diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
index 2ba8c52eae8f3d24e6ef7c9ad6a5462ec722620a..3eada66b4af238ccf496852f584ebfdb20a4a76a 100644
--- a/DESCRIPTION
+++ b/DESCRIPTION
@@ -1,6 +1,6 @@
Package: data.nitrates
Title: Collecte Des Données Sur Les Nitrates
-Version: 0.1.0
+Version: 0.2.0
Authors@R:
person("Ronan", "Vignard", , "ronan.vignard@developpement-durable.gouv.fr", role = c("aut", "cre"),
comment = c(ORCID = "0000-0000-0000-0000"))
@@ -8,7 +8,6 @@ Description: Import des données nitrates à partir des sources ARS et
Hub'eau dans une base de données PostgreSQL.
License: MIT + file LICENSE
Suggests:
- collectr,
knitr,
rmarkdown
VignetteBuilder:
diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md
index 7113d0793322aa94dfa46a615b0c39a0f07791fc..4ae13c3476ecdbe952815c70a634fff513831c2c 100644
--- a/NEWS.md
+++ b/NEWS.md
@@ -1,3 +1,7 @@
+# data.nitrates 0.2.0
+
+* Finalisation des vignettes "Import des données Hub'eau Cours d'eau" et "Import des données Hub'eau Nappes d'eau souterraine"
+
# data.nitrates 0.1.0
-* Finalisation de la vignette "Import des données brutes ARS"
+* Finalisation de la vignette "Import des données ARS"
diff --git a/dev/config_fusen.yaml b/dev/config_fusen.yaml
index 6dadb00988086efb21c179e3e15069dfc6e0a1fd..cb722c42e979eea1cbbac7c08a7b6d4b090026d0 100644
--- a/dev/config_fusen.yaml
+++ b/dev/config_fusen.yaml
@@ -24,3 +24,29 @@ flat_import_data.Rmd:
check: true
document: true
overwrite: ask
+flat_import_hubeau_gw_data.Rmd:
+ path: dev/flat_import_hubeau_gw_data.Rmd
+ state: active
+ R: []
+ tests: []
+ vignettes: vignettes/import-des-donnees-hub-eau-nappes-d-eau-souterraine.Rmd
+ inflate:
+ flat_file: dev/flat_import_hubeau_gw_data.Rmd
+ vignette_name: Import des données Hub'eau Nappes d'eau souterraine
+ open_vignette: true
+ check: true
+ document: true
+ overwrite: ask
+flat_import_hubeau_rw_data.Rmd:
+ path: dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd
+ state: active
+ R: []
+ tests: []
+ vignettes: vignettes/import-des-donnees-hub-eau-cours-d-eau.Rmd
+ inflate:
+ flat_file: dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd
+ vignette_name: Import des données Hub'eau Cours d'eau
+ open_vignette: true
+ check: true
+ document: true
+ overwrite: ask
diff --git a/dev/flat_import_hubeau_gw_data.Rmd b/dev/flat_import_hubeau_gw_data.Rmd
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..11aa465cd79e6843fced6c7b9b68c5fd489b3426
--- /dev/null
+++ b/dev/flat_import_hubeau_gw_data.Rmd
@@ -0,0 +1,170 @@
+---
+title: "Import des données Hub'eau Nappes d'eau souterraine"
+output: html_document
+editor_options:
+ chunk_output_type: console
+---
+
+```{r development, include=FALSE}
+library(testthat)
+library(hubeau)
+library(datalibaba)
+library(RPostgreSQL)
+library(sf)
+library(collectr)
+library(dplyr)
+```
+
+```{r development-1}
+# Load already included functions
+pkgload::load_all(export_all = FALSE)
+```
+
+# Présentation
+
+> Cette page contient la logique métier concernant l'import des données de
+l'[API Hub'eau "Qualité des nappes d'eau souterraine"](https://hubeau.eaufrance.fr/page/api-qualite-nappes) dans le cadre du projet Nitrates
+
+# Connexion à la base de données PostgreSQL
+
+```{r connect_to_db, eval=FALSE}
+# Se connecter à la base de données PostgreSQL si_eau
+connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
+```
+
+```{r list_schemas, eval=FALSE}
+# Lister les schémas présents dans la base
+schemas_list <- data.frame(datalibaba::list_schemas(connexion))
+
+# Renommer la variable unique en "nom_schema"
+schemas_list <- schemas_list |>
+ rename(nom_schema = unique(names(.)))
+
+# Trier le dataframe par la variable nom_schema
+schemas_list <- schemas_list |>
+ arrange(nom_schema)
+```
+
+```{r list_tables, eval=FALSE}
+# Lister les tables présentes dans le schéma spécifié
+tables_list <- data.frame(datalibaba::list_tables(
+ con = connexion,
+ db = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau"))
+
+# Renommer la variable unique en "nom_table"
+tables_list <- tables_list |>
+ rename(nom_table = names(tables_list)[1])
+
+# Trier le dataframe par la variable nom_table
+tables_list <- tables_list |>
+ arrange(nom_table)
+
+```
+
+# Import des données Hub'eau ESU dans un dataframe par millésime
+
+On utilise la fonction `get_qualite_nappes_analyses()` du package [{hubeau}](https://github.com/inrae/hubeau)
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2020, eval=FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2020 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2020-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2020-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2021, eval=FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2021 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2021-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2021-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2022, eval=FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2022 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2022-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2022-12-31",
+ size = "5000")
+
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2023, eval=FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2023 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2023-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2023-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+# Création d'une table pour le nouveau millésime
+
+```{r create-nitrate_data_ars, eval=FALSE}
+# Charger les données dans une nouvelle table en base
+datalibaba::poster_data(data = nitrate_analyse_eso_2023,
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ db = "si_eau",
+ overwrite = TRUE,
+ user = "admin")
+
+# Ajouter un commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses \"Nitrates\" ESO issues de l''API Hub''eau qualite_nappes : données brutes",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
+
+```
+
+# Modification du type des champs si besoin
+
+```{r modify_column_type, eval=FALSE}
+# Modifier le type de colonne pour les champs de date
+collectr::modify_column_type(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ column_name = "date_debut_prelevement",
+ column_type = "date",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Archivage de la version précédente de la table
+
+```{r archive_table, eval=FALSE}
+# Archiver la version actuelle de la table avec tous les millésimes
+collectr::archive_table(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ new_schema = "zz_archives",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Insertion des données du nouveau millésime en base dans la table globale
+
+```{r import_and_merge_tables, eval=FALSE}
+# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
+collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
+ source_table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ source_schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ target_table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
+ target_schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ role = "admin")
+
+# Actualiser le commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses Nitrates ESO API Hub'eau Qualité des nappes d'eau souterraine (2007-2023)",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
+```
+
+```{r development-inflate, eval=FALSE}
+# Keep eval=FALSE to avoid infinite loop in case you hit the knit button
+# Execute in the console directly
+fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_import_hubeau_gw_data.Rmd", vignette_name = "Import des données Hub'eau Nappes d'eau souterraine")
+```
diff --git a/dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd b/dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd
index 791a0cc68901764df85de270bdba6b00cfa9562d..871c06bbdd8f23e33c6236a17d175d110d6cd59a 100644
--- a/dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd
+++ b/dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd
@@ -7,7 +7,7 @@ editor_options:
```{r development, include=FALSE}
library(testthat)
-library(xlsx)
+library(hubeau)
library(datalibaba)
library(RPostgreSQL)
library(sf)
@@ -62,32 +62,119 @@ tables_list <- tables_list |>
```
-# Import des données Hub'eau ESU
+# Import des données Hub'eau ESU dans un dataframe par millésime
-À reprendre avec la fonction correspondante du package [{hubeau}](https://github.com/inrae/hubeau)
+On utilise la fonction `get_qualite_rivieres_analyse()` du package [{hubeau}](https://github.com/inrae/hubeau)
```{r create-nitrate_analyse_esu_2020, eval=FALSE}
-nitrate_analyse_esu_2020 <- get_json_data(code_parametre = "1340",
- code_region = "52",
- date_debut_prelevement = "2020-01-01",
- date_fin_prelevement = "2020-12-31",
- size = "5000")
+nitrate_analyse_esu_2020 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2020-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2020-12-31",
+ size = "5000")
```
```{r create-nitrate_analyse_esu_2021, eval=FALSE}
-nitrate_analyse_esu_2021 <- get_json_data(code_parametre = "1340",
- code_region = "52",
- date_debut_prelevement = "2021-01-01",
- date_fin_prelevement = "2021-12-31",
- size = "5000")
+nitrate_analyse_esu_2021 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2021-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2021-12-31",
+ size = "5000")
```
```{r create-nitrate_analyse_esu_2022, eval=FALSE}
-nitrate_analyse_esu_2022 <- get_json_data(code_parametre = "1340",
- code_region = "52",
- date_debut_prelevement = "2022-01-01",
- date_fin_prelevement = "2022-12-31",
- size = "5000")
+nitrate_analyse_esu_2022 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2022-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2022-12-31",
+ size = "5000")
+
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2023, eval=FALSE}
+nitrate_analyse_esu_2023 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2023-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2023-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+# Correction de l'encodage si nécessaire pour certaines variables
+
+```{r change-encoding, eval=FALSE}
+nitrate_analyse_esu_2023 <- nitrate_analyse_esu_2023 |>
+ dplyr::mutate(libelle_station = iconv(libelle_station, from = "ISO-8859-1", to = "UTF-8"))
+```
+
+# Création d'une table pour le nouveau millésime
+
+```{r create-nitrate_data_ars, eval=FALSE}
+# Charger les données dans une nouvelle table en base
+datalibaba::poster_data(data = nitrate_analyse_esu_2023,
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ db = "si_eau",
+ overwrite = TRUE,
+ user = "admin")
+
+# Ajouter un commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses \"Nitrates\" ESU issues de l''API Hub''eau qualite_rivieres : données brutes",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
+
+```
+
+# Modification du type des champs si besoin
+
+```{r modify_column_type, eval=FALSE}
+# Modifier le type de colonne pour les champs de date
+collectr::modify_column_type(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ column_name = "date_prelevement",
+ column_type = "date",
+ role = "admin")
+
+collectr::modify_column_type(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ column_name = "date_analyse",
+ column_type = "date",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Archivage de la version précédente de la table
+
+```{r archive_table, eval=FALSE}
+# Archiver la version actuelle de la table avec tous les millésimes
+collectr::archive_table(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ new_schema = "zz_archives",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Insertion des données du nouveau millésime en base dans la table globale
+
+```{r import_and_merge_tables, eval=FALSE}
+# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
+collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
+ source_table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ source_schema = "qualite_cours_d_eau",
+ target_table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
+ target_schema = "qualite_cours_d_eau",
+ role = "admin")
+
+# Actualiser le commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses Nitrates ESU API Hub'eau Qualité des cours d'eau (2007-2023)",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
```
```{r development-inflate, eval=FALSE}
diff --git a/vignettes/import-des-donnees-hub-eau-cours-d-eau.Rmd b/vignettes/import-des-donnees-hub-eau-cours-d-eau.Rmd
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..4328395c6736ef420089e492b2b911b287fc36e8
--- /dev/null
+++ b/vignettes/import-des-donnees-hub-eau-cours-d-eau.Rmd
@@ -0,0 +1,181 @@
+---
+title: "Import des données Hub'eau Cours d'eau"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+ %\VignetteIndexEntry{import-des-donnees-hub-eau-cours-d-eau}
+ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+ %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+ collapse = TRUE,
+ comment = "#>"
+)
+```
+
+```{r setup}
+library(data.nitrates)
+```
+
+<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_import_hubeau_rw_data.Rmd: do not edit by hand -->
+
+# Présentation
+
+> Cette page contient la logique métier concernant l'import des données de
+l'[API Hub'eau "Qualité des cours d'eau"](https://hubeau.eaufrance.fr/page/api-qualite-cours-deau) dans le cadre du projet Nitrates
+
+
+# Connexion à la base de données PostgreSQL
+
+```{r connect_to_db, eval = FALSE}
+# Se connecter à la base de données PostgreSQL si_eau
+connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
+```
+
+```{r list_schemas, eval = FALSE}
+# Lister les schémas présents dans la base
+schemas_list <- data.frame(datalibaba::list_schemas(connexion))
+
+# Renommer la variable unique en "nom_schema"
+schemas_list <- schemas_list |>
+ rename(nom_schema = unique(names(.)))
+
+# Trier le dataframe par la variable nom_schema
+schemas_list <- schemas_list |>
+ arrange(nom_schema)
+```
+
+```{r list_tables, eval = FALSE}
+# Lister les tables présentes dans le schéma spécifié
+tables_list <- data.frame(datalibaba::list_tables(
+ con = connexion,
+ db = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau"))
+
+# Renommer la variable unique en "nom_table"
+tables_list <- tables_list |>
+ rename(nom_table = names(tables_list)[1])
+
+# Trier le dataframe par la variable nom_table
+tables_list <- tables_list |>
+ arrange(nom_table)
+
+```
+
+# Import des données Hub'eau ESU dans un dataframe par millésime
+
+On utilise la fonction `get_qualite_rivieres_analyse()` du package [{hubeau}](https://github.com/inrae/hubeau)
+
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2020, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_esu_2020 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2020-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2020-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2021, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_esu_2021 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2021-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2021-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2022, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_esu_2022 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2022-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2022-12-31",
+ size = "5000")
+
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2023, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_esu_2023 <- hubeau::get_qualite_rivieres_analyse(code_parametre = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2023-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2023-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+# Correction de l'encodage si nécessaire pour certaines variables
+
+```{r change-encoding, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_esu_2023 <- nitrate_analyse_esu_2023 |>
+ dplyr::mutate(libelle_station = iconv(libelle_station, from = "ISO-8859-1", to = "UTF-8"))
+```
+
+# Création d'une table pour le nouveau millésime
+
+```{r create-nitrate_data_ars, eval = FALSE}
+# Charger les données dans une nouvelle table en base
+datalibaba::poster_data(data = nitrate_analyse_esu_2023,
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ db = "si_eau",
+ overwrite = TRUE,
+ user = "admin")
+
+# Ajouter un commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses \"Nitrates\" ESU issues de l''API Hub''eau qualite_rivieres : données brutes",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
+
+```
+
+# Modification du type des champs si besoin
+
+```{r modify_column_type, eval = FALSE}
+# Modifier le type de colonne pour les champs de date
+collectr::modify_column_type(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ column_name = "date_prelevement",
+ column_type = "date",
+ role = "admin")
+
+collectr::modify_column_type(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ column_name = "date_analyse",
+ column_type = "date",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Archivage de la version précédente de la table
+
+```{r archive_table, eval = FALSE}
+# Archiver la version actuelle de la table avec tous les millésimes
+collectr::archive_table(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ new_schema = "zz_archives",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Insertion des données du nouveau millésime en base dans la table globale
+
+```{r import_and_merge_tables, eval = FALSE}
+# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
+collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
+ source_table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc_2023",
+ source_schema = "qualite_cours_d_eau",
+ target_table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
+ target_schema = "qualite_cours_d_eau",
+ role = "admin")
+
+# Actualiser le commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses Nitrates ARS (2007-2023)",
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
+```
+
diff --git a/vignettes/import-des-donnees-hub-eau-nappes-d-eau-souterraine.Rmd b/vignettes/import-des-donnees-hub-eau-nappes-d-eau-souterraine.Rmd
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..4901db0ed9f5a69f5b2154adafd9969081bd6ae9
--- /dev/null
+++ b/vignettes/import-des-donnees-hub-eau-nappes-d-eau-souterraine.Rmd
@@ -0,0 +1,167 @@
+---
+title: "Import des données Hub'eau Nappes d'eau souterraine"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+ %\VignetteIndexEntry{import-des-donnees-hub-eau-nappes-d-eau-souterraine}
+ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+ %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+ collapse = TRUE,
+ comment = "#>"
+)
+```
+
+```{r setup}
+library(data.nitrates)
+```
+
+<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_import_hubeau_gw_data.Rmd: do not edit by hand -->
+
+# Présentation
+
+> Cette page contient la logique métier concernant l'import des données de
+l'[API Hub'eau "Qualité des nappes d'eau souterraine"](https://hubeau.eaufrance.fr/page/api-qualite-nappes) dans le cadre du projet Nitrates
+
+
+# Connexion à la base de données PostgreSQL
+
+```{r connect_to_db, eval = FALSE}
+# Se connecter à la base de données PostgreSQL si_eau
+connexion <- datalibaba::connect_to_db(db = "si_eau", user = "admin")
+```
+
+```{r list_schemas, eval = FALSE}
+# Lister les schémas présents dans la base
+schemas_list <- data.frame(datalibaba::list_schemas(connexion))
+
+# Renommer la variable unique en "nom_schema"
+schemas_list <- schemas_list |>
+ rename(nom_schema = unique(names(.)))
+
+# Trier le dataframe par la variable nom_schema
+schemas_list <- schemas_list |>
+ arrange(nom_schema)
+```
+
+```{r list_tables, eval = FALSE}
+# Lister les tables présentes dans le schéma spécifié
+tables_list <- data.frame(datalibaba::list_tables(
+ con = connexion,
+ db = "si_eau",
+ schema = "qualite_cours_d_eau"))
+
+# Renommer la variable unique en "nom_table"
+tables_list <- tables_list |>
+ rename(nom_table = names(tables_list)[1])
+
+# Trier le dataframe par la variable nom_table
+tables_list <- tables_list |>
+ arrange(nom_table)
+
+```
+
+# Import des données Hub'eau ESU dans un dataframe par millésime
+
+On utilise la fonction `get_qualite_nappes_analyses()` du package [{hubeau}](https://github.com/inrae/hubeau)
+
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2020, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2020 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2020-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2020-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2021, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2021 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2021-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2021-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2022, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2022 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2022-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2022-12-31",
+ size = "5000")
+
+```
+
+```{r create-nitrate_analyse_esu_2023, eval = FALSE}
+nitrate_analyse_eso_2023 <- hubeau::get_qualite_nappes_analyses(code_param = "1340",
+ code_region = "52",
+ date_debut_prelevement = "2023-01-01",
+ date_fin_prelevement = "2023-12-31",
+ size = "5000")
+```
+
+# Création d'une table pour le nouveau millésime
+
+```{r create-nitrate_data_ars, eval = FALSE}
+# Charger les données dans une nouvelle table en base
+datalibaba::poster_data(data = nitrate_analyse_eso_2023,
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ db = "si_eau",
+ overwrite = TRUE,
+ user = "admin")
+
+# Ajouter un commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses \"Nitrates\" ESO issues de l''API Hub''eau qualite_nappes : données brutes",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
+
+```
+
+# Modification du type des champs si besoin
+
+```{r modify_column_type, eval = FALSE}
+# Modifier le type de colonne pour les champs de date
+collectr::modify_column_type(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ column_name = "date_debut_prelevement",
+ column_type = "date",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Archivage de la version précédente de la table
+
+```{r archive_table, eval = FALSE}
+# Archiver la version actuelle de la table avec tous les millésimes
+collectr::archive_table(database = "si_eau",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ new_schema = "zz_archives",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
+ role = "admin")
+
+```
+
+# Insertion des données du nouveau millésime en base dans la table globale
+
+```{r import_and_merge_tables, eval = FALSE}
+# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
+collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
+ source_table = "nitrate_qualite_nappes_analyses_2023",
+ source_schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ target_table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
+ target_schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ role = "admin")
+
+# Actualiser le commentaire sur la table
+datalibaba::commenter_table(comment = "Analyses Nitrates ESO API Hub'eau Qualité des nappes d'eau souterraine (2007-2023)",
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin")
+```
+
diff --git a/vignettes/import-des-donnees.Rmd b/vignettes/import-des-donnees.Rmd
deleted file mode 100644
index 803a56a578ce8c9de978ccf4f197a970beb5f419..0000000000000000000000000000000000000000
--- a/vignettes/import-des-donnees.Rmd
+++ /dev/null
@@ -1,121 +0,0 @@
----
-title: "Import des données"
-output: rmarkdown::html_vignette
-vignette: >
- %\VignetteIndexEntry{import-des-donnees}
- %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
- %\VignetteEncoding{UTF-8}
----
-
-```{r, include = FALSE}
-knitr::opts_chunk$set(
- collapse = TRUE,
- comment = "#>"
-)
-```
-
-```{r setup}
-library(data.nitrates)
-```
-
-<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_import_data.Rmd: do not edit by hand -->
-
-# Présentation
-
-> Cette page contient la logique métier concernant l'import des données
-ARS et Hub'eau dans le cadre du projet Nitrates
-
-
-# Connexion à la base de données PostgreSQL
-
-# Import des données de l'ARS
-
-```{r}
-data_ars_2022 <- collectr::import_xlsx(
- filepath = "T:\\datalab\\SRNP_DEMA_SI_EAU\\NITRATES\\DONNEES_CLIENT\\SOURCES\\ARS\\2023_06\\Nitrates 2022 pour DREAL EPNT4 2023-05-30.xlsx",
- sheet = 1,
- row = 2)
-```
-
-## Première approche : non concluante
-
-### Vérification de la correspondande de la structure du dataframe avec celle de la table
-
-### Adaptation de la structure
-
-### Insertion des données du dataframe dans la table en base
-
-La fonction insert_into_table() doit être corrigée.
-
-
-## Deuxième approche : concluante
-
-### Création d'une table pour le nouveau millésime
-
-```{r create-nitrate_data_ars, eval = FALSE}
-poster_data(data = data_ars_2022,
- table = "nitrate_data_ars_2022",
- schema = "qualite_cours_d_eau",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE)
-
-```
-
-### Modification du type des champs si besoin
-
-```{r modify_column_type, eval = FALSE}
-# Appeler la fonction pour modifier le type de colonne
-collectr::modify_column_type(connexion,
- schema = "qualite_cours_d_eau",
- table_name = "nitrate_data_ars_2022",
- column_name = "plv_date ",
- column_type = "date")
-```
-
-### Insertion des données du nouveau millésime en base dans la table globale
-
-```{r import_and_merge_tables, eval = FALSE}
-import_and_merge_tables(connexion,
- source_table = "nitrate_data_ars_2022",
- source_schema = "qualite_cours_d_eau",
- target_table = "nitrate_data_analyse_ars_test",
- target_schema = "qualite_cours_d_eau")
-
-```
-
-# Import des données Hub'eau ESU
-
-```{r create-nitrate_analyse_esu_2020, eval = FALSE}
-nitrate_analyse_esu_2020 <- get_json_data(code_parametre = "1340",
- code_region = "52",
- date_debut_prelevement = "2020-01-01",
- date_fin_prelevement = "2020-12-31",
- size = "5000")
-```
-
-```{r create-nitrate_analyse_esu_2021, eval = FALSE}
-nitrate_analyse_esu_2021 <- get_json_data(code_parametre = "1340",
- code_region = "52",
- date_debut_prelevement = "2021-01-01",
- date_fin_prelevement = "2021-12-31",
- size = "5000")
-```
-
-```{r create-nitrate_analyse_esu_2022, eval = FALSE}
-nitrate_analyse_esu_2022 <- get_json_data(code_parametre = "1340",
- code_region = "52",
- date_debut_prelevement = "2022-01-01",
- date_fin_prelevement = "2022-12-31",
- size = "5000")
-```
-
-# Inflate your package
-
-You're one inflate from paper to box.
-Build your package from this very Rmd using `fusen::inflate()`
-
-- Verify your `"DESCRIPTION"` file has been updated
-- Verify your function is in `"R/"` directory
-- Verify your test is in `"tests/testthat/"` directory
-- Verify this Rmd appears in `"vignettes/"` directory
-