From d815d744b1ab29e1f0c414f023bd49c9231e6fae Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: "ronan.vignard" <ronan.vignard@developpement-durable.gouv.fr>
Date: Mon, 10 Feb 2025 16:39:28 +0100
Subject: [PATCH] Finalisation des flat par source et de leurs vignettes
---
dev/config_fusen.yaml | 45 ++++
dev/flat_insert_data_ars.Rmd | 61 ++----
dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd | 10 +-
dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd | 83 +++++++
...rtion-des-prelevements-et-analyses-ars.Rmd | 202 ++++++++++++++++++
...es-prelevements-et-analyses-hubeau-eso.Rmd | 165 ++++++++++++++
...es-prelevements-et-analyses-hubeau-esu.Rmd | 156 ++++++++++++++
7 files changed, 670 insertions(+), 52 deletions(-)
create mode 100644 vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-ars.Rmd
create mode 100644 vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-eso.Rmd
create mode 100644 vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-esu.Rmd
diff --git a/dev/config_fusen.yaml b/dev/config_fusen.yaml
index e52cefe..e02e037 100644
--- a/dev/config_fusen.yaml
+++ b/dev/config_fusen.yaml
@@ -117,6 +117,51 @@ flat_insert_data.Rmd:
overwrite: ask
clean: ask
codecov: false
+flat_insert_data_ars.Rmd:
+ path: dev/flat_insert_data_ars.Rmd
+ state: active
+ R: []
+ tests: []
+ vignettes: vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-ars.Rmd
+ inflate:
+ flat_file: dev/flat_insert_data_ars.Rmd
+ vignette_name: Insertion des prélèvements et analyses ARS
+ open_vignette: true
+ check: true
+ document: true
+ overwrite: ask
+ clean: ask
+ codecov: false
+flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd:
+ path: dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd
+ state: active
+ R: []
+ tests: []
+ vignettes: vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-eso.Rmd
+ inflate:
+ flat_file: dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd
+ vignette_name: Insertion des prélèvements et analyses Hubeau ESO
+ open_vignette: true
+ check: true
+ document: true
+ overwrite: ask
+ clean: ask
+ codecov: false
+flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd:
+ path: dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd
+ state: active
+ R: []
+ tests: []
+ vignettes: vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-esu.Rmd
+ inflate:
+ flat_file: dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd
+ vignette_name: Insertion des prélèvements et analyses Hubeau ESU
+ open_vignette: true
+ check: true
+ document: true
+ overwrite: ask
+ clean: ask
+ codecov: false
flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd:
path: dev/flat_insert_hubeau_eso_into_analyse.Rmd
state: active
diff --git a/dev/flat_insert_data_ars.Rmd b/dev/flat_insert_data_ars.Rmd
index 4bfea70..a8c7354 100644
--- a/dev/flat_insert_data_ars.Rmd
+++ b/dev/flat_insert_data_ars.Rmd
@@ -14,13 +14,11 @@ library(stringr)
library(glue)
library(DBI)
library(RPostgres)
-
```
```{r development-load}
# Load already included functions if relevant
pkgload::load_all(export_all = FALSE)
-
```
```{r config, eval=FALSE}
@@ -67,7 +65,9 @@ nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
dplyr::mutate(
source = "ARS",
code_reseau = NA,
- code_support = 3
+ code_support = 3,
+ code_fraction_analysee = NA,
+ limite_detection = NA,
)
```
@@ -133,6 +133,13 @@ nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
```
+On supprime "<" dans la variable `limite_quantification` :
+```{r replace_in_plv_heure, eval=FALSE}
+# Remplacer "h" par ":" dans la colonne plv_heure
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::mutate(limite_quantification = stringr::str_replace_all(limite_quantification, "<", ""))
+```
+
On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyse :
```{r select_variables, eval=FALSE}
# Sélectionner les variables
@@ -147,61 +154,19 @@ nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
nature_eau,
id_usage = usage,
id_prelevement_motif = plv_motif,
- nom_parametre = param_nom,
date_analyse = anl_date_fin_analyse,
resultat_analyse,
code_parametre = param_code,
+ code_fraction_analysee,
code_remarque,
+ limite_detection,
limite_quantification)
```
-# Publication en base
-
-## Insertion dans une table intermédiaire
-
-On ajoute un identifiant unique s'appuyant sur une séquence stockée en base :
-```{r add_code_prelevement_ars, eval=FALSE}
-# Utiliser la fonction add_code_prelevement_analyse() avec la version souhaitée
-nitrate_prelevement_analyse_ars <- add_code_prelevement_analyse(
- nitrate_prelevement_analyse_ars, version)
-
-# Afficher le dataframe pour vérifier les modifications
-print(nitrate_prelevement_analyse_ars)
-
-```
-
-On charge les données consolidées dans un table dédiée :
-```{r insert_into_nitrate_prelevement_analyse_version, eval=FALSE}
-# Charger les données dans une nouvelle table en base
-datalibaba::poster_data(data = nitrate_prelevement_analyse_ars,
- table = glue::glue("nitrate_prelevement_analyse_ars", version),
- schema = "nitrates",
- db = "si_eau",
- overwrite = TRUE,
- pk = "code_prelevement",
- user = "admin")
-```
-
-## Insertion des données ARS du nouveau millésime en base dans la table globale
-
-On insère enfin les enregistrements de cette table dans la table globale :
-```{r import_and_merge_tables_ars, eval=FALSE}
-# Insérer les données de la table du dernier millésime vers la table complète
-collectr::import_and_merge_tables(database = "si_eau",
- source_table = glue::glue("nitrate_prelevement_analyse_ars", version),
- source_schema = "nitrates",
- target_table = glue::glue("nitrate_prelevement_analyse", version),
- target_schema = "nitrates",
- role = "admin")
-
-```
-
-
-
```{r development-inflate, eval=FALSE}
# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
# Execute in the console directly
-fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_data_ars.Rmd", vignette_name = "Go further")
+fusen::inflate(flat_file = "dev/flat_insert_data_ars.Rmd", vignette_name = "Insertion des pr\u00e9l\u00e8vements et analyses ARS")
```
diff --git a/dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd b/dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd
index af89053..1be40a0 100644
--- a/dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd
+++ b/dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd
@@ -66,7 +66,8 @@ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso
code_support = 3,
nature_eau = "ESO",
id_usage = NA,
- id_prelevement_motif = NA)
+ id_prelevement_motif = NA,
+ date_analyse = NA)
```
On remplace des valeurs dans limite_detection et limite_quantification :
@@ -103,7 +104,7 @@ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso
On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
-donnée :
+donnée (à supprimer ?) :
```{r select_distinct_rows_hubeau_eso, eval=FALSE}
# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
@@ -113,7 +114,8 @@ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso
On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyses :
```{r select_variables_hubeau_eso, eval=FALSE}
# Sélectionner les variables
-nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <-
+ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
dplyr::select(code_intervenant,
source,
code_reseau,
@@ -124,6 +126,7 @@ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso
nature_eau,
id_usage,
id_prelevement_motif,
+ date_analyse,
resultat_analyse,
code_parametre,
code_fraction_analysee,
@@ -133,7 +136,6 @@ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso
```
-
```{r development-inflate, eval=FALSE}
# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
# Execute in the console directly
diff --git a/dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd b/dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd
index bf80c31..2d45983 100644
--- a/dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd
+++ b/dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd
@@ -44,6 +44,89 @@ nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- datalibaba::importer_data(
)
```
+On remplace des valeurs dans `limite_detection` et `limite_quantification` :
+```{r replace-dot_limite_detection, eval=FALSE}
+# Remplacer les valeurs dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
+ dplyr::mutate(
+ resultat = stringr::str_replace(resultat, "\\,", "."),
+ limite_detection = stringr::str_replace(limite_detection, "\\,", "."),
+ limite_quantification = stringr::str_replace(limite_quantification, "\\,", ".")
+ )
+
+```
+
+On ajoute les variables `source` et `nature_eau` :
+```{r add-source_code_support_hubeau_esu, eval=FALSE}
+# Ajouter les variables source et nature_eau
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::mutate(
+ source = "Na\u00efades",
+ heure_prelevement = NA,
+ code_support = 3,
+ nature_eau = "ESU",
+ id_usage = NA,
+ id_prelevement_motif = NA,
+ date_analyse = NA)
+
+```
+
+On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer
+(Ã supprimer ?) :
+```{r change-type_code_support, eval=FALSE}
+# Convertir la variable code_support de character en integer
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::mutate(code_support = as.integer(code_support))
+```
+
+On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
+`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
+donnée (à supprimer ?) :
+```{r select-distinct-rows_hubeau_esu, eval=FALSE}
+# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
+```
+
+On modifie le type des variables resultat_analyse et limite_quantification :
+```{r change-fieldtypes, eval=FALSE}
+# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat),
+ limite_detection = as.numeric(limite_detection),
+ limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
+ code_parametre = as.integer(code_parametre),
+ code_fraction_analysee = as.integer(code_fraction),
+ code_remarque = as.integer(code_remarque)
+ )
+
+```
+
+On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyses :
+```{r select_variables_hubeau_eso, eval=FALSE}
+# Sélectionner les variables
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <-
+ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu|>
+ dplyr::select(code_intervenant = code_laboratoire,
+ source,
+ code_reseau,
+ code_station,
+ date_prelevement,
+ heure_prelevement,
+ code_support,
+ nature_eau,
+ id_usage,
+ id_prelevement_motif,
+ date_analyse,
+ resultat_analyse,
+ code_parametre,
+ code_fraction_analysee,
+ code_remarque,
+ limite_detection,
+ limite_quantification)
+
+```
+
```{r development-inflate, eval=FALSE}
# Run but keep eval=FALSE to avoid infinite loop
# Execute in the console directly
diff --git a/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-ars.Rmd b/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-ars.Rmd
new file mode 100644
index 0000000..c152ee6
--- /dev/null
+++ b/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-ars.Rmd
@@ -0,0 +1,202 @@
+---
+title: "Insertion des prélèvements et analyses ARS"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+ %\VignetteIndexEntry{Insertion des prélèvements et analyses ARS}
+ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+ %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+ collapse = TRUE,
+ comment = "#>"
+)
+```
+
+```{r}
+library(data.nitrates)
+```
+
+<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_data_ars.Rmd: do not edit by hand -->
+
+
+
+
+```{r config}
+#| eval: no
+
+# Lire le fichier de configuration
+config <- yaml::read_yaml("config.yml")
+
+# Accéder à la valeur pour version
+version <- config$version
+
+```
+
+
+# Consolidation et insertion des données de l'ARS dans la table des prélèvements
+
+## Chargement des données ARS brutes et des stations ESO
+
+La table des données brutes Nitrates de l'ARS est chargée :
+```{r load_nitrate_data_analyse_ars}
+#| eval: no
+
+nitrate_data_analyse_ars <- datalibaba::importer_data(
+ table = "nitrate_data_analyse_ars",
+ schema = "nitrates",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin"
+)
+
+```
+
+
+La table des stations est chargée afin de remplacer ultérieurement le code SISE-EAUX par le code BSS pour les prélèvements ESO :
+```{r load-nitrate_station_eso}
+#| eval: no
+
+r_station_mesure_p_2024_r52 <- datalibaba::importer_data(
+ table = "r_station_mesure_p_2024_r52",
+ schema = "stations",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin"
+)
+
+```
+
+
+## Consolidation des données ARS
+
+On ajoute les variables `source` et `code_support` :
+```{r add_source_code_support}
+#| eval: no
+
+# Ajouter les variables source et code_support
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_data_analyse_ars |>
+ dplyr::mutate(
+ source = "ARS",
+ code_reseau = NA,
+ code_support = 3,
+ code_fraction_analysee = NA,
+ limite_detection = NA,
+ )
+```
+
+
+On remplace "h" par ":" dans la variable `plv_heure` :
+```{r replace_in_plv_heure}
+#| eval: no
+
+# Remplacer "h" par ":" dans la colonne plv_heure
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::mutate(plv_heure = stringr::str_replace_all(plv_heure, "h", ":"))
+```
+
+
+On supprime les enregistrements correspondants à des totaux :
+```{r filter_param_nom_ars}
+#| eval: no
+
+# Supprimer les lignes ne correspondant pas à une analyse
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::filter(!stringr::str_starts(param_nom, "Total"))
+
+```
+
+
+On remplace les chaînes de caractère par NA dans la variable `ana_param_alpha_resultat` :
+```{r replace_strings_with_na}
+#| eval: no
+
+# Remplacer chaînes de caractère dans la colonne ana_param_alpha_resultat
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::mutate(
+ ana_param_alpha_resultat = dplyr::case_when(
+ ana_param_alpha_resultat %in% c("TRACES", "PRESENCE", "SEUIL", "ILLISIBL", "N.M.", "O", "?", ",", " ") ~ NA_character_,
+ TRUE ~ ana_param_alpha_resultat
+ )
+ )
+
+```
+
+
+On remplace des valeurs dans ana_param_alpha_resultat et param_code:
+```{r replace_dot_ana_param_alpha_resultat}
+#| eval: no
+
+# Remplacer les valeurs dans les colonnes ana_param_alpha_resultat et param_code
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::mutate(
+ ana_param_alpha_resultat = stringr::str_replace(ana_param_alpha_resultat, "\\,", "."),
+ param_code = stringr::str_replace(param_code, "NO3", "1340")
+ )
+
+```
+
+
+On affecte le code_remarque et la valeur des variables resultat_analyse et limite_quantification :
+```{r mutate_from_ana_param_alpha_resultat}
+#| eval: no
+
+# Ajouter les colonnes code_remarque, resultat_analyse et limite_quantification
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::mutate(
+ # Ajout de la colonne code_remarque selon la condition spécifiée
+ code_remarque = dplyr::case_when(
+ stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ 10,
+ TRUE ~ 1
+ ),
+ # Renommage conditionnel des colonnes
+ resultat_analyse = dplyr::case_when(
+ stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ as.character(ana_param_valeur_traduite),
+ TRUE ~ ana_param_alpha_resultat
+ ),
+ limite_quantification = dplyr::case_when(
+ stringr::str_starts(ana_param_alpha_resultat, "<") ~ ana_param_alpha_resultat,
+ TRUE ~ NA_character_ # Utilisation de NA pour les valeurs non pertinentes
+ )
+ )
+
+```
+
+
+On supprime "<" dans la variable `limite_quantification` :
+```{r replace_in_plv_heure-1}
+#| eval: no
+
+# Remplacer "h" par ":" dans la colonne plv_heure
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::mutate(limite_quantification = stringr::str_replace_all(limite_quantification, "<", ""))
+```
+
+
+On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyse :
+```{r select_variables}
+#| eval: no
+
+# Sélectionner les variables
+nitrate_prelevement_analyse_ars <- nitrate_prelevement_analyse_ars |>
+ dplyr::select(code_intervenant = geo_dept_ddass_gest_code,
+ source,
+ code_reseau,
+ code_station = ins_code_national,
+ date_prelevement = plv_date,
+ heure_prelevement = plv_heure,
+ code_support,
+ nature_eau,
+ id_usage = usage,
+ id_prelevement_motif = plv_motif,
+ date_analyse = anl_date_fin_analyse,
+ resultat_analyse,
+ code_parametre = param_code,
+ code_fraction_analysee,
+ code_remarque,
+ limite_detection,
+ limite_quantification)
+
+```
+
+
+
diff --git a/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-eso.Rmd b/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-eso.Rmd
new file mode 100644
index 0000000..535113e
--- /dev/null
+++ b/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-eso.Rmd
@@ -0,0 +1,165 @@
+---
+title: "Insertion des prélèvements et analyses Hubeau ESO"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+ %\VignetteIndexEntry{Insertion des prélèvements et analyses Hubeau ESO}
+ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+ %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+ collapse = TRUE,
+ comment = "#>"
+)
+```
+
+```{r}
+library(data.nitrates)
+```
+
+<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_data_hubeau_eso.Rmd: do not edit by hand -->
+
+
+
+
+```{r config}
+#| eval: no
+
+# Lire le fichier de configuration
+config <- yaml::read_yaml("config.yml")
+
+# Accéder à la valeur pour version
+version <- config$version
+```
+
+
+# Consolidation et insertion des données Hub'eau ESO dans la table des prélèvements
+
+## Chargement des prélèvements Hub'eau ESO
+
+La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESO est chargée :
+```{r load_nitrate_qualite_nappes_analyses}
+#| eval: no
+
+# Charger la table `qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_nappes_analyses`
+nitrate_qualite_nappes_prelevements <- datalibaba::importer_data(
+ table = "nitrate_qualite_nappes_analyses",
+ schema = "qualite_nappes_eau_souterraine",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin"
+)
+```
+
+
+## Filtre par code_producteur pour exclure les données ARS
+
+On sélectionne les code_producteur correspondants aux enregistrements hors
+données ARS de la région :
+```{r select_code_producteur_hubeau_eso}
+#| eval: no
+
+# Filtrer pour exclure les données ARS
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_qualite_nappes_prelevements |>
+ dplyr::filter(!code_producteur %in% c('44','49','53','72','85'))
+```
+
+
+## Consolidation des prélèvements Hub'eau ESO
+
+On ajoute les variables `source`, `code_support` et `nature_eau` :
+```{r add_source_code_support_hubeau_eso}
+#| eval: no
+
+# Ajouter les variables source, code_support et nature_eau
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
+ dplyr::mutate(
+ source = "ADES",
+ heure_prelevement = NA,
+ code_support = 3,
+ nature_eau = "ESO",
+ id_usage = NA,
+ id_prelevement_motif = NA,
+ date_analyse = NA)
+```
+
+
+On remplace des valeurs dans limite_detection et limite_quantification :
+```{r replace_dot_limite_detection}
+#| eval: no
+
+# Remplacer les valeurs dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
+ dplyr::mutate(
+ resultat = stringr::str_replace(resultat, "\\,", "."),
+ limite_detection = stringr::str_replace(limite_detection, "\\,", "."),
+ limite_quantification = stringr::str_replace(limite_quantification, "\\,", ".")
+ )
+
+```
+
+
+On modifie le type des variables numériques et on les renomme :
+```{r change-fieldtypes}
+#| eval: no
+
+# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
+ dplyr::rename(code_intervenant = code_lieu_analyse,
+ code_reseau = codes_reseau,
+ code_station = bss_id,
+ date_prelevement = date_debut_prelevement
+ ) |>
+ dplyr::mutate(code_support = as.integer(code_support),
+ resultat_analyse = as.numeric(resultat),
+ limite_detection = as.numeric(limite_detection),
+ limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
+ code_parametre = as.integer(code_param),
+ code_fraction_analysee = as.integer(code_fraction),
+ code_remarque = as.integer(code_remarque_analyse)
+ )
+
+```
+
+
+On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
+`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
+donnée (à supprimer ?) :
+```{r select_distinct_rows_hubeau_eso}
+#| eval: no
+
+# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
+ dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
+```
+
+
+On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyses :
+```{r select_variables_hubeau_eso}
+#| eval: no
+
+# Sélectionner les variables
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso <-
+ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_eso |>
+ dplyr::select(code_intervenant,
+ source,
+ code_reseau,
+ code_station,
+ date_prelevement,
+ heure_prelevement,
+ code_support,
+ nature_eau,
+ id_usage,
+ id_prelevement_motif,
+ date_analyse,
+ resultat_analyse,
+ code_parametre,
+ code_fraction_analysee,
+ code_remarque,
+ limite_detection,
+ limite_quantification)
+
+```
+
+
+
diff --git a/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-esu.Rmd b/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-esu.Rmd
new file mode 100644
index 0000000..eaea669
--- /dev/null
+++ b/vignettes/insertion-des-prelevements-et-analyses-hubeau-esu.Rmd
@@ -0,0 +1,156 @@
+---
+title: "Insertion des prélèvements et analyses Hubeau ESU"
+output: rmarkdown::html_vignette
+vignette: >
+ %\VignetteIndexEntry{Insertion des prélèvements et analyses Hubeau ESU}
+ %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+ %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+```{r, include = FALSE}
+knitr::opts_chunk$set(
+ collapse = TRUE,
+ comment = "#>"
+)
+```
+
+```{r}
+library(data.nitrates)
+```
+
+<!-- WARNING - This vignette is generated by {fusen} from dev/flat_insert_data_hubeau_esu.Rmd: do not edit by hand -->
+
+
+
+
+```{r config}
+#| eval: no
+
+# Lire le fichier de configuration
+config <- yaml::read_yaml("config.yml")
+
+# Accéder à la valeur pour version
+version <- config$version
+```
+
+
+# Consolidation et insertion des données Hub'eau ESU dans la table des prélèvements
+
+## Chargement des prélèvements Hub'eau ESU
+
+La table des données brutes Nitrates Hub'eau ESU est chargée :
+```{r load-nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc}
+#| eval: no
+
+# Charger la table qualite_nappes_eau_souterraine.nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc
+nitrate_qualite_rivieres_prelevements <- datalibaba::importer_data(
+ table = "nitrate_qualite_rivieres_analyse_pc",
+ schema = "qualite_cours_d_eau",
+ db = "si_eau",
+ user = "admin"
+)
+```
+
+
+On remplace des valeurs dans `limite_detection` et `limite_quantification` :
+```{r replace-dot_limite_detection}
+#| eval: no
+
+# Remplacer les valeurs dans les colonnes limite_detection et limite_quantification
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_qualite_rivieres_prelevements |>
+ dplyr::mutate(
+ resultat = stringr::str_replace(resultat, "\\,", "."),
+ limite_detection = stringr::str_replace(limite_detection, "\\,", "."),
+ limite_quantification = stringr::str_replace(limite_quantification, "\\,", ".")
+ )
+
+```
+
+
+On ajoute les variables `source` et `nature_eau` :
+```{r add-source_code_support_hubeau_esu}
+#| eval: no
+
+# Ajouter les variables source et nature_eau
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::mutate(
+ source = "Na\u00efades",
+ heure_prelevement = NA,
+ code_support = 3,
+ nature_eau = "ESU",
+ id_usage = NA,
+ id_prelevement_motif = NA,
+ date_analyse = NA)
+
+```
+
+
+On modifie le type de la variable `code_support` de character en integer
+(Ã supprimer ?) :
+```{r change-type_code_support}
+#| eval: no
+
+# Convertir la variable code_support de character en integer
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::mutate(code_support = as.integer(code_support))
+```
+
+
+On dédoublonne les lignes en utilisant les champs `code_station` et
+`date_prelevement` afin de ne conserver qu'un prélèvement par station et date
+donnée (à supprimer ?) :
+```{r select-distinct-rows_hubeau_esu}
+#| eval: no
+
+# Dédoublonner les lignes sur les colonnes code_station et date_prelevement
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::distinct(code_station, date_prelevement, .keep_all = TRUE)
+```
+
+
+On modifie le type des variables resultat_analyse et limite_quantification :
+```{r change-fieldtypes}
+#| eval: no
+
+# Remplacer les valeurs dans les colonnes resultat_analyse et limite_quantification
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <- nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu |>
+ dplyr::mutate(resultat_analyse = as.numeric(resultat),
+ limite_detection = as.numeric(limite_detection),
+ limite_quantification = as.numeric(limite_quantification),
+ code_parametre = as.integer(code_parametre),
+ code_fraction_analysee = as.integer(code_fraction),
+ code_remarque = as.integer(code_remarque)
+ )
+
+```
+
+
+On sélectionne les champs utiles à la table des prélèvements et analyses :
+```{r select_variables_hubeau_eso}
+#| eval: no
+
+# Sélectionner les variables
+nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu <-
+ nitrate_prelevement_analyse_hubeau_esu|>
+ dplyr::select(code_intervenant = code_laboratoire,
+ source,
+ code_reseau,
+ code_station,
+ date_prelevement,
+ heure_prelevement,
+ code_support,
+ nature_eau,
+ id_usage,
+ id_prelevement_motif,
+ date_analyse,
+ resultat_analyse,
+ code_parametre,
+ code_fraction_analysee,
+ code_remarque,
+ limite_detection,
+ limite_quantification)
+
+```
+
+
+
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