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, create_sequence)
-
- # Construire le nom de la séquence
- sequence_name <- glue::glue("nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq")
-
- # Initialiser une liste pour stocker les valeurs de la séquence
- code_prelevements_analyses <- c()
-
- # Pour chaque ligne du dataframe, obtenir une valeur de la séquence
- for (i in 1:nrow(dataframe)) {
- query <- glue::glue("SELECT nextval(\'{sequence_name}\') AS code_prelevement_analyse")
- result <- DBI::dbGetQuery(connexion, query)
- code_prelevements_analyses <- c(code_prelevements_analyses, result$code_prelevement_analyse)
- }
-
- # Ajouter la nouvelle variable au dataframe
- dataframe <- dataframe |>
- dplyr::mutate(code_prelevement_analyse = code_prelevements_analyses)
-
- # Fermer la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(dataframe)
-}
-
diff --git a/R/create_nitrate_analyse_table.R b/R/create_nitrate_analyse_table.R
deleted file mode 100644
index 38edd7cc3a712d2b3b221ebbe98d11b91861c29e..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/R/create_nitrate_analyse_table.R
+++ /dev/null
@@ -1,93 +0,0 @@
-# WARNING - Generated by {fusen} from dev/flat_create_tables_sequences.Rmd: do not edit by hand # nolint: line_length_linter.
-
-#' Créer une table d'analyses de nitrates
-#'
-#' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-#' pour stocker les informations relatives aux analyses de nitrates, incluant
-#' les contraintes et les séquences nécessaires.
-#'
-#' @param version String. Version de la table (par exemple, 'v1').
-#' @param last_year Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.
-#'
-#' @return String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-#' @export
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-create_nitrate_analyse_table <- function(version, last_year) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Génération de la date du jour
- date_now <- format(Sys.Date(), "%d/%m/%Y")
-
- # Création du script avec l'ajout des paramètres
- sql_script <- glue::glue("
- CREATE TABLE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_analyse_{version}
- (
- code_analyse serial NOT NULL,
- code_intervenant character varying(20),
- code_prelevement integer,
- code_parametre bigint,
- code_fraction_analysee integer,
- date_analyse date,
- resultat_analyse double precision,
- code_remarque integer,
- limite_detection double precision,
- limite_quantification double precision,
- CONSTRAINT pk_nitrate_analyse_{version} PRIMARY KEY (code_analyse),
- CONSTRAINT fk_n_fraction_analysee FOREIGN KEY (code_fraction_analysee)
- REFERENCES sandre.n_fraction_analysee (code_fraction_analysee) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- -- CONSTRAINT fk_n_intervenant FOREIGN KEY (code_intervenant)
- -- REFERENCES qualite_cours_d_eau.n_intervenant (code_intervenant) MATCH SIMPLE
- -- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_n_remarque FOREIGN KEY (code_remarque)
- REFERENCES sandre.n_remarque (code_remarque) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE NO ACTION ON DELETE NO ACTION,
- CONSTRAINT fk_parametre FOREIGN KEY (code_parametre)
- REFERENCES qualite_cours_d_eau.parametre (code_parametre) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT
- )
- WITH (
- OIDS=FALSE
- );
-
- ALTER TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version}
- OWNER TO adminpsql;
-
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version} TO adminpsql;
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version} TO writer_production;
- GRANT SELECT ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version} TO reader_production;
-
- COMMENT ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version}
- IS 'Table des analyses 2007-{last_year} (version {version} du {date_now})';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_analyse IS 'Identifiant de l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_intervenant IS 'Identifiant du laboratoire ayant effectu\u00e9 l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_prelevement IS 'Identifiant du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_parametre IS 'Identifiant du param\u00e8tre analys\u00e9';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_fraction_analysee IS 'Identifiant de la fraction analys\u00e9e';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.date_analyse IS 'Date de l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.resultat_analyse IS 'R\u00e9sultat de l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_remarque IS 'Code validant la donn\u00e9e';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.limite_detection IS 'Limite de d\u00e9tection';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.limite_quantification IS 'Limite de quantification';
-
- CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq
- INCREMENT 1
- START 1
- MINVALUE 1
- MAXVALUE 2147483647
- CACHE 1;
-
- ALTER SEQUENCE nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq
- OWNER TO adminpsql;
- ")
-
- # Exécution du script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, sql_script)
-
- # Fermeture de la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(sql_script)
-}
-
diff --git a/R/create_nitrate_prelevement_table.R b/R/create_nitrate_prelevement_table.R
deleted file mode 100644
index 0885610015c0dbe011fde6122511f065170cbe2a..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/R/create_nitrate_prelevement_table.R
+++ /dev/null
@@ -1,87 +0,0 @@
-# WARNING - Generated by {fusen} from dev/flat_create_tables_sequences.Rmd: do not edit by hand # nolint: line_length_linter.
-
-#' Créer une table de prélèvements de nitrates
-#'
-#' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-#' pour stocker les informations relatives aux prélèvements de nitrates,
-#' incluant les contraintes et les séquences nécessaires.
-#'
-#' @param version String. Version de la table (par exemple, 'v1').
-#' @param last_year Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.
-#'
-#' @return String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-#' @export
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-create_nitrate_prelevement_table <- function(version, last_year) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Génération de la date du jour
- date_now <- format(Sys.Date(), "%d/%m/%Y")
-
- # Création du script avec l'ajout des paramètres
- sql_script <- glue::glue("
- CREATE TABLE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_{version}
- (
- code_prelevement serial NOT NULL,
- code_intervenant character varying(20),
- source character varying(10),
- code_reseau character varying(254),
- code_station character varying(10),
- date_prelevement date,
- heure_prelevement character varying(8),
- code_support int,
- nature_eau character varying(3),
- id_usage character varying(3),
- id_prelevement_motif character varying(2),
- commentaire character varying(254),
- CONSTRAINT pk_nitrate_prelevement_{version} PRIMARY KEY (code_prelevement),
- CONSTRAINT fk_n_support FOREIGN KEY (code_support)
- REFERENCES sandre.n_support (code_support) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT
- )
- WITH (
- OIDS=FALSE
- );
-
- ALTER TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version}
- OWNER TO adminpsql;
-
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version} TO adminpsql;
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version} TO writer_production;
- GRANT SELECT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version} TO reader_production;
-
- COMMENT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version}
- IS 'Table des pr\u00e9l\u00e8vements 2007-{last_year} (version {version} du {date_now})';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_prelevement IS 'Identifiant du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_intervenant IS 'Identifiant de l''intervenant';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.source IS 'Source de la donn\u00e9e';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_reseau IS 'Identifiant du r\u00e9seau';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_station IS 'Identifiant de la station';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.date_prelevement IS 'Date du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.heure_prelevement IS 'Heure du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_support IS 'Code du support de pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.nature_eau IS 'Nature de l''eau du pr\u00e9l\u00e8vement (ESO/ESU)';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_usage IS 'Code de l''usage du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_prelevement_motif IS 'Code du motif du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.commentaire IS 'Commentaire';
-
- CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq
- INCREMENT 1
- START 1
- MINVALUE 1
- MAXVALUE 2147483647
- CACHE 1;
-
- ALTER SEQUENCE nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq
- OWNER TO adminpsql;
- ")
-
- # Exécution du script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, sql_script)
-
- # Fermeture de la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(sql_script)
-}
diff --git a/R/create_table_nitrate_prelevement_analyse.R b/R/create_table_nitrate_prelevement_analyse.R
deleted file mode 100644
index c0a1e3a04b7758477bab75838445eec790f6b659..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/R/create_table_nitrate_prelevement_analyse.R
+++ /dev/null
@@ -1,108 +0,0 @@
-# WARNING - Generated by {fusen} from dev/flat_create_table_sequence.Rmd: do not edit by hand # nolint: line_length_linter.
-
-#' Créer une table de prélèvements et analyses de nitrates
-#'
-#' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-#' pour stocker les informations relatives aux prélèvements et analyses de
-#' nitrates, incluant les contraintes et les séquences nécessaires.
-#'
-#' @param version String. Version de la table (par exemple, 'v1').
-#' @param last_year Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.
-#'
-#' @return String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-#' @export
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-create_table_nitrate_prelevement_analyse <- function(version, last_year) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Génération de la date du jour
- date_now <- format(Sys.Date(), "%d/%m/%Y")
-
- # Liste des requêtes SQL
- sql_commands <- c(
- glue::glue("CREATE TABLE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} (
- code_prelevement_analyse serial NOT NULL,
- code_intervenant character varying(20),
- source character varying(10),
- code_reseau character varying(254),
- code_station character varying(10),
- date_prelevement date,
- heure_prelevement character varying(8),
- code_support integer,
- nature_eau character varying(3),
- id_usage character varying(3),
- id_prelevement_motif character varying(2),
- commentaire character varying(254),
- code_parametre bigint,
- code_fraction_analysee integer,
- date_analyse date,
- resultat_analyse double precision,
- code_remarque integer,
- limite_detection double precision,
- limite_quantification double precision,
- CONSTRAINT pk_nitrate_prelevement_analyse_{version} PRIMARY KEY (code_prelevement_analyse),
- CONSTRAINT fk_n_support FOREIGN KEY (code_support)
- REFERENCES sandre.n_support (code_support) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_parametre FOREIGN KEY (code_parametre)
- REFERENCES qualite_cours_d_eau.parametre (code_parametre) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_n_fraction_analysee FOREIGN KEY (code_fraction_analysee)
- REFERENCES sandre.n_fraction_analysee (code_fraction_analysee) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_n_remarque FOREIGN KEY (code_remarque)
- REFERENCES sandre.n_remarque (code_remarque) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE NO ACTION ON DELETE NO ACTION
- ) WITH (OIDS=FALSE);"),
-
- glue::glue("ALTER TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} OWNER TO adminpsql;"),
-
- glue::glue("GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} TO adminpsql;"),
- glue::glue("GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} TO writer_production;"),
- glue::glue("GRANT SELECT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} TO reader_production;"),
-
- glue::glue("COMMENT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} IS
- 'Table des prélèvements et analyses 2007-{last_year} (version {version} du {date_now})';"),
-
- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;"),
-
- glue::glue("ALTER SEQUENCE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq
- OWNER TO adminpsql;")
- )
-
- # Ajout des commentaires sur chaque champ
- comments_sql <- c(
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_prelevement_analyse IS 'Identifiant du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_intervenant IS 'Identifiant de l''intervenant';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.source IS 'Source de la donnée';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_reseau IS 'Identifiant du réseau';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_station IS 'Identifiant de la station';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.date_prelevement IS 'Date du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.heure_prelevement IS 'Heure du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_support IS 'Code du support de prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.nature_eau IS 'Nature de l''eau du prélèvement (ESO/ESU)';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.id_usage IS 'Code de l''usage du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.id_prelevement_motif IS 'Code du motif du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.commentaire IS 'Commentaire';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_parametre IS 'Identifiant du paramètre analysé';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_fraction_analysee IS 'Identifiant de la fraction analysée';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.date_analyse IS 'Date de l''analyse';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.resultat_analyse IS 'Résultat de l''analyse';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_remarque IS 'Code validant la donnée';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.limite_detection IS 'Limite de détection';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.limite_quantification IS 'Limite de quantification';")
- )
-
- # Exécuter chaque commande SQL
- for (sql in c(sql_commands, comments_sql)) {
- DBI::dbExecute(connexion, sql)
- }
-
- # Fermeture de la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- # Retourne toutes les commandes exécutées
- return(c(sql_commands, comments_sql))
-}
diff --git a/dev/flat_create_table_sequence.Rmd b/dev/flat_create_table_sequence.Rmd
deleted file mode 100644
index 4515c0159e2195926274001754494c026a4ee90b..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_create_table_sequence.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,259 +0,0 @@
----
-title: "Cr\u00e9ation des tables et des s\u00e9quences"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(datalibaba)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder aux valeurs pour version et last_year
-version <- config$version
-last_year <- config$last_year
-```
-
-# Présentation
-
-Cette page contient les fonctions permettant :
-- de créer en base la table `nitrates.nitrate_prelevement_analyse_version`,
-- d'incrémenter la séquence correspondante au moment de l'import des données.
-
-# Création de la table en base
-
-## Création de la table des prélèvements et analyses et ajout des commentaires
-
-```{r function-create_table_nitrate_prelevement_analyse, eval=FALSE}
-#' Créer une table de prélèvements et analyses de nitrates
-#'
-#' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-#' pour stocker les informations relatives aux prélèvements et analyses de
-#' nitrates, incluant les contraintes et les séquences nécessaires.
-#'
-#' @param version String. Version de la table (par exemple, 'v1').
-#' @param last_year Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.
-#'
-#' @return String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-#' @export
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-create_table_nitrate_prelevement_analyse <- function(version, last_year) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Génération de la date du jour
- date_now <- format(Sys.Date(), "%d/%m/%Y")
-
- # Liste des requêtes SQL
- sql_commands <- c(
- glue::glue("CREATE TABLE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} (
- code_prelevement_analyse serial NOT NULL,
- code_intervenant character varying(20),
- source character varying(10),
- code_reseau character varying(254),
- code_station character varying(10),
- date_prelevement date,
- heure_prelevement character varying(8),
- code_support integer,
- nature_eau character varying(3),
- id_usage character varying(3),
- id_prelevement_motif character varying(2),
- commentaire character varying(254),
- code_parametre bigint,
- code_fraction_analysee integer,
- date_analyse date,
- resultat_analyse double precision,
- code_remarque integer,
- limite_detection double precision,
- limite_quantification double precision,
- CONSTRAINT pk_nitrate_prelevement_analyse_{version} PRIMARY KEY (code_prelevement_analyse),
- CONSTRAINT fk_n_support FOREIGN KEY (code_support)
- REFERENCES sandre.n_support (code_support) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_parametre FOREIGN KEY (code_parametre)
- REFERENCES qualite_cours_d_eau.parametre (code_parametre) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_n_fraction_analysee FOREIGN KEY (code_fraction_analysee)
- REFERENCES sandre.n_fraction_analysee (code_fraction_analysee) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_n_remarque FOREIGN KEY (code_remarque)
- REFERENCES sandre.n_remarque (code_remarque) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE NO ACTION ON DELETE NO ACTION
- ) WITH (OIDS=FALSE);"),
-
- glue::glue("ALTER TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} OWNER TO adminpsql;"),
-
- glue::glue("GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} TO adminpsql;"),
- glue::glue("GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} TO writer_production;"),
- glue::glue("GRANT SELECT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} TO reader_production;"),
-
- glue::glue("COMMENT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version} IS
- 'Table des prélèvements et analyses 2007-{last_year} (version {version} du {date_now})';"),
-
- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;"),
-
- glue::glue("ALTER SEQUENCE nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq
- OWNER TO adminpsql;")
- )
-
- # Ajout des commentaires sur chaque champ
- comments_sql <- c(
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_prelevement_analyse IS 'Identifiant du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_intervenant IS 'Identifiant de l''intervenant';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.source IS 'Source de la donnée';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_reseau IS 'Identifiant du réseau';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_station IS 'Identifiant de la station';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.date_prelevement IS 'Date du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.heure_prelevement IS 'Heure du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_support IS 'Code du support de prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.nature_eau IS 'Nature de l''eau du prélèvement (ESO/ESU)';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.id_usage IS 'Code de l''usage du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.id_prelevement_motif IS 'Code du motif du prélèvement';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.commentaire IS 'Commentaire';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_parametre IS 'Identifiant du paramètre analysé';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_fraction_analysee IS 'Identifiant de la fraction analysée';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.date_analyse IS 'Date de l''analyse';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.resultat_analyse IS 'Résultat de l''analyse';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.code_remarque IS 'Code validant la donnée';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.limite_detection IS 'Limite de détection';"),
- glue::glue("COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}.limite_quantification IS 'Limite de quantification';")
- )
-
- # Exécuter chaque commande SQL
- for (sql in c(sql_commands, comments_sql)) {
- DBI::dbExecute(connexion, sql)
- }
-
- # Fermeture de la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- # Retourne toutes les commandes exécutées
- return(c(sql_commands, comments_sql))
-}
-```
-
-Création de la table `nitrates.nitrate_prelevement_version` :
-```{r create_create_table_nitrate_prelevement_analyse, eval=FALSE}
-# Création du script SQL avec la version choisie
-sql <- create_table_nitrate_prelevement_analyse(version, last_year)
-```
-
-# Incrémentation de la séquence
-
-## Incrémentation de la table des prélèvements et des analyses
-
-```{r function-add_code_prelevement_analyse, eval=FALSE}
-#' Ajouter une variable code_prelevement_analyse au dataframe
-#'
-#' @description Cette fonction ajoute une nouvelle variable
-#' `code_prelevement_analyse` au dataframe en utilisant une séquence
-#' PostgreSQL dynamique. La séquence est construite en fonction du
-#' paramètre `version` fourni.
-#'
-#' @param dataframe Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-#' la variable `code_prelevement_analyse`.
-#' @param version Une chaîne de caractères représentant la version de la
-#' séquence à utiliser.
-#'
-#' @return Un dataframe avec une nouvelle colonne `code_prelevement_analyse`
-#' contenant les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-#'
-#' @importFrom DBI dbGetQuery dbDisconnect
-#' @importFrom dplyr mutate
-#' @importFrom glue glue
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-#' @export
-add_code_prelevement_analyse <- function(dataframe, version) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Créer la séquence correspondant à la table
- create_sequence <- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;")
-
- # Exécuter le script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, create_sequence)
-
- # Construire le nom de la séquence
- sequence_name <- glue::glue("nitrates.nitrate_prelevement_analyse_{version}_code_prelevement_analyse_seq")
-
- # Initialiser une liste pour stocker les valeurs de la séquence
- code_prelevements_analyses <- c()
-
- # Pour chaque ligne du dataframe, obtenir une valeur de la séquence
- for (i in 1:nrow(dataframe)) {
- query <- glue::glue("SELECT nextval(\'{sequence_name}\') AS code_prelevement_analyse")
- result <- DBI::dbGetQuery(connexion, query)
- code_prelevements_analyses <- c(code_prelevements_analyses, result$code_prelevement_analyse)
- }
-
- # Ajouter la nouvelle variable au dataframe
- dataframe <- dataframe |>
- dplyr::mutate(code_prelevement_analyse = code_prelevements_analyses)
-
- # Fermer la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(dataframe)
-}
-
-```
-
-La fonction est utilisée au moment d'importer les données des différentes
-sources dans la table `nitrates.nitrate_prelevement_analyse_version` :
-```{r example_add_code_prelevement_analyse, eval=FALSE}
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_prelevement_analyse(
- dataframe, version)
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer de l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Cr\u00e9ation de la table et de la s\u00e9quence",
- template_dir = "creation-de-la-table-et-de-la-sequence",
- template_description = "Cr\u00e9ation de la table et de la s\u00e9quence",
- template_create_dir = TRUE
-)
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_create_tables_sequences.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/creation-de-la-table-et-de-la-sequence/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_create_table_sequence.Rmd", vignette_name = "creation-de-la-table-et-de-la-sequence")
-```
diff --git a/dev/flat_create_tables_sequences.Rmd b/dev/flat_create_tables_sequences.Rmd
deleted file mode 100644
index 92b94a3bbcb51070cc434af8c0fba3797f087751..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_create_tables_sequences.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,416 +0,0 @@
----
-title: "Cr\u00e9ation des tables et des s\u00e9quences"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(datalibaba)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder aux valeurs pour version et last_year
-version <- config$version
-last_year <- config$last_year
-```
-
-# Présentation
-
-Cette page contient les fonctions permettant :
-- de créer en base les tables `nitrates.nitrate_prelevement_version` et `nitrates.nitrate_analyse_version`,
-- d'incrémenter les séquences correspondantes au moment de l'import des données.
-
-# Création des tables en base
-
-## Création de la table des prélèvements et ajout des commentaires
-
-```{r function-create_nitrate_prelevement_table, eval=FALSE}
-#' Créer une table de prélèvements de nitrates
-#'
-#' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-#' pour stocker les informations relatives aux prélèvements de nitrates,
-#' incluant les contraintes et les séquences nécessaires.
-#'
-#' @param version String. Version de la table (par exemple, 'v1').
-#' @param last_year Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.
-#'
-#' @return String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-#' @export
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-create_nitrate_prelevement_table <- function(version, last_year) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Génération de la date du jour
- date_now <- format(Sys.Date(), "%d/%m/%Y")
-
- # Création du script avec l'ajout des paramètres
- sql_script <- glue::glue("
- CREATE TABLE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_{version}
- (
- code_prelevement serial NOT NULL,
- code_intervenant character varying(20),
- source character varying(10),
- code_reseau character varying(254),
- code_station character varying(10),
- date_prelevement date,
- heure_prelevement character varying(8),
- code_support int,
- nature_eau character varying(3),
- id_usage character varying(3),
- id_prelevement_motif character varying(2),
- commentaire character varying(254),
- CONSTRAINT pk_nitrate_prelevement_{version} PRIMARY KEY (code_prelevement),
- CONSTRAINT fk_n_support FOREIGN KEY (code_support)
- REFERENCES sandre.n_support (code_support) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT
- )
- WITH (
- OIDS=FALSE
- );
-
- ALTER TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version}
- OWNER TO adminpsql;
-
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version} TO adminpsql;
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version} TO writer_production;
- GRANT SELECT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version} TO reader_production;
-
- COMMENT ON TABLE nitrates.nitrate_prelevement_{version}
- IS 'Table des pr\u00e9l\u00e8vements 2007-{last_year} (version {version} du {date_now})';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_prelevement IS 'Identifiant du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_intervenant IS 'Identifiant de l''intervenant';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.source IS 'Source de la donn\u00e9e';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_reseau IS 'Identifiant du r\u00e9seau';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_station IS 'Identifiant de la station';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.date_prelevement IS 'Date du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.heure_prelevement IS 'Heure du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.code_support IS 'Code du support de pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.nature_eau IS 'Nature de l''eau du pr\u00e9l\u00e8vement (ESO/ESU)';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_usage IS 'Code de l''usage du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.id_prelevement_motif IS 'Code du motif du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_prelevement_{version}.commentaire IS 'Commentaire';
-
- CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq
- INCREMENT 1
- START 1
- MINVALUE 1
- MAXVALUE 2147483647
- CACHE 1;
-
- ALTER SEQUENCE nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq
- OWNER TO adminpsql;
- ")
-
- # Exécution du script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, sql_script)
-
- # Fermeture de la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(sql_script)
-}
-```
-
-Création de la table `nitrates.nitrate_prelevement_version` :
-```{r create_nitrate_prelevement_table_version, eval=FALSE}
-# Création du script SQL avec la version choisie
-sql <- create_nitrate_prelevement_table(version, last_year)
-```
-
-## Création de la table des analyses et ajout des commentaires
-
-```{r function-create_nitrate_analyse_table, eval=FALSE}
-#' Créer une table d'analyses de nitrates
-#'
-#' @description Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-#' pour stocker les informations relatives aux analyses de nitrates, incluant
-#' les contraintes et les séquences nécessaires.
-#'
-#' @param version String. Version de la table (par exemple, 'v1').
-#' @param last_year Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.
-#'
-#' @return String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-#' @export
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-create_nitrate_analyse_table <- function(version, last_year) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Génération de la date du jour
- date_now <- format(Sys.Date(), "%d/%m/%Y")
-
- # Création du script avec l'ajout des paramètres
- sql_script <- glue::glue("
- CREATE TABLE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_analyse_{version}
- (
- code_analyse serial NOT NULL,
- code_intervenant character varying(20),
- code_prelevement integer,
- code_parametre bigint,
- code_fraction_analysee integer,
- date_analyse date,
- resultat_analyse double precision,
- code_remarque integer,
- limite_detection double precision,
- limite_quantification double precision,
- CONSTRAINT pk_nitrate_analyse_{version} PRIMARY KEY (code_analyse),
- CONSTRAINT fk_n_fraction_analysee FOREIGN KEY (code_fraction_analysee)
- REFERENCES sandre.n_fraction_analysee (code_fraction_analysee) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- -- CONSTRAINT fk_n_intervenant FOREIGN KEY (code_intervenant)
- -- REFERENCES qualite_cours_d_eau.n_intervenant (code_intervenant) MATCH SIMPLE
- -- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT,
- CONSTRAINT fk_n_remarque FOREIGN KEY (code_remarque)
- REFERENCES sandre.n_remarque (code_remarque) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE NO ACTION ON DELETE NO ACTION,
- CONSTRAINT fk_parametre FOREIGN KEY (code_parametre)
- REFERENCES qualite_cours_d_eau.parametre (code_parametre) MATCH SIMPLE
- ON UPDATE CASCADE ON DELETE SET DEFAULT
- )
- WITH (
- OIDS=FALSE
- );
-
- ALTER TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version}
- OWNER TO adminpsql;
-
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version} TO adminpsql;
- GRANT ALL ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version} TO writer_production;
- GRANT SELECT ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version} TO reader_production;
-
- COMMENT ON TABLE nitrates.nitrate_analyse_{version}
- IS 'Table des analyses 2007-{last_year} (version {version} du {date_now})';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_analyse IS 'Identifiant de l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_intervenant IS 'Identifiant du laboratoire ayant effectu\u00e9 l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_prelevement IS 'Identifiant du pr\u00e9l\u00e8vement';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_parametre IS 'Identifiant du param\u00e8tre analys\u00e9';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_fraction_analysee IS 'Identifiant de la fraction analys\u00e9e';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.date_analyse IS 'Date de l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.resultat_analyse IS 'R\u00e9sultat de l''analyse';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.code_remarque IS 'Code validant la donn\u00e9e';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.limite_detection IS 'Limite de d\u00e9tection';
- COMMENT ON COLUMN nitrates.nitrate_analyse_{version}.limite_quantification IS 'Limite de quantification';
-
- CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq
- INCREMENT 1
- START 1
- MINVALUE 1
- MAXVALUE 2147483647
- CACHE 1;
-
- ALTER SEQUENCE nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq
- OWNER TO adminpsql;
- ")
-
- # Exécution du script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, sql_script)
-
- # Fermeture de la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(sql_script)
-}
-
-```
-
-Création de la table `nitrates.nitrate_analyse_version` :
-```{r create_nitrate_analyse_table, eval=FALSE}
-# Création du script SQL avec la version choisie
-sql <- create_nitrate_analyse_table(version, last_year)
-
-```
-
-# Incrémentation des séquences
-
-## Incrémentation de la table des prélèvements
-
-```{r function-add_code_prelevement, eval=FALSE}
-#' Ajouter une variable code_prelevement au dataframe
-#'
-#' @description Cette fonction ajoute une nouvelle variable `code_prelevement`
-#' au dataframe en utilisant une séquence PostgreSQL dynamique. La séquence est
-#' construite en fonction du paramètre `version` fourni.
-#'
-#' @param dataframe Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-#' la variable `code_prelevement`.
-#' @param version Une chaîne de caractères représentant la version de la
-#' séquence à utiliser.
-#'
-#' @return Un dataframe avec une nouvelle colonne `code_prelevement` contenant
-#' les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-#'
-#' @importFrom DBI dbGetQuery dbDisconnect
-#' @importFrom dplyr mutate
-#' @importFrom glue glue
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-#' @export
-add_code_prelevement <- function(dataframe, version) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Créer la séquence correspondant à la table
- create_sequence <- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;")
-
- # Exécuter le script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, create_sequence)
-
- # Construire le nom de la séquence
- sequence_name <- glue::glue("nitrates.nitrate_prelevement_{version}_code_prelevement_seq")
-
- # Initialiser une liste pour stocker les valeurs de la séquence
- code_prelevements <- c()
-
- # Pour chaque ligne du dataframe, obtenir une valeur de la séquence
- for (i in 1:nrow(dataframe)) {
- query <- glue::glue("SELECT nextval(\'{sequence_name}\') AS code_prelevement")
- result <- DBI::dbGetQuery(connexion, query)
- code_prelevements <- c(code_prelevements, result$code_prelevement)
- }
-
- # Ajouter la nouvelle variable au dataframe
- dataframe <- dataframe |>
- dplyr::mutate(code_prelevement = code_prelevements)
-
- # Fermer la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(dataframe)
-}
-
-```
-
-La fonction est utilisée au moment d'importer les données des différentes
-sources dans la table `nitrates.nitrate_prelevement_version` :
-```{r example_add_code_prelevement, eval=FALSE}
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_prelevement(
- dataframe, version)
-
-```
-
-## Incrémentation de la table des analyses
-
-```{r function-add_code_analyse, eval=FALSE}
-#' Ajouter une variable code_analyse au dataframe
-#'
-#' @description Cette fonction ajoute une nouvelle variable `code_analyse`
-#' au dataframe en utilisant une séquence PostgreSQL dynamique. La séquence est
-#' construite en fonction du paramètre `version` fourni.
-#'
-#' @param dataframe Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-#' la variable `code_analyse`.
-#' @param version Une chaîne de caractères représentant la version de la
-#' séquence à utiliser.
-#'
-#' @return Un dataframe avec une nouvelle colonne `code_analyse` contenant
-#' les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-#'
-#' @importFrom DBI dbGetQuery dbDisconnect
-#' @importFrom dplyr mutate
-#' @importFrom glue glue
-#' @importFrom datalibaba connect_to_db
-#' @export
-add_code_analyse <- function(dataframe, version) {
- # Établir une connexion à la base de données PostgreSQL
- connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
-
- # Créer la séquence correspondant à la table
- create_sequence <- glue::glue("CREATE SEQUENCE IF NOT EXISTS nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq
- INCREMENT 1 START 1 MINVALUE 1 MAXVALUE 2147483647 CACHE 1;")
-
- # Exécuter le script dans la base de données
- DBI::dbExecute(connexion, create_sequence)
-
- # Construire le nom de la séquence
- sequence_name <- glue::glue("nitrates.nitrate_analyse_{version}_code_analyse_seq")
-
- # Initialiser une liste pour stocker les valeurs de la séquence
- code_analyses <- c()
-
- # Pour chaque ligne du dataframe, obtenir une valeur de la séquence
- for (i in 1:nrow(dataframe)) {
- query <- glue::glue("SELECT nextval(\'{sequence_name}\') AS code_analyse")
- result <- DBI::dbGetQuery(connexion, query)
- code_analyses <- c(code_analyses, result$code_analyse)
- }
-
- # Ajouter la nouvelle variable au dataframe
- dataframe <- dataframe |>
- dplyr::mutate(code_analyse = code_analyses)
-
- # Fermer la connexion à la base de données
- DBI::dbDisconnect(connexion)
-
- return(dataframe)
-}
-
-```
-
-La fonction est utilisée au moment d'importer les données des différentes
-sources dans la table `nitrates.nitrate_analyse_version` :
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r example_add_code_analyse, eval=FALSE}
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_analyse(
- dataframe, version)
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer de l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Cr\u00e9ation des tables et des s\u00e9quences",
- template_dir = "creation-des-tables-et-des-sequences",
- template_description = "Cr\u00e9ation des tables et des s\u00e9quences",
- template_create_dir = TRUE
-)
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_create_tables_sequences.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/creation-des-tables-et-des-sequences/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_create_tables_sequences.Rmd", vignette_name = "Cr\u00e9ation des tables et des s\u00e9quences")
-```
diff --git a/dev/flat_insert_ars_into_analyse.Rmd b/dev/flat_insert_ars_into_analyse.Rmd
deleted file mode 100644
index 82f341425596057a3665d0c58b20c0d87f867f28..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_insert_ars_into_analyse.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,257 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des analyses ARS"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(datalibaba)
-library(dplyr)
-library(stringr)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(RPostgres)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des données de l'ARS dans la table des analyses
-
-## Chargement des données ARS brutes
-
-La table des données brutes Nitrates de l'ARS est chargée :
-```{r load-nitrate_data_analyse_ars, eval=FALSE}
-# Charger la table nitrates.nitrate_data_analyse_ars
-nitrate_data_analyse_ars <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_data_analyse_ars",
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-## Consolidation des données ARS
-
-On supprime les enregistrements correspondants à des totaux :
-```{r filter-param_nom_ars, eval=FALSE}
-# Supprimer les lignes ne correspondant pas à une analyse
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::filter(!stringr::str_starts(param_nom, "Total"))
-
-```
-
-On remplace les chaînes de caractère par NA dans la variable `ana_param_alpha_resultat` :
-```{r replace-strings-with-na, eval=FALSE}
-# Remplacer chaînes de caractère dans la colonne ana_param_alpha_resultat
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- ana_param_alpha_resultat = dplyr::case_when(
- ana_param_alpha_resultat %in% c("TRACES", "PRESENCE", "SEUIL", "ILLISIBL", "N.M.", "O", "?", ",", " ") ~ NA_character_,
- TRUE ~ ana_param_alpha_resultat
- )
- )
-
-```
-
-On remplace des valeurs dans ana_param_alpha_resultat et param_code:
-```{r replace-dot_ana_param_alpha_resultat, eval=FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes ana_param_alpha_resultat et param_code
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- ana_param_alpha_resultat = stringr::str_replace(ana_param_alpha_resultat, "\\,", "."),
- param_code = stringr::str_replace(param_code, "NO3", "1340")
- )
-
-```
-
-On affecte le code_remarque et la valeur des variables resultat_analyse et limite_quantification :
-```{r mutate-from_ana_param_alpha_resultat, eval=FALSE}
-# Ajouter les colonnes code_remarque, resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- # Ajout de la colonne code_remarque selon la condition spécifiée
- code_remarque = dplyr::case_when(
- stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ 10,
- TRUE ~ 1
- ),
- # Renommage conditionnel des colonnes
- resultat_analyse = dplyr::case_when(
- stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ as.character(ana_param_valeur_traduite),
- TRUE ~ ana_param_alpha_resultat
- ),
- limite_quantification = dplyr::case_when(
- stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ ana_param_alpha_resultat,
- TRUE ~ NA_character_ # Utilisation de NA pour les valeurs non pertinentes
- )
- )
-
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-ars, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_station = ins_code_national,
- code_intervenant = geo_dept_ddass_gest_code,
- date_prelevement = plv_date,
- nom_parametre = param_nom,
- date_analyse = anl_date_fin_analyse,
- resultat_analyse,
- code_parametre = param_code,
- code_remarque,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On supprime les caractères < et > dans les variables resultat_analyse et limite_quantification :
-```{r replace-inferior_superior, eval=FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse =
- stringr::str_replace(resultat_analyse, ">", ""),
- limite_quantification =
- stringr::str_replace(limite_quantification, "<", ""))
-
-```
-
-On modifie le type des variables resultat_analyse et limite_quantification :
-```{r change-fieldtypes, eval=FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat_analyse),
- limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
- code_parametre = as.integer(code_parametre))
-
-```
-
-## Jointure avec la table des prélèvements créée auparavant
-
-La table des prélèvements est chargée :
-```{r load-nitrate_prelevement, eval=FALSE}
-# Charger la table nitrates.nitrate_prelevement_version
-nitrate_prelevement <- datalibaba::importer_data(
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-```{r select-distinct-rows-ars, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On joint le dataframe des prélèvements pour récupérer la variable code_prelevement :
-```{r join-prelvement_ars, eval=FALSE}
-# Joindre les dataframes nitrate_analyse_ars et nitrate_prelevement
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::left_join(nitrate_prelevement |>
- dplyr::select(code_station, date_prelevement, code_prelevement),
- by = c("code_station" = "code_station", "date_prelevement" = "date_prelevement"))
-
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_analyse_ars, eval=FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_analyse_ars avec la version souhaitée
-nitrate_analyse_ars <- add_code_analyse(
- nitrate_analyse_ars, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_analyse_ars)
-
-```
-
-## Préparation pour l'insertion en base
-
-On corrige l'ordre des champs les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-ars-final, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables dans l'ordre des champs de la table à alimenter
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_analyse,
- code_intervenant,
- code_prelevement,
- code_parametre,
- code_station,
- date_analyse,
- resultat_analyse,
- code_remarque,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-```{r insert_into_nitrate_prelevement_version, eval=FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_analyse_ars,
- table = glue::glue("nitrate_analyse_ars_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_analyse",
- user = "admin")
-```
-
-## Insertion des analyses ARS en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_ars, eval=FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_analyse_ars_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_analyse_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer initialement l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Insertion des analyses ARS",
- template_dir = "insertion-des-analyses-ars",
- template_description = "Insertion des analyses ARS",
- template_create_dir = TRUE
-)
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_insert_ars_into_analyse.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/insertion-des-analyses-ars/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_ars_into_analyse.Rmd", vignette_name = "Insertion des analyses ARS")
-```
-
diff --git a/dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd b/dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd
deleted file mode 100644
index 8136fdbc6def6f4f7da124cd0560fc056a26f68f..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,188 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements ARS"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(datalibaba)
-library(dplyr)
-library(stringr)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(RPostgres)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des données de l'ARS dans la table des prélèvements
-
-## Chargement des données ARS brutes et des stations ESO
-
-La table des données brutes Nitrates de l'ARS est chargée :
-```{r load-nitrate_data_analyse_ars, eval=FALSE}
-nitrate_data_analyse_ars <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_data_analyse_ars",
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-La table des stations ESO est chargée afin de remplacer ultérieurement le code SISE-EAUX par le code BSS pour les prélèvements ESO :
-```{r load-nitrate_station_eso, eval=FALSE}
-station_eso <- datalibaba::importer_data(
- table = "station_eso",
- schema = "stations",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Consolidation des données ARS
-
-On ajoute les variables `source` et `code_support` :
-```{r add-source_code_support_ars, eval=FALSE}
-# Ajouter les variables source et code_support
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- source = "ARS",
- code_support = 3
- )
-```
-
-On remplace "h" par ":" dans la variable `plv_heure` :
-```{r replace-in_plv_heure, eval=FALSE}
-# Remplacer "h" par ":" dans la colonne plv_heure
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(plv_heure = stringr::str_replace_all(plv_heure, "h", ":"))
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
-```{r select-variables-ars, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_intervenant = geo_dept_ddass_gest_code,
- source,
- code_station = ins_code_national,
- date_prelevement = plv_date,
- heure_prelevement = plv_heure,
- code_support,
- nature_eau,
- id_usage = usage,
- id_prelevement_motif = plv_motif)
-
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-```{r select-distinct-rows-ars, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-```
-
-On met à jour le champs code_station avec le code BSS :
-```{r update_code_bss, eval=FALSE}
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::left_join(station_eso, by = c("code_station" = "code_sise_eaux"), suffix = c("_ars", "_station_eso"))
-
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(code_station = ifelse(!is.na(code_station_station_eso), code_station_station_eso, code_station)) |>
- dplyr::select(-code_station_station_eso, -source_station_eso)
-```
-
-On ne conserve que les champs utiles à la table des prélèvements :
-```{r select-variables-ars_v2, eval=FALSE}
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_intervenant,
- source = source_ars,
- code_station,
- date_prelevement,
- heure_prelevement,
- code_support,
- nature_eau,
- id_usage,
- id_prelevement_motif)
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_prelevement_ars, eval=FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-nitrate_data_analyse_ars <- add_code_prelevement(
- nitrate_data_analyse_ars, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_data_analyse_ars)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_16, eval=FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_data_analyse_ars,
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_ars_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_prelevement",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des données ARS du nouveau millésime en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_ars, eval=FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_prelevement_ars_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer initialement l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements ARS",
- template_dir = "insertion-des-prelevements-ars",
- template_description = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements ARS",
- template_create_dir = TRUE
-)
-
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/insertion-des-prelevements-ars/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd", vignette_name = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements ARS")
-```
-
diff --git a/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd b/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd
deleted file mode 100644
index 155ee67b0d0ca6bb0d76bcc49546e5b802e3a09c..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,227 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des analyses Hubeau ESO"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(datalibaba)
-library(dplyr)
-library(stringr)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(RPostgres)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des analyses Hub'eau ESO dans la table des analyses
-
-## Chargement des analyses Hub'eau ESO
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESO est chargée :
-```{r load-nitrate_qualite_nappes_analyses, eval=FALSE}
-# Charger la table qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_nappes_analyses
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
- schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Filtre par code_producteur pour exclure les données ARS
-
-On sélectionne les code_producteur correspondants aux enregistrements hors
-données ARS de la région :
-```{r select-code_producteur_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Filtrer pour exclure les données ARS
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::filter(!code_producteur %in% c('44','49','53','72','85'))
-```
-
-## Consolidation des données Hub'eau ESO
-
-On remplace des valeurs dans limite_detection et limite_quantification :
-```{r replace-dot_limite_detection, eval=FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::mutate(
- resultat = stringr::str_replace(resultat, "\\,", "."),
- limite_detection = stringr::str_replace(limite_detection, "\\,", "."),
- limite_quantification = stringr::str_replace(limite_quantification, "\\,", ".")
- )
-
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::select(code_station = bss_id,
- code_intervenant = code_lieu_analyse,
- date_prelevement = date_debut_prelevement,
- date_analyse = date_debut_prelevement,
- resultat_analyse = resultat,
- code_parametre = code_param,
- code_fraction_analysee = code_fraction,
- code_remarque = code_remarque_analyse,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On modifie le type des variables numériques :
-```{r change-fieldtypes, eval=FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat_analyse),
- limite_detection = as.numeric(limite_detection),
- limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
- code_parametre = as.integer(code_parametre),
- code_fraction_analysee = as.integer(code_fraction_analysee),
- code_remarque = as.integer(code_remarque)
- )
-
-```
-
-# Jointure avec la table des prélèvements créée auparavant
-
-La table des prélèvements est chargée :
-```{r load-nitrate_prelevement, eval=FALSE}
-# Charger la table nitrates.nitrate_prelevement_version
-nitrate_prelevement <- datalibaba::importer_data(
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-```{r select-distinct-rows_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On joint le dataframe des prélèvements pour récupérer la variable code_prelevement :
-```{r join-prelevement_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Joindre les dataframes nitrate_qualite_nappes_analyses et nitrate_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::left_join(nitrate_prelevement |>
- dplyr::select(code_station, date_prelevement, code_prelevement),
- by = c("code_station" = "code_station", "date_prelevement" = "date_prelevement"))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_prelevement`,
-`code_parametre` et `resultat_analyse` afin de ne conserver qu'une analyse :
-```{r select-distinct-rows_hubeau_eso_2, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::distinct(code_prelevement, code_parametre, resultat_analyse, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_analyse_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- add_code_analyse(
- nitrate_qualite_nappes_analyses, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_nappes_analyses)
-
-```
-
-# Chargement en base
-
-On corrige l'ordre des champs les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-hubeau_eso_final, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables dans l'ordre des champs de la table à alimenter
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::select(code_analyse,
- code_intervenant,
- code_prelevement,
- code_parametre,
- code_fraction_analysee,
- date_analyse,
- resultat_analyse,
- code_remarque,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_xx, eval=FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_nappes_analyses,
- table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_eso_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_analyse",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des données Hub'eau ESO en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_eso_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_analyse_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer initialement l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Insertion des analyses Hubeau ESO",
- template_dir = "insertion-des-analyses-hubeau-eso",
- template_description = "Insertion des analyses Hubeau ESO",
- template_create_dir = TRUE
-)
-
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/insertion-des-analyses-hubeau-eso/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd", vignette_name = "Insertion des analyses Hubeau ESO")
-```
-
diff --git a/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd b/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd
deleted file mode 100644
index 17e7005cd3d1fe1d2b8b94064cadfcfc04445691..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,162 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESO"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(datalibaba)
-library(dplyr)
-library(stringr)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(RPostgres)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des données Hub'eau ESO dans la table des prélèvements
-
-## Chargement des prélèvements Hub'eau ESO
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESO est chargée :
-```{r load-nitrate_qualite_nappes_analyses, eval=FALSE}
-# Charger la table qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
- schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Filtre par code_producteur pour exclure les données ARS
-
-On sélectionne les code_producteur correspondants aux enregistrements hors
-données ARS de la région :
-```{r select-code_producteur_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Filtrer pour exclure les données ARS
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::filter(!code_producteur %in% c('44','49','53','72','85'))
-```
-
-## Consolidation des prélèvements Hub'eau ESO
-
-On ajoute les variables `source`, `code_support` et `nature_eau` :
-```{r add-source_code_support_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Ajouter les variables source, code_support et nature_eau
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::mutate(
- source = "ADES",
- code_support = 3,
- nature_eau = "ESO")
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
-```{r select-variables_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::select(source,
- code_reseau = codes_reseau,
- code_station = bss_id,
- date_prelevement = date_debut_prelevement,
- code_support,
- nature_eau)
-```
-
-On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer :
-```{r change-type_code_support, eval=FALSE}
-# Convertir la variable code_support de character en integer
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::mutate(code_support = as.integer(code_support))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
-`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
-donnée :
-```{r select-distinct-rows_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_prelevement_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- add_code_prelevement(
- nitrate_qualite_nappes_prelevements, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_nappes_prelevements)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_nappes_prelevements,
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_eso_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_prelevement",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des prélèvements Hub'eau ESO en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_eso, eval=FALSE}
-# Insérer les prélèvements Hub'eau ESO vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_eso_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer initialement l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESO",
- template_dir = "insertion-des-prelevements-hubeau-eso",
- template_description = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESO",
- template_create_dir = TRUE
-)
-
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/insertion-des-prelevements-hubeau-eso/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd", vignette_name = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESO")
-```
-
diff --git a/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_analyse.Rmd b/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_analyse.Rmd
deleted file mode 100644
index 73c74292fb0383efebae5fa25aead34f7c3579d6..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_analyse.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,217 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des analyses Hubeau ESU"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(datalibaba)
-library(dplyr)
-library(stringr)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(RPostgres)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des analyses Hub'eau ESU dans la table des analyses
-
-## Chargement des analyses Hub'eau ESU
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESU est chargée :
-```{r load-nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc, eval=FALSE}
-# Charger la table qualite_cours_d_eau.nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
- schema = "qualite_cours_d_eau",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Consolidation des analyses Hub'eau ESU
-
-On remplace des valeurs dans limite_detection et limite_quantification :
-```{r replace-dot_limite_detection, eval=FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::mutate(
- resultat = stringr::str_replace(resultat, "\\,", "."),
- limite_detection = stringr::str_replace(limite_detection, "\\,", "."),
- limite_quantification = stringr::str_replace(limite_quantification, "\\,", ".")
- )
-
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::select(code_station,
- code_intervenant = code_laboratoire,
- date_prelevement,
- date_analyse,
- resultat_analyse = resultat,
- code_parametre,
- code_fraction_analysee = code_fraction,
- code_remarque,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On modifie le type des variables resultat_analyse et limite_quantification :
-```{r change-fieldtypes, eval=FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat_analyse),
- limite_detection = as.numeric(limite_detection),
- limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
- code_parametre = as.integer(code_parametre),
- code_fraction_analysee = as.integer(code_fraction_analysee),
- code_remarque = as.integer(code_remarque)
- )
-
-```
-
-# Jointure avec la table des prélèvements créée auparavant
-
-La table des prélèvements est chargée :
-```{r load-nitrate_prelevement, eval=FALSE}
-# Charger la table nitrates.nitrate_prelevement_version
-nitrate_prelevement <- datalibaba::importer_data(
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-```{r select-distinct-rows_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On joint le dataframe des prélèvements pour récupérer la variable code_prelevement :
-```{r join-prelevement_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Joindre les dataframes nitrate_qualite_rivieres_analyses et nitrate_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::left_join(nitrate_prelevement |>
- dplyr::select(code_station, date_prelevement, code_prelevement),
- by = c("code_station" = "code_station", "date_prelevement" = "date_prelevement"))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_prelevement`,
-`code_parametre` et `resultat_analyse` afin de ne conserver qu'une analyse :
-```{r select-distinct-rows_hubeau_esu_2, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::distinct(code_prelevement, code_parametre, resultat_analyse, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_analyse_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- add_code_analyse(
- nitrate_qualite_rivieres_analyses, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_rivieres_analyses)
-
-```
-
-# Chargement en base
-
-On corrige l'ordre des champs les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-hubeau_esu_final, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables dans l'ordre des champs de la table à alimenter
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::select(code_analyse,
- code_intervenant,
- code_prelevement,
- code_parametre,
- code_fraction_analysee,
- date_analyse,
- resultat_analyse,
- code_remarque,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans une table dédiée :
-```{r insert-into_nitrate_analyse_hubeau_esu_version, eval=FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_rivieres_analyses,
- table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_esu_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_analyse",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des analyses Hub'eau ESU en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_esu_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_analyse_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer de l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Insertion des analyses Hubeau ESU",
- template_dir = "insertion-des-analyses-hubeau-esu",
- template_description = "Insertion des analyses Hubeau ESU",
- template_create_dir = TRUE
-)
-
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_insert_hubeau_esu_into_analyse.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/insertion-des-analyses-hubeau-esu/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_hubeau_esu_into_analyse.Rmd", vignette_name = "Insertion des analyses Hubeau ESU")
-```
-
diff --git a/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd b/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd
deleted file mode 100644
index 595e5fb99b9bc13bbfd35d98e30cbc561270cff8..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,164 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESU"
-output: html_document
-editor_options:
- chunk_output_type: console
----
-
-```{r development, include=FALSE}
-library(testthat)
-library(yaml)
-library(datalibaba)
-library(dplyr)
-library(stringr)
-library(glue)
-library(DBI)
-library(RPostgres)
-```
-
-```{r development-load}
-# Load already included functions if relevant
-pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-```
-
-```{r config, eval=FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des données Hub'eau ESU dans la table des prélèvements
-
-## Chargement des prélèvements Hub'eau ESU
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESU est chargée :
-```{r load-nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc, eval=FALSE}
-# Charger la table qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
- schema = "qualite_cours_d_eau",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Consolidation des prélèvements Hub'eau ESU
-
-On remplace "." par "," dans les variables `limite_detection` et `limite_quantification` :
-```{r replace-in_limite_detection, eval=FALSE}
-# Remplacer "." par "," dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::mutate(
- limite_detection = stringr::str_replace_all(limite_detection, ".", ","),
- limite_quantification = stringr::str_replace_all(limite_quantification, ".", ",")
- )
-```
-
-On ajoute les variables `source` et `nature_eau` :
-```{r add-source_code_support_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Ajouter les variables source et nature_eau
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::mutate(
- source = "Na\u00efades",
- nature_eau = "ESU")
-
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
-```{r select-variables_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::select(source,
- code_reseau,
- code_station,
- date_prelevement,
- heure_prelevement,
- code_support,
- nature_eau,
- commentaire = commentaires_analyse)
-```
-
-On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer :
-```{r change-type_code_support, eval=FALSE}
-# Convertir la variable code_support de character en integer
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::mutate(code_support = as.integer(code_support))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
-`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
-donnée :
-```{r select-distinct-rows_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_prelevement_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- add_code_prelevement(
- nitrate_qualite_rivieres_prelevements, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_rivieres_prelevements)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans une table dédiée :
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_rivieres_prelevements,
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_esu_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_prelevement",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des prélèvements Hub'eau ESU en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_esu, eval=FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_esu_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-```{r development-skeleton-dir, eval=FALSE}
-# Créer initialement l'arborescence et des fichiers du template
-usethis::use_rmarkdown_template(
- template_name = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESU",
- template_dir = "insertion-des-prelevements-hubeau-esu",
- template_description = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESU",
- template_create_dir = TRUE
-)
-
-```
-
-```{r development-skeleton-copy, eval=FALSE}
-# Définir les chemins source et destination
-source_file <- "dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd"
-destination_dir <- "inst/rmarkdown/templates/insertion-des-prelevements-hubeau-esu/skeleton"
-destination_file <- file.path(destination_dir, "skeleton.Rmd")
-
-# Copier et renommer le fichier
-file.copy(from = source_file, to = destination_file, overwrite = TRUE)
-message("File copied and renamed successfully.")
-
-```
-
-```{r development-inflate, eval=FALSE}
-# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
-# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd", vignette_name = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements Hubeau ESU")
-```
-
diff --git a/man/add_code_analyse.Rd b/man/add_code_analyse.Rd
deleted file mode 100644
index 0ec07e08008a0ecca715ae5e748665152afca6f1..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/man/add_code_analyse.Rd
+++ /dev/null
@@ -1,38 +0,0 @@
-% Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/add_code_analyse.R
-\name{add_code_analyse}
-\alias{add_code_analyse}
-\title{Ajouter une variable code_analyse au dataframe}
-\usage{
-add_code_analyse(dataframe, version)
-}
-\arguments{
-\item{dataframe}{Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-la variable \code{code_analyse}.}
-
-\item{version}{Une chaîne de caractères représentant la version de la
-séquence à utiliser.}
-}
-\value{
-Un dataframe avec une nouvelle colonne \code{code_analyse} contenant
-les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-}
-\description{
-Cette fonction ajoute une nouvelle variable \code{code_analyse}
-au dataframe en utilisant une séquence PostgreSQL dynamique. La séquence est
-construite en fonction du paramètre \code{version} fourni.
-}
-\examples{
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_analyse(
- dataframe, version)
-
-}
diff --git a/man/add_code_prelevement.Rd b/man/add_code_prelevement.Rd
deleted file mode 100644
index 1c47da57d03766474b6eec04b9aa08aeb498eac4..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/man/add_code_prelevement.Rd
+++ /dev/null
@@ -1,38 +0,0 @@
-% Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/add_code_prelevement.R
-\name{add_code_prelevement}
-\alias{add_code_prelevement}
-\title{Ajouter une variable code_prelevement au dataframe}
-\usage{
-add_code_prelevement(dataframe, version)
-}
-\arguments{
-\item{dataframe}{Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-la variable \code{code_prelevement}.}
-
-\item{version}{Une chaîne de caractères représentant la version de la
-séquence à utiliser.}
-}
-\value{
-Un dataframe avec une nouvelle colonne \code{code_prelevement} contenant
-les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-}
-\description{
-Cette fonction ajoute une nouvelle variable \code{code_prelevement}
-au dataframe en utilisant une séquence PostgreSQL dynamique. La séquence est
-construite en fonction du paramètre \code{version} fourni.
-}
-\examples{
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_prelevement(
- dataframe, version)
-
-}
diff --git a/man/add_code_prelevement_analyse.Rd b/man/add_code_prelevement_analyse.Rd
deleted file mode 100644
index 02b01b8ac34197e46c56ab094403b82de96aa4f0..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/man/add_code_prelevement_analyse.Rd
+++ /dev/null
@@ -1,39 +0,0 @@
-% Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/add_code_prelevement_analyse.R
-\name{add_code_prelevement_analyse}
-\alias{add_code_prelevement_analyse}
-\title{Ajouter une variable code_prelevement_analyse au dataframe}
-\usage{
-add_code_prelevement_analyse(dataframe, version)
-}
-\arguments{
-\item{dataframe}{Un dataframe contenant les données sur lesquelles ajouter
-la variable \code{code_prelevement_analyse}.}
-
-\item{version}{Une chaîne de caractères représentant la version de la
-séquence à utiliser.}
-}
-\value{
-Un dataframe avec une nouvelle colonne \code{code_prelevement_analyse}
-contenant les valeurs de la séquence PostgreSQL.
-}
-\description{
-Cette fonction ajoute une nouvelle variable
-\code{code_prelevement_analyse} au dataframe en utilisant une séquence
-PostgreSQL dynamique. La séquence est construite en fonction du
-paramètre \code{version} fourni.
-}
-\examples{
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_prelevement_analyse(
- dataframe, version)
-
-}
diff --git a/man/create_nitrate_analyse_table.Rd b/man/create_nitrate_analyse_table.Rd
deleted file mode 100644
index e1ce932054aaeaae1a4ee1e3e5ebe37128f6959c..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/man/create_nitrate_analyse_table.Rd
+++ /dev/null
@@ -1,21 +0,0 @@
-% Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/create_nitrate_analyse_table.R
-\name{create_nitrate_analyse_table}
-\alias{create_nitrate_analyse_table}
-\title{Créer une table d'analyses de nitrates}
-\usage{
-create_nitrate_analyse_table(version, last_year)
-}
-\arguments{
-\item{version}{String. Version de la table (par exemple, 'v1').}
-
-\item{last_year}{Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.}
-}
-\value{
-String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-}
-\description{
-Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-pour stocker les informations relatives aux analyses de nitrates, incluant
-les contraintes et les séquences nécessaires.
-}
diff --git a/man/create_nitrate_prelevement_table.Rd b/man/create_nitrate_prelevement_table.Rd
deleted file mode 100644
index 085106846f9f38b38bd121185e6d179f4aafe0dc..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/man/create_nitrate_prelevement_table.Rd
+++ /dev/null
@@ -1,21 +0,0 @@
-% Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/create_nitrate_prelevement_table.R
-\name{create_nitrate_prelevement_table}
-\alias{create_nitrate_prelevement_table}
-\title{Créer une table de prélèvements de nitrates}
-\usage{
-create_nitrate_prelevement_table(version, last_year)
-}
-\arguments{
-\item{version}{String. Version de la table (par exemple, 'v1').}
-
-\item{last_year}{Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.}
-}
-\value{
-String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-}
-\description{
-Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-pour stocker les informations relatives aux prélèvements de nitrates,
-incluant les contraintes et les séquences nécessaires.
-}
diff --git a/man/create_table_nitrate_prelevement_analyse.Rd b/man/create_table_nitrate_prelevement_analyse.Rd
deleted file mode 100644
index 26cc5e7bf5a563f3d5feb53673097f2b5d0a0269..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/man/create_table_nitrate_prelevement_analyse.Rd
+++ /dev/null
@@ -1,21 +0,0 @@
-% Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/create_table_nitrate_prelevement_analyse.R
-\name{create_table_nitrate_prelevement_analyse}
-\alias{create_table_nitrate_prelevement_analyse}
-\title{Créer une table de prélèvements et analyses de nitrates}
-\usage{
-create_table_nitrate_prelevement_analyse(version, last_year)
-}
-\arguments{
-\item{version}{String. Version de la table (par exemple, 'v1').}
-
-\item{last_year}{Integer. L'année la plus récente incluse dans les données de la table.}
-}
-\value{
-String. Le script SQL utilisé pour créer la table.
-}
-\description{
-Cette fonction crée une table dans une base de données PostgreSQL
-pour stocker les informations relatives aux prélèvements et analyses de
-nitrates, incluant les contraintes et les séquences nécessaires.
-}
diff --git a/vignettes/creation-de-la-table-et-de-la-sequence.Rmd b/vignettes/creation-de-la-table-et-de-la-sequence.Rmd
deleted file mode 100644
index 46b7413bfc81d478a908e4aa07dd6b7cda629657..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/creation-de-la-table-et-de-la-sequence.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,82 +0,0 @@
----
-title: "creation-de-la-table-et-de-la-sequence"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{creation-de-la-table-et-de-la-sequence}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_create_table_sequence.Rmd: do not edit by hand -->
-
-
-
-
-```{r config}
-#| eval: no
-
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder aux valeurs pour version et last_year
-version <- config$version
-last_year <- config$last_year
-```
-
-
-# Présentation
-
-Cette page contient les fonctions permettant :
-- de créer en base la table `nitrates.nitrate_prelevement_analyse_version`,
-- d'incrémenter la séquence correspondante au moment de l'import des données.
-
-# Création de la table en base
-
-## Création de la table des prélèvements et analyses et ajout des commentaires
-
-Création de la table `nitrates.nitrate_prelevement_version` :
-```{r create_create_table_nitrate_prelevement_analyse}
-#| eval: no
-
-# Création du script SQL avec la version choisie
-sql <- create_table_nitrate_prelevement_analyse(version, last_year)
-```
-
-
-# Incrémentation de la séquence
-
-## Incrémentation de la table des prélèvements et des analyses
-
-La fonction est utilisée au moment d'importer les données des différentes
-sources dans la table `nitrates.nitrate_prelevement_analyse_version` :
-```{r example_add_code_prelevement_analyse}
-#| eval: no
-
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_prelevement_analyse(
- dataframe, version)
-
-```
-
-
-
-
diff --git a/vignettes/creation-des-tables-et-des-sequences.Rmd b/vignettes/creation-des-tables-et-des-sequences.Rmd
deleted file mode 100644
index 6b01aebc45d7918e3d182fd14649d6196e936a1c..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/creation-des-tables-et-des-sequences.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,117 +0,0 @@
----
-title: "Création des tables et des séquences"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{Création des tables et des séquences}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_create_tables_sequences.Rmd: do not edit by hand -->
-
-
-
-
-```{r config}
-#| eval: no
-
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder aux valeurs pour version et last_year
-version <- config$version
-last_year <- config$last_year
-```
-
-
-# Présentation
-
-Cette page contient les fonctions permettant :
-- de créer en base les tables `nitrates.nitrate_prelevement_version` et `nitrates.nitrate_analyse_version`,
-- d'incrémenter les séquences correspondantes au moment de l'import des données.
-
-# Création des tables en base
-
-## Création de la table des prélèvements et ajout des commentaires
-
-Création de la table `nitrates.nitrate_prelevement_version` :
-```{r create_nitrate_prelevement_table_version}
-#| eval: no
-
-# Création du script SQL avec la version choisie
-sql <- create_nitrate_prelevement_table(version, last_year)
-```
-
-
-## Création de la table des analyses et ajout des commentaires
-
-Création de la table `nitrates.nitrate_analyse_version` :
-```{r create_nitrate_analyse_table}
-#| eval: no
-
-# Création du script SQL avec la version choisie
-sql <- create_nitrate_analyse_table(version, last_year)
-
-```
-
-
-# Incrémentation des séquences
-
-## Incrémentation de la table des prélèvements
-
-La fonction est utilisée au moment d'importer les données des différentes
-sources dans la table `nitrates.nitrate_prelevement_version` :
-```{r example_add_code_prelevement}
-#| eval: no
-
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_prelevement(
- dataframe, version)
-
-```
-
-
-## Incrémentation de la table des analyses
-
-La fonction est utilisée au moment d'importer les données des différentes
-sources dans la table `nitrates.nitrate_analyse_version` :
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r example_add_code_analyse}
-#| eval: no
-
-# Crée un dataframe fictif avec les colonnes nécessaires pour l'exemple
-dataframe <- data.frame(
- id_prelevement = 1:5,
- autre_colonne = sample(letters, 5)
-)
-# Définir une version pour l'exemple
-version <- "v1"
-
-# Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-dataframe <- add_code_analyse(
- dataframe, version)
-
-```
-
-
-
-
diff --git a/vignettes/insertion-des-analyses-ars.Rmd b/vignettes/insertion-des-analyses-ars.Rmd
deleted file mode 100644
index ab6a7a1bd9a67e5d2dbb64b5da396e9d5017fdeb..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/insertion-des-analyses-ars.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,283 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des analyses ARS"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{Insertion des analyses ARS}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_ars_into_analyse.Rmd: do not edit by hand -->
-
-
-
-
-```{r config}
-#| eval: no
-
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder aux valeurs pour version et last_year
-version <- config$version
-last_year <- config$last_year
-
-```
-
-
-# Consolidation et insertion des données de l'ARS dans la table des analyses
-
-## Chargement des données ARS brutes
-
-La table des données brutes Nitrates de l'ARS est chargée :
-```{r load-nitrate_data_analyse_ars}
-#| eval: no
-
-# Charger la table nitrates.nitrate_data_analyse_ars
-nitrate_data_analyse_ars <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_data_analyse_ars",
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-
-## Consolidation des données ARS
-
-On supprime les enregistrements correspondants à des totaux :
-```{r filter-param_nom_ars}
-#| eval: no
-
-# Supprimer les lignes ne correspondant pas à une analyse
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::filter(!stringr::str_starts(param_nom, "Total"))
-
-```
-
-
-On remplace les chaînes de caractère par NA dans la variable `ana_param_alpha_resultat` :
-```{r replace-strings-with-na}
-#| eval: no
-
-# Remplacer chaînes de caractère dans la colonne ana_param_alpha_resultat
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- ana_param_alpha_resultat = dplyr::case_when(
- ana_param_alpha_resultat %in% c("TRACES", "PRESENCE", "SEUIL", "ILLISIBL", "N.M.", "O", "?", ",", " ") ~ NA_character_,
- TRUE ~ ana_param_alpha_resultat
- )
- )
-
-```
-
-
-On remplace des valeurs dans ana_param_alpha_resultat et param_code:
-```{r replace-dot_ana_param_alpha_resultat}
-#| eval: no
-
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes ana_param_alpha_resultat et param_code
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- ana_param_alpha_resultat = stringr::str_replace(ana_param_alpha_resultat, "\\,", "."),
- param_code = stringr::str_replace(param_code, "NO3", "1340")
- )
-
-```
-
-
-On affecte le code_remarque et la valeur des variables resultat_analyse et limite_quantification :
-```{r mutate-from_ana_param_alpha_resultat}
-#| eval: no
-
-# Ajouter les colonnes code_remarque, resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- # Ajout de la colonne code_remarque selon la condition spécifiée
- code_remarque = dplyr::case_when(
- stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ 10,
- TRUE ~ 1
- ),
- # Renommage conditionnel des colonnes
- resultat_analyse = dplyr::case_when(
- stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ as.character(ana_param_valeur_traduite),
- TRUE ~ ana_param_alpha_resultat
- ),
- limite_quantification = dplyr::case_when(
- stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ ana_param_alpha_resultat,
- TRUE ~ NA_character_ # Utilisation de NA pour les valeurs non pertinentes
- )
- )
-
-```
-
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-ars}
-#| eval: no
-
-# Sélectionner les variables
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_station = ins_code_national,
- code_intervenant = geo_dept_ddass_gest_code,
- date_prelevement = plv_date,
- nom_parametre = param_nom,
- date_analyse = anl_date_fin_analyse,
- resultat_analyse,
- code_parametre = param_code,
- code_remarque,
- limite_quantification)
-
-```
-
-
-On supprime les caractères < et > dans les variables resultat_analyse et limite_quantification :
-```{r replace-inferior_superior}
-#| eval: no
-
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse =
- stringr::str_replace(resultat_analyse, ">", ""),
- limite_quantification =
- stringr::str_replace(limite_quantification, "<", ""))
-
-```
-
-
-On modifie le type des variables resultat_analyse et limite_quantification :
-```{r change-fieldtypes}
-#| eval: no
-
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat_analyse),
- limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
- code_parametre = as.integer(code_parametre))
-
-```
-
-
-## Jointure avec la table des prélèvements créée auparavant
-
-La table des prélèvements est chargée :
-```{r load-nitrate_prelevement}
-#| eval: no
-
-# Charger la table nitrates.nitrate_prelevement_version
-nitrate_prelevement <- datalibaba::importer_data(
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-```{r select-distinct-rows-ars}
-#| eval: no
-
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-
-On joint le dataframe des prélèvements pour récupérer la variable code_prelevement :
-```{r join-prelvement_ars}
-#| eval: no
-
-# Joindre les dataframes nitrate_analyse_ars et nitrate_prelevement
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::left_join(nitrate_prelevement |>
- dplyr::select(code_station, date_prelevement, code_prelevement),
- by = c("code_station" = "code_station", "date_prelevement" = "date_prelevement"))
-
-```
-
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_analyse_ars}
-#| eval: no
-
-# Utiliser la fonction add_code_analyse_ars avec la version souhaitée
-nitrate_analyse_ars <- add_code_analyse(
- nitrate_analyse_ars, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_analyse_ars)
-
-```
-
-
-## Préparation pour l'insertion en base
-
-On corrige l'ordre des champs les champs utiles à la table des analyses :
-```{r select-variables-ars-final}
-#| eval: no
-
-# Sélectionner les variables dans l'ordre des champs de la table à alimenter
-nitrate_analyse_ars <- nitrate_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_analyse,
- code_intervenant,
- code_prelevement,
- code_parametre,
- code_station,
- date_analyse,
- resultat_analyse,
- code_remarque,
- limite_quantification)
-
-```
-
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-```{r insert_into_nitrate_prelevement_version}
-#| eval: no
-
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_analyse_ars,
- table = glue::glue("nitrate_analyse_ars_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_analyse",
- user = "admin")
-```
-
-
-## Insertion des analyses ARS en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_ars}
-#| eval: no
-
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_analyse_ars_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_analyse_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-
-
-
diff --git a/vignettes/insertion-des-analyses-hubeau-eso.Rmd b/vignettes/insertion-des-analyses-hubeau-eso.Rmd
deleted file mode 100644
index 5632c37c8ea794a83474d39e40b1c03b6a6f3099..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/insertion-des-analyses-hubeau-eso.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,210 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des analyses Hubeau ESO"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{insertion-des-analyses-hubeau-eso}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r setup}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd: do not edit by hand -->
-
-```{r config, eval = FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des analyses Hub'eau ESO dans la table des analyses
-
-## Chargement des analyses Hub'eau ESO
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESO est chargée :
-
-```{r load-nitrate_qualite_nappes_analyses, eval = FALSE}
-# Charger la table qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_nappes_analyses
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
- schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Filtre par code_producteur pour exclure les données ARS
-
-On sélectionne les code_producteur correspondants aux enregistrements hors
-données ARS de la région :
-
-```{r select-code_producteur_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Filtrer pour exclure les données ARS
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::filter(!code_producteur %in% c('44','49','53','72','85'))
-```
-
-## Consolidation des données Hub'eau ESO
-
-On remplace des valeurs dans limite_detection et limite_quantification :
-
-```{r replace-dot_limite_detection, eval = FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::mutate(
- resultat = stringr::str_replace(resultat, "\\,", "."),
- limite_detection = stringr::str_replace(limite_detection, "\\,", "."),
- limite_quantification = stringr::str_replace(limite_quantification, "\\,", ".")
- )
-
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des analyses :
-
-```{r select-variables-hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::select(code_station = bss_id,
- code_intervenant = code_lieu_analyse,
- date_prelevement = date_debut_prelevement,
- date_analyse = date_debut_prelevement,
- resultat_analyse = resultat,
- code_parametre = code_param,
- code_fraction_analysee = code_fraction,
- code_remarque = code_remarque_analyse,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On modifie le type des variables numériques :
-
-```{r change-fieldtypes, eval = FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat_analyse),
- limite_detection = as.numeric(limite_detection),
- limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
- code_parametre = as.integer(code_parametre),
- code_fraction_analysee = as.integer(code_fraction_analysee),
- code_remarque = as.integer(code_remarque)
- )
-
-```
-
-# Jointure avec la table des prélèvements créée auparavant
-
-La table des prélèvements est chargée :
-
-```{r load-nitrate_prelevement, eval = FALSE}
-# Charger la table nitrates.nitrate_prelevement_version
-nitrate_prelevement <- datalibaba::importer_data(
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-
-```{r select-distinct-rows_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On joint le dataframe des prélèvements pour récupérer la variable code_prelevement :
-
-```{r join-prelevement_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Joindre les dataframes nitrate_qualite_nappes_analyses et nitrate_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::left_join(nitrate_prelevement |>
- dplyr::select(code_station, date_prelevement, code_prelevement),
- by = c("code_station" = "code_station", "date_prelevement" = "date_prelevement"))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_prelevement`,
-`code_parametre` et `resultat_analyse` afin de ne conserver qu'une analyse :
-
-```{r select-distinct-rows_hubeau_eso_2, eval = FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::distinct(code_prelevement, code_parametre, resultat_analyse, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-
-```{r add_code_analyse_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- add_code_analyse(
- nitrate_qualite_nappes_analyses, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_nappes_analyses)
-
-```
-
-# Chargement en base
-
-On corrige l'ordre des champs les champs utiles à la table des analyses :
-
-```{r select-variables-hubeau_eso_final, eval = FALSE}
-# Sélectionner les variables dans l'ordre des champs de la table à alimenter
-nitrate_qualite_nappes_analyses <- nitrate_qualite_nappes_analyses |>
- dplyr::select(code_analyse,
- code_intervenant,
- code_prelevement,
- code_parametre,
- code_fraction_analysee,
- date_analyse,
- resultat_analyse,
- code_remarque,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_xx, eval = FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_nappes_analyses,
- table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_eso_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_analyse",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des données Hub'eau ESO en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_eso_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_analyse_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
diff --git a/vignettes/insertion-des-analyses-hubeau-esu.Rmd b/vignettes/insertion-des-analyses-hubeau-esu.Rmd
deleted file mode 100644
index e945158a3a4e33d87655ffc86a4fda6885bdf18f..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/insertion-des-analyses-hubeau-esu.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,199 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des analyses Hubeau ESU"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{insertion-des-analyses-hubeau-esu}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r setup}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_hubeau_esu_into_analyse.Rmd: do not edit by hand -->
-
-```{r config, eval = FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des analyses Hub'eau ESU dans la table des analyses
-
-## Chargement des analyses Hub'eau ESU
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESU est chargée :
-
-```{r load-nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc, eval = FALSE}
-# Charger la table qualite_cours_d_eau.nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
- schema = "qualite_cours_d_eau",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Consolidation des analyses Hub'eau ESU
-
-On remplace des valeurs dans limite_detection et limite_quantification :
-
-```{r replace-dot_limite_detection, eval = FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::mutate(
- resultat = stringr::str_replace(resultat, "\\,", "."),
- limite_detection = stringr::str_replace(limite_detection, "\\,", "."),
- limite_quantification = stringr::str_replace(limite_quantification, "\\,", ".")
- )
-
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des analyses :
-
-```{r select-variables-hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::select(code_station,
- code_intervenant = code_laboratoire,
- date_prelevement,
- date_analyse,
- resultat_analyse = resultat,
- code_parametre,
- code_fraction_analysee = code_fraction,
- code_remarque,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On modifie le type des variables resultat_analyse et limite_quantification :
-
-```{r change-fieldtypes, eval = FALSE}
-# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat_analyse),
- limite_detection = as.numeric(limite_detection),
- limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
- code_parametre = as.integer(code_parametre),
- code_fraction_analysee = as.integer(code_fraction_analysee),
- code_remarque = as.integer(code_remarque)
- )
-
-```
-
-# Jointure avec la table des prélèvements créée auparavant
-
-La table des prélèvements est chargée :
-
-```{r load-nitrate_prelevement, eval = FALSE}
-# Charger la table nitrates.nitrate_prelevement_version
-nitrate_prelevement <- datalibaba::importer_data(
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-
-```{r select-distinct-rows_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On joint le dataframe des prélèvements pour récupérer la variable code_prelevement :
-
-```{r join-prelevement_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Joindre les dataframes nitrate_qualite_rivieres_analyses et nitrate_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::left_join(nitrate_prelevement |>
- dplyr::select(code_station, date_prelevement, code_prelevement),
- by = c("code_station" = "code_station", "date_prelevement" = "date_prelevement"))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_prelevement`,
-`code_parametre` et `resultat_analyse` afin de ne conserver qu'une analyse :
-
-```{r select-distinct-rows_hubeau_esu_2, eval = FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::distinct(code_prelevement, code_parametre, resultat_analyse, .keep_all = TRUE)
-
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-
-```{r add_code_analyse_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_analyse() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- add_code_analyse(
- nitrate_qualite_rivieres_analyses, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_rivieres_analyses)
-
-```
-
-# Chargement en base
-
-On corrige l'ordre des champs les champs utiles à la table des analyses :
-
-```{r select-variables-hubeau_esu_final, eval = FALSE}
-# Sélectionner les variables dans l'ordre des champs de la table à alimenter
-nitrate_qualite_rivieres_analyses <- nitrate_qualite_rivieres_analyses |>
- dplyr::select(code_analyse,
- code_intervenant,
- code_prelevement,
- code_parametre,
- code_fraction_analysee,
- date_analyse,
- resultat_analyse,
- code_remarque,
- limite_detection,
- limite_quantification)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans une table dédiée :
-
-```{r insert-into_nitrate_analyse_hubeau_esu_version, eval = FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_rivieres_analyses,
- table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_esu_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_analyse",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des analyses Hub'eau ESU en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_analyse_hubeau_esu_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_analyse_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
diff --git a/vignettes/insertion-des-prelevements-ars.Rmd b/vignettes/insertion-des-prelevements-ars.Rmd
deleted file mode 100644
index edcbfae0613015250a2dc0001ed52641171a15e5..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/insertion-des-prelevements-ars.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,169 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des prélèvements ARS"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{insertion-des-prelevements-ars}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r setup}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_ars_into_prelevement.Rmd: do not edit by hand -->
-
-```{r config, eval = FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des données de l'ARS dans la table des prélèvements
-
-## Chargement des données ARS brutes et des stations ESO
-
-La table des données brutes Nitrates de l'ARS est chargée :
-
-```{r load-nitrate_data_analyse_ars, eval = FALSE}
-nitrate_data_analyse_ars <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_data_analyse_ars",
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-La table des stations ESO est chargée afin de remplacer ultérieurement le code SISE-EAUX par le code BSS pour les prélèvements ESO :
-
-```{r load-nitrate_station_eso, eval = FALSE}
-station_eso <- datalibaba::importer_data(
- table = "station_eso",
- schema = "stations",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Consolidation des données ARS
-
-On ajoute les variables `source` et `code_support` :
-
-```{r add-source_code_support_ars, eval = FALSE}
-# Ajouter les variables source et code_support
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(
- source = "ARS",
- code_support = 3
- )
-```
-
-On remplace "h" par ":" dans la variable `plv_heure` :
-
-```{r replace-in_plv_heure, eval = FALSE}
-# Remplacer "h" par ":" dans la colonne plv_heure
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(plv_heure = stringr::str_replace_all(plv_heure, "h", ":"))
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
-
-```{r select-variables-ars, eval = FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_intervenant = geo_dept_ddass_gest_code,
- source,
- code_station = ins_code_national,
- date_prelevement = plv_date,
- heure_prelevement = plv_heure,
- code_support,
- nature_eau,
- id_usage = usage,
- id_prelevement_motif = plv_motif)
-
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et `date_prelevement`
-afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date donnée :
-
-```{r select-distinct-rows-ars, eval = FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-```
-
-On met à jour le champs code_station avec le code BSS :
-
-```{r update_code_bss, eval = FALSE}
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::left_join(station_eso, by = c("code_station" = "code_sise_eaux"), suffix = c("_ars", "_station_eso"))
-
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::mutate(code_station = ifelse(!is.na(code_station_station_eso), code_station_station_eso, code_station)) |>
- dplyr::select(-code_station_station_eso, -source_station_eso)
-```
-
-On ne conserve que les champs utiles à la table des prélèvements :
-
-```{r select-variables-ars_v2, eval = FALSE}
-nitrate_data_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
- dplyr::select(code_intervenant,
- source = source_ars,
- code_station,
- date_prelevement,
- heure_prelevement,
- code_support,
- nature_eau,
- id_usage,
- id_prelevement_motif)
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-
-```{r add_code_prelevement_ars, eval = FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-nitrate_data_analyse_ars <- add_code_prelevement(
- nitrate_data_analyse_ars, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_data_analyse_ars)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_v0_16, eval = FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_data_analyse_ars,
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_ars_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_prelevement",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des données ARS du nouveau millésime en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-
-```{r import_and_merge_tables_ars, eval = FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_prelevement_ars_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
diff --git a/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-eso.Rmd b/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-eso.Rmd
deleted file mode 100644
index cefbe0e3a1879a64f6f3326292e7e0a05dfaba29..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-eso.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,141 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des prélèvements Hubeau ESO"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{insertion-des-prelevements-hubeau-eso}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r setup}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_hubeau_eso_into_prelevement.Rmd: do not edit by hand -->
-
-```{r config, eval = FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des données Hub'eau ESO dans la table des prélèvements
-
-## Chargement des prélèvements Hub'eau ESO
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESO est chargée :
-
-```{r load-nitrate_qualite_nappes_analyses, eval = FALSE}
-# Charger la table qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
- schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Filtre par code_producteur pour exclure les données ARS
-
-On sélectionne les code_producteur correspondants aux enregistrements hors
-données ARS de la région :
-
-```{r select-code_producteur_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Filtrer pour exclure les données ARS
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::filter(!code_producteur %in% c('44','49','53','72','85'))
-```
-
-## Consolidation des prélèvements Hub'eau ESO
-
-On ajoute les variables `source`, `code_support` et `nature_eau` :
-
-```{r add-source_code_support_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Ajouter les variables source, code_support et nature_eau
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::mutate(
- source = "ADES",
- code_support = 3,
- nature_eau = "ESO")
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
-
-```{r select-variables_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::select(source,
- code_reseau = codes_reseau,
- code_station = bss_id,
- date_prelevement = date_debut_prelevement,
- code_support,
- nature_eau)
-```
-
-On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer :
-
-```{r change-type_code_support, eval = FALSE}
-# Convertir la variable code_support de character en integer
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::mutate(code_support = as.integer(code_support))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
-`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
-donnée :
-
-```{r select-distinct-rows_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-
-```{r add_code_prelevement_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_nappes_prelevements <- add_code_prelevement(
- nitrate_qualite_nappes_prelevements, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_nappes_prelevements)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_nappes_prelevements,
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_eso_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_prelevement",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des prélèvements Hub'eau ESO en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_eso, eval = FALSE}
-# Insérer les prélèvements Hub'eau ESO vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_eso_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
diff --git a/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-esu.Rmd b/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-esu.Rmd
deleted file mode 100644
index 2152ab243c77e22fd330a65e7af57e2cb8aed739..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/insertion-des-prelevements-hubeau-esu.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,143 +0,0 @@
----
-title: "Insertion des prélèvements Hubeau ESU"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{insertion-des-prelevements-hubeau-esu}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r setup}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_hubeau_esu_into_prelevement.Rmd: do not edit by hand -->
-
-```{r config, eval = FALSE}
-# Lire le fichier de configuration
-config <- yaml::read_yaml("config.yml")
-
-# Accéder à la valeur pour version
-version <- config$version
-```
-
-# Consolidation et insertion des données Hub'eau ESU dans la table des prélèvements
-
-## Chargement des prélèvements Hub'eau ESU
-
-La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESU est chargée :
-
-```{r load-nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc, eval = FALSE}
-# Charger la table qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- datalibaba::importer_data(
- table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
- schema = "qualite_cours_d_eau",
- db = "si_eau",
- user = "admin"
-)
-```
-
-## Consolidation des prélèvements Hub'eau ESU
-
-On remplace "." par "," dans les variables `limite_detection` et `limite_quantification` :
-
-```{r replace-in_limite_detection, eval = FALSE}
-# Remplacer "." par "," dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::mutate(
- limite_detection = stringr::str_replace_all(limite_detection, ".", ","),
- limite_quantification = stringr::str_replace_all(limite_quantification, ".", ",")
- )
-```
-
-On ajoute les variables `source` et `nature_eau` :
-
-```{r add-source_code_support_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Ajouter les variables source et nature_eau
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::mutate(
- source = "Na\u00efades",
- nature_eau = "ESU")
-
-```
-
-On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements :
-
-```{r select-variables_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Sélectionner les variables
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::select(source,
- code_reseau,
- code_station,
- date_prelevement,
- heure_prelevement,
- code_support,
- nature_eau,
- commentaire = commentaires_analyse)
-```
-
-On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer :
-
-```{r change-type_code_support, eval = FALSE}
-# Convertir la variable code_support de character en integer
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::mutate(code_support = as.integer(code_support))
-```
-
-On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
-`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
-donnée :
-
-```{r select-distinct-rows_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
- dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
-```
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-
-```{r add_code_prelevement_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement() avec la version souhaitée
-nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- add_code_prelevement(
- nitrate_qualite_rivieres_prelevements, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_qualite_rivieres_prelevements)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans une table dédiée :
-
-```{r insert-into_nitrate_prelevement_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_qualite_rivieres_prelevements,
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_esu_", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_prelevement",
- user = "admin")
-```
-
-# Insertion des prélèvements Hub'eau ESU en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-
-```{r import_and_merge_tables_hubeau_esu, eval = FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_prelevement_hubeau_esu_", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_prelevement_", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-